38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0679 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 131 aa  273  5e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  100 
 
 		 131 aa  273  5e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  273  5e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  273  5e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  273  5e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  60.31 
 
 		 132 aa  176  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  60.31 
 
 		 132 aa  176  8e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 133 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 133 aa  135  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 133 aa  135  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  49.63 
 
 		 157 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 133 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  46.56 
 
 		 133 aa  132  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 133 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 133 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  45.04 
 
 		 133 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  42.96 
 
 		 165 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  38.93 
 
 		 131 aa  105  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  40.77 
 
 		 140 aa  101  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  38.4 
 
 		 132 aa  94.4  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 136 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 155 aa  79.7  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  33.82 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 142 aa  70.1  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  30.23 
 
 		 168 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 52 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2307  hypothetical protein  27.78 
 
 		 204 aa  49.7  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133913 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 95 aa  42.7  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  31.48 
 
 		 95 aa  42.7  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  32.89 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 147 aa  42.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  26.87 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 333 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  33.77 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>