27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1834 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 52 aa  105  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  95.35 
 
 		 131 aa  89.4  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  84.09 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  73.58 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  71.7 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  54.35 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  47.83 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.83 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  50 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 157 aa  52.4  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  56.1 
 
 		 165 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 155 aa  48.5  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  58.33 
 
 		 133 aa  47.8  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 142 aa  47.4  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 132 aa  47  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  59.57 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>