94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0068 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  100 
 
 		 95 aa  194  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  97.89 
 
 		 95 aa  191  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  95.79 
 
 		 95 aa  189  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  68.42 
 
 		 94 aa  131  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 94 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0185  transcriptional regulator  80 
 
 		 84 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.159046  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  65.26 
 
 		 94 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 94 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  40.7 
 
 		 96 aa  67  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  43.48 
 
 		 98 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  40 
 
 		 102 aa  62.4  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 		 95 aa  60.8  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 99 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.88 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4940  hypothetical protein  68.42 
 
 		 55 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.723559 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3607  conserved hypothetical protein  68.42 
 
 		 55 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 95 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5905  hypothetical protein  65.79 
 
 		 55 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  36.56 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  39.77 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4626  hypothetical protein  71.88 
 
 		 49 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  33.33 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 94 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 94 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  44.23 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4938  hypothetical protein  68.75 
 
 		 49 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  42 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  36.47 
 
 		 94 aa  47.8  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  41.33 
 
 		 103 aa  47.4  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 103 aa  46.2  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  43.55 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  41.54 
 
 		 96 aa  46.2  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  44.44 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  41.54 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 103 aa  44.3  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 102 aa  44.3  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 133 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  42 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  39.22 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  33.9 
 
 		 101 aa  43.9  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3774  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0502189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 102 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  40 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  39.22 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  45.1 
 
 		 64 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  44.19 
 
 		 201 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 119 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  34.48 
 
 		 101 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 		 107 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 		 95 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 107 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 147 aa  42  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  41.51 
 
 		 61 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0164  putative transcriptional regulator  47.62 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  46 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1799  transcriptional regulator, XRE family  31.08 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 105 aa  40.4  0.008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  40 
 
 		 53 aa  40.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  46.94 
 
 		 255 aa  40.4  0.009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>