113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2202 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 98 aa  203  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 98 aa  150  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  85 
 
 		 61 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  55.79 
 
 		 94 aa  104  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  55.79 
 
 		 94 aa  104  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  51.04 
 
 		 97 aa  103  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 94 aa  99  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 95 aa  91.3  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  48.42 
 
 		 96 aa  86.3  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  46.32 
 
 		 96 aa  86.7  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 102 aa  85.9  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 96 aa  84.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  42.27 
 
 		 95 aa  84.3  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  47.37 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  47.37 
 
 		 96 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 99 aa  77.4  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 96 aa  77  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 98 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  43.18 
 
 		 97 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  37.76 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  42.05 
 
 		 97 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 102 aa  72.4  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  38.78 
 
 		 98 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  49.23 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  49.23 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  42.03 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  51.67 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  38.3 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 97 aa  61.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 121 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  40.48 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  41.79 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 119 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 99 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  46.3 
 
 		 201 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2941  putative DNA-binding protein  36.46 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.73394  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  43.33 
 
 		 95 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 94 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 106 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  38.81 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 103 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 95 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 103 aa  50.8  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 102 aa  48.1  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  38.6 
 
 		 127 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  34.44 
 
 		 103 aa  47.4  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 102 aa  47.8  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 107 aa  47.4  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 120 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  43.1 
 
 		 68 aa  47  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  43.55 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  33.33 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 92 aa  46.2  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  50 
 
 		 64 aa  46.2  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  42 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  41.94 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  41.94 
 
 		 95 aa  45.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  34 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  30.95 
 
 		 104 aa  44.3  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  42 
 
 		 89 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  34.69 
 
 		 107 aa  42.7  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1457  hypothetical protein  37.1 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.118068 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  30.12 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  34 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  34.69 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 75 aa  41.6  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  37.5 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>