151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0718 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0718  diguanylate cyclase  100 
 
 		 169 aa  341  2e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  47.77 
 
 		 517 aa  166  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0232  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  47.44 
 
 		 738 aa  150  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 		 754 aa  103  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1877  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 863 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3852  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 879 aa  95.5  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0452097  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3798  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 864 aa  95.9  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0516  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 850 aa  94  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.377634 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1497  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 880 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5796  hypothetical protein  31.06 
 
 		 412 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.199495 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.23 
 
 		 905 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4625  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 		 915 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.51 
 
 		 630 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.48 
 
 		 1047 aa  70.9  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0327995  normal  0.497822 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  30 
 
 		 858 aa  68.9  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.26 
 
 		 1018 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.8 
 
 		 764 aa  68.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.423173 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  28.68 
 
 		 512 aa  67.4  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4485  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.25 
 
 		 907 aa  67.8  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 510 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.48 
 
 		 904 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.43 
 
 		 1021 aa  65.5  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5284  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 717 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1330  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 717 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00298171 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  25.76 
 
 		 905 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 505 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  31.3 
 
 		 683 aa  63.2  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.68 
 
 		 879 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0973  histidine kinase  26.72 
 
 		 733 aa  63.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000797186 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 505 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6741  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.9 
 
 		 728 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1912  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 619 aa  61.6  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.693506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 503 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4799  hypothetical protein  29.01 
 
 		 867 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 516 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  30.23 
 
 		 505 aa  57  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 506 aa  57  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  28.18 
 
 		 512 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 532 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 501 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  32.5 
 
 		 502 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.57 
 
 		 996 aa  55.1  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 508 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  28.81 
 
 		 644 aa  55.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  29.84 
 
 		 474 aa  54.7  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  32.5 
 
 		 509 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1464  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.81 
 
 		 1135 aa  53.9  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.396763 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  27.48 
 
 		 524 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  32.95 
 
 		 494 aa  53.1  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 534 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 516 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  28.71 
 
 		 518 aa  52  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  25.93 
 
 		 510 aa  51.6  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.68 
 
 		 636 aa  51.6  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  30.66 
 
 		 502 aa  51.6  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  29.91 
 
 		 488 aa  51.2  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2990  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 1253 aa  51.2  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450084  normal  0.707823 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  27.46 
 
 		 522 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2778  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 		 756 aa  50.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5382  signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 511 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 522 aa  50.1  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3508  sensor histidine kinase  28.23 
 
 		 729 aa  49.7  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3846  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.14 
 
 		 860 aa  49.3  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 		 707 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 553 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.69 
 
 		 791 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00275819  normal  0.0440432 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  27.68 
 
 		 522 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 1350 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.93 
 
 		 969 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  24.46 
 
 		 507 aa  48.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  25.6 
 
 		 504 aa  48.1  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2221  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.21 
 
 		 786 aa  47.8  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1311  hypothetical protein  30.21 
 
 		 786 aa  47.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432908  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0706  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.21 
 
 		 786 aa  47.8  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2540  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.21 
 
 		 786 aa  47.8  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.477872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1151  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.21 
 
 		 772 aa  47.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  25 
 
 		 487 aa  47.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1160  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.21 
 
 		 772 aa  47.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2074  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.21 
 
 		 786 aa  47.8  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257022  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 508 aa  47.4  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0740  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 		 698 aa  47.4  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  24.48 
 
 		 528 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 730 aa  47  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0948  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 786 aa  47  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.239012  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1742  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 790 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.451228  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  28.68 
 
 		 492 aa  47  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 492 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 790 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 790 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  30.56 
 
 		 716 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.11 
 
 		 1034 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 		 702 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 779 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.83 
 
 		 1015 aa  46.6  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25 
 
 		 768 aa  46.2  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  24.31 
 
 		 487 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  24.31 
 
 		 487 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 779 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  24.31 
 
 		 487 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  24.31 
 
 		 487 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>