129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1541 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 94 aa  193  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  79.79 
 
 		 94 aa  161  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 94 aa  149  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 94 aa  141  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  65.26 
 
 		 95 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  65.26 
 
 		 95 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  64.21 
 
 		 95 aa  125  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0185  transcriptional regulator  53.75 
 
 		 84 aa  79  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.159046  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  43.37 
 
 		 96 aa  70.9  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  39.56 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  33.71 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  41.77 
 
 		 95 aa  63.5  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 103 aa  60.8  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  36.9 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  36.9 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 		 103 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  33.73 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 97 aa  57  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  35.96 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 102 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  40.22 
 
 		 103 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 95 aa  57  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3607  conserved hypothetical protein  63.16 
 
 		 55 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4940  hypothetical protein  63.16 
 
 		 55 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.723559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  34.94 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  39.02 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 95 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5905  hypothetical protein  60.53 
 
 		 55 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 107 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 107 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 96 aa  50.8  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 107 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  27.71 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  40.82 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  40.82 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  45.83 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  45.83 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4938  hypothetical protein  65.62 
 
 		 49 aa  47.4  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 96 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 130 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  30 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4032  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.991557  normal  0.577181 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  42.31 
 
 		 107 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3863  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 107 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3928  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.934007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3972  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.881771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3844  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  37.5 
 
 		 96 aa  45.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  39.74 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  30 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4626  hypothetical protein  62.5 
 
 		 49 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  42.31 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 133 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  37.5 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  32.58 
 
 		 89 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  28 
 
 		 104 aa  44.3  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  30.59 
 
 		 131 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 121 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  38 
 
 		 53 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  37.66 
 
 		 175 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0164  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 		 92 aa  43.9  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 147 aa  43.5  0.0009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  39.22 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>