121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5139 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 97 aa  192  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  95.83 
 
 		 97 aa  184  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 95 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 95 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  41.57 
 
 		 96 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 98 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  41.57 
 
 		 96 aa  77.8  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  40.45 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  41.57 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 99 aa  74.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  38.95 
 
 		 97 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  37.11 
 
 		 102 aa  73.9  0.0000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  42.05 
 
 		 98 aa  73.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  38.14 
 
 		 95 aa  72  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  40.21 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 97 aa  70.9  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 96 aa  70.9  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  41.05 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  38.14 
 
 		 96 aa  69.3  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  40.45 
 
 		 102 aa  68.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  42 
 
 		 96 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 99 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  42.39 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  37.23 
 
 		 98 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  39.18 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  39.36 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  42.5 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  41.11 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2941  putative DNA-binding protein  40.22 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.73394  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  41.11 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 97 aa  57.4  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  43.48 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 103 aa  53.9  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 103 aa  52.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  47.37 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  41.07 
 
 		 104 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  46.43 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  31.37 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  47.17 
 
 		 95 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  42.86 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  42.65 
 
 		 103 aa  52  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  31.87 
 
 		 104 aa  50.4  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3928  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.934007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3972  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.881771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3844  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3863  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4032  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.991557  normal  0.577181 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  37.7 
 
 		 89 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  32.58 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  45.61 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 106 aa  48.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 102 aa  48.1  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  31.46 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0164  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 		 92 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  36 
 
 		 101 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03405  predicted transcriptional regulator  28.89 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0157  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03356  hypothetical protein  28.89 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3756  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4051  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3876  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4931  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.724146 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  40 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0161  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3971  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  35.56 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 94 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 201 aa  44.3  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  45.1 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  33.7 
 
 		 95 aa  44.3  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  47.62 
 
 		 53 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1799  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 103 aa  42.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  36 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>