41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4032 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4032  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.991557  normal  0.577181 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3863  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3844  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3972  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.881771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3928  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.934007  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0157  transcriptional regulator, XRE family  79.17 
 
 		 96 aa  157  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03356  hypothetical protein  79.17 
 
 		 96 aa  157  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4931  putative transcriptional regulator  79.17 
 
 		 96 aa  157  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.724146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03405  predicted transcriptional regulator  79.17 
 
 		 96 aa  157  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3876  putative transcriptional regulator  79.17 
 
 		 96 aa  157  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4051  putative transcriptional regulator  79.17 
 
 		 96 aa  157  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3756  putative transcriptional regulator  79.17 
 
 		 96 aa  157  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3971  putative transcriptional regulator  78.12 
 
 		 96 aa  157  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0161  putative transcriptional regulator  78.12 
 
 		 96 aa  155  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0164  putative transcriptional regulator  72.53 
 
 		 92 aa  133  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  38.3 
 
 		 98 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 97 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  35.87 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  32.95 
 
 		 96 aa  47.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 95 aa  46.2  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  28.33 
 
 		 102 aa  43.5  0.0009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4414  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.514306 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 		 130 aa  41.6  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 103 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 94 aa  42  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2941  putative DNA-binding protein  31.82 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.73394  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 147 aa  41.6  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 201 aa  40.4  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 103 aa  40  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1065  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 167 aa  40  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.492346  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 107 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 107 aa  40  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  34.62 
 
 		 95 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>