111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1710 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3060  General secretory system II protein E domain protein  55.09 
 
 		 745 aa  756    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3448  bacteriophage N4 adsorption protein B  75.91 
 
 		 724 aa  1039    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1710  bacteriophage N4 adsorption protein B  100 
 
 		 724 aa  1474    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.164696 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2488  bacteriophage N4 adsorption protein B  75.28 
 
 		 724 aa  1054    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3083  bacteriophage N4 adsorption protein B  55.23 
 
 		 745 aa  750    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0586  bacteriophage N4 adsorption protein B  54.95 
 
 		 745 aa  754    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2932  bacteriophage N4 adsorption protein B  75.56 
 
 		 724 aa  1070    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748397  normal  0.174215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0642  bacteriophage N4 adsorption protein B  55.09 
 
 		 745 aa  756    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2524  bacteriophage N4 adsorption protein B  52.79 
 
 		 736 aa  684    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1194  bacteriophage N4 adsorption protein B  39.56 
 
 		 706 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0726251  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1734  bacteriophage N4 adsorption protein B  40.31 
 
 		 713 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1030  bacteriophage N4 adsorption protein B  39.36 
 
 		 706 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0567  bacteriophage N4 adsorption protein B  39.49 
 
 		 715 aa  402  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0508  bacteriophage N4 adsorption protein B  38.66 
 
 		 698 aa  382  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.759606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2943  bacteriophage N4 adsorption protein B  41.62 
 
 		 573 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493194  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4695  bacteriophage N4 adsorption protein B  37.68 
 
 		 703 aa  372  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0225348  normal  0.13115 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3618  bacteriophage N4 adsorption protein B  37.68 
 
 		 703 aa  372  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2659  bacteriophage N4 adsorption protein B  39.09 
 
 		 653 aa  369  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.397529 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2724  bacteriophage N4 adsorption protein B  38.49 
 
 		 497 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2242  bacteriophage N4 adsorption protein B  37 
 
 		 502 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0150202  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2152  bacteriophage N4 adsorption protein B  37.05 
 
 		 502 aa  266  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.518068  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1600  bacteriophage N4 adsorption protein B  29.85 
 
 		 711 aa  214  5.999999999999999e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.443209  hitchhiker  0.00000043363 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0601  bacteriophage N4 adsorption protein B  34.57 
 
 		 483 aa  205  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1309  bacteriophage N4 receptor, inner membrane subunit  32.54 
 
 		 542 aa  199  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.140023 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1755  bacteriophage N4 adsorption protein B  31.82 
 
 		 670 aa  197  7e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660131  normal  0.0589931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3312  bacteriophage N4 adsorption protein B  31.32 
 
 		 442 aa  193  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2644  bacteriophage N4 adsorption protein B  32.56 
 
 		 488 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2548  general secretion pathway protein E  30.79 
 
 		 442 aa  179  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  43.75 
 
 		 557 aa  62  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  30.88 
 
 		 573 aa  60.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  30.15 
 
 		 558 aa  60.1  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2964  glycosyl transferase family 2  23.05 
 
 		 476 aa  58.9  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0324251  hitchhiker  0.00721921 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  29.23 
 
 		 891 aa  58.5  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  29.85 
 
 		 553 aa  58.9  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  27.74 
 
 		 568 aa  58.5  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  27.01 
 
 		 568 aa  58.2  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  26.28 
 
 		 568 aa  57  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4863  glycosyl transferase family protein  25.93 
 
 		 461 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.907872  normal  0.125234 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0314  general secretion pathway protein E  29.79 
 
 		 367 aa  55.5  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3454  General secretory system II protein E domain protein  28.57 
 
 		 272 aa  55.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  28.93 
 
 		 561 aa  55.5  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  30.15 
 
 		 573 aa  55.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  26.67 
 
 		 566 aa  55.1  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  28.77 
 
 		 570 aa  54.7  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000626903  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2823  MSHA biogenesis protein MshE  33.82 
 
