57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3174 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 92 aa  187  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  80.88 
 
 		 68 aa  118  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  46.84 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  46.84 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 106 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 98 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  44.83 
 
 		 98 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 121 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  41.82 
 
 		 104 aa  50.4  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  43.1 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  43.55 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 106 aa  48.9  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  34.48 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 94 aa  48.1  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  35.56 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 98 aa  47  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  35.37 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  41.38 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 96 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 96 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 96 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 130 aa  44.7  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 96 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  36.21 
 
 		 127 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  37.29 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  40.38 
 
 		 94 aa  43.5  0.0009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  27.27 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  37.29 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  37.74 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  33.96 
 
 		 102 aa  41.6  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 102 aa  41.6  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 133 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 96 aa  42  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 121 aa  41.6  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  35.59 
 
 		 96 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 103 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  38.33 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1009  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1129  putative transcriptional regulator  48.84 
 
 		 51 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.290491  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 130 aa  40.4  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 94 aa  40  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 94 aa  40  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>