118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2433 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 121 aa  238  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  75 
 
 		 130 aa  166  7e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  67.83 
 
 		 131 aa  140  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  66.09 
 
 		 121 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  66.09 
 
 		 96 aa  136  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  63.39 
 
 		 133 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 95 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  50.85 
 
 		 95 aa  67  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  50.85 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 98 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  52.46 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 95 aa  63.9  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  51.56 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  48.28 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  48.33 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  50.85 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 99 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  36.84 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  45.9 
 
 		 111 aa  57  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 111 aa  57  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  44.59 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 94 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  47.69 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  38.37 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  48.28 
 
 		 61 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  49.12 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  39.73 
 
 		 95 aa  53.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 103 aa  52.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  39.73 
 
 		 95 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  47.46 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  45.45 
 
 		 95 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  43.64 
 
 		 103 aa  50.4  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  36.99 
 
 		 95 aa  50.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  42.59 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  40.3 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  42 
 
 		 103 aa  48.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  45.16 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  40.43 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  44.9 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  44 
 
 		 89 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  39.58 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  41.82 
 
 		 175 aa  47  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 239 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  35.71 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1009  XRE family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  50.82 
 
 		 98 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  32 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 147 aa  44.3  0.0006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 105 aa  43.5  0.0009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4444  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  42.86 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 107 aa  42.7  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  29.49 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5367  transcriptional regulator, XRE family  44.19 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.216549 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>