 		 575 aa  54.7  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  34.27 
 
 		 557 aa  54.7  0.000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  28.89 
 
 		 553 aa  53.9  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  29.88 
 
 		 556 aa  53.9  0.000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0326  type II secretion system protein E  30.33 
 
 		 612 aa  53.9  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.038954  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0756  type II secretion system protein E  28.89 
 
 		 589 aa  52.8  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  30.83 
 
 		 871 aa  52.8  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  31.25 
 
 		 574 aa  52.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  35.79 
 
 		 555 aa  51.2  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3407  type II secretion system protein E  29.08 
 
 		 568 aa  50.8  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  25.97 
 
 		 573 aa  50.8  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1138  type II secretory pathway, ATPase  27.97 
 
 		 582 aa  50.8  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0173  type II secretion system protein E  30.51 
 
 		 637 aa  50.8  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0752  pilus assembly pathway ATPase PilB  40 
 
 		 577 aa  50.1  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.440841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0457  MSHA biogenesis protein MshE  34.38 
 
 		 587 aa  50.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0070  glycosyl transferase family 2  25.56 
 
 		 431 aa  50.4  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0998  glycosyl transferase family protein  25.38 
 
 		 686 aa  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.759416  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  23.19 
 
 		 562 aa  49.7  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0931  type II secretion system protein E  25.69 
 
 		 551 aa  49.7  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.1993  normal  0.0211669 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  25.9 
 
 		 573 aa  49.7  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0392  type II secretion system protein E  32.29 
 
 		 586 aa  50.1  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  25.74 
 
 		 576 aa  50.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0879  type II secretion system protein E  37.36 
 
 		 569 aa  48.9  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  29.59 
 
 		 568 aa  48.9  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0111  general secretory system II, protein E-like  29.08 
 
 		 370 aa  48.5  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00145913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4414  type II secretion system protein E  31.25 
 
 		 585 aa  48.5  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0327101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  29.59 
 
 		 568 aa  48.5  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4012  General secretory system II protein E domain protein  36.08 
 
 		 345 aa  48.5  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.66345e-31 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  24.11 
 
 		 787 aa  48.1  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1022  type II secretion system protein E  31.07 
 
 		 554 aa  48.1  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  30.61 
 
 		 568 aa  48.5  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4573  MSHA biogenesis protein MshE  29.51 
 
 		 570 aa  48.1  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  28.36 
 
 		 553 aa  48.1  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  23.53 
 
 		 564 aa  48.1  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3928  General secretory system II protein E domain protein  35.05 
 
 		 345 aa  47.8  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00083498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0547  type II secretion system protein E  32.29 
 
 		 584 aa  47.4  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  30.88 
 
 		 564 aa  47.4  0.0009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  31.58 
 
 		 574 aa  47.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  23.91 
 
 		 568 aa  47  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  26.39 
 
 		 570 aa  47  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2166  general secretion pathway protein E  26.54 
 
 		 698 aa  47  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  24.64 
 
 		 568 aa  47  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03695  hypothetical protein  33.33 
 
 		 574 aa  47.4  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  26.62 
 
 		 554 aa  47.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0872  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway PilB-like  31.15 
 
 		 548 aa  46.6  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  29.17 
 
 		 567 aa  46.2  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3092  hypothetical protein  25.83 
 
 		 492 aa  46.6  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  31.15 
 
 		 571 aa  46.6  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002371  MSHA biogenesis protein MshE  33.33 
 
 		 574 aa  46.6  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46391  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  33.33 
 
 		 571 aa  45.8  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2272  secretion system protein E  22.3 
 
 		 563 aa  45.4  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1379  hypothetical protein  41.79 
 
 		 240 aa  45.8  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0373776  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0362  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.65 
 
 		 569 aa  45.4  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0183  type IV pilus assembly protein  34.65 
 
 		 569 aa  45.4  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2665  type II secretion system protein E  27.41 
 
 		 545 aa  45.8  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0435  MSHA biogenesis protein MshE, putative  27.87 
 
 		 549 aa  45.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>