46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0889 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 132 aa  274  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  274  3e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  60.31 
 
 		 131 aa  176  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  60.31 
 
 		 131 aa  176  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  60.31 
 
 		 131 aa  176  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  60.31 
 
 		 131 aa  176  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  60.31 
 
 		 131 aa  176  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 133 aa  151  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  53.44 
 
 		 133 aa  147  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 133 aa  144  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 133 aa  141  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 133 aa  140  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 133 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 157 aa  130  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  46.56 
 
 		 133 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 133 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  42.11 
 
 		 165 aa  101  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  42.31 
 
 		 140 aa  99.8  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 131 aa  95.5  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 155 aa  88.2  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 131 aa  88.2  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  37.3 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  35.66 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  34.88 
 
 		 168 aa  72  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  33.83 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 52 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 333 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2307  hypothetical protein  30.23 
 
 		 204 aa  47.4  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133913 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1065  XRE family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 167 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.492346  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4861  transcriptional regulator, XRE family  34.74 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000000181011  normal  0.977558 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  29.85 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1570  hypothetical protein  35.06 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104651  normal  0.046971 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0030  hypothetical protein  35.09 
 
 		 334 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 		 103 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  31.03 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2216  hypothetical protein  23.02 
 
 		 295 aa  40.8  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0015344  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  25.4 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0071  helix-turn-helix domain-containing protein  27.82 
 
 		 335 aa  40  0.01  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>