135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3448 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3060  General secretory system II protein E domain protein  51.04 
 
 		 745 aa  722    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3448  bacteriophage N4 adsorption protein B  100 
 
 		 724 aa  1483    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1710  bacteriophage N4 adsorption protein B  75.42 
 
 		 724 aa  1043    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.164696 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2488  bacteriophage N4 adsorption protein B  97.1 
 
 		 724 aa  1352    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2524  bacteriophage N4 adsorption protein B  49.35 
 
 		 736 aa  665    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3083  bacteriophage N4 adsorption protein B  51.04 
 
 		 745 aa  716    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0586  bacteriophage N4 adsorption protein B  51.18 
 
 		 745 aa  724    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2932  bacteriophage N4 adsorption protein B  90.33 
 
 		 724 aa  1286    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748397  normal  0.174215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0642  bacteriophage N4 adsorption protein B  51.04 
 
 		 745 aa  722    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1194  bacteriophage N4 adsorption protein B  37.97 
 
 		 706 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0726251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1030  bacteriophage N4 adsorption protein B  38.11 
 
 		 706 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1734  bacteriophage N4 adsorption protein B  41.49 
 
 		 713 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0567  bacteriophage N4 adsorption protein B  37.43 
 
 		 715 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2659  bacteriophage N4 adsorption protein B  38.06 
 
 		 653 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.397529 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0508  bacteriophage N4 adsorption protein B  37.48 
 
 		 698 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.759606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2943  bacteriophage N4 adsorption protein B  40.04 
 
 		 573 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493194  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4695  bacteriophage N4 adsorption protein B  36.47 
 
 		 703 aa  363  6e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0225348  normal  0.13115 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3618  bacteriophage N4 adsorption protein B  36.47 
 
 		 703 aa  363  6e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2724  bacteriophage N4 adsorption protein B  39.19 
 
 		 497 aa  320  7e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2242  bacteriophage N4 adsorption protein B  36.65 
 
 		 502 aa  273  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0150202  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2152  bacteriophage N4 adsorption protein B  36.84 
 
 		 502 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.518068  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1309  bacteriophage N4 receptor, inner membrane subunit  32.9 
 
 		 542 aa  209  1e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.140023 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1600  bacteriophage N4 adsorption protein B  29.78 
 
 		 711 aa  205  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.443209  hitchhiker  0.00000043363 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0601  bacteriophage N4 adsorption protein B  32.94 
 
 		 483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1755  bacteriophage N4 adsorption protein B  30.63 
 
 		 670 aa  196  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660131  normal  0.0589931 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2644  bacteriophage N4 adsorption protein B  35.64 
 
 		 488 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3312  bacteriophage N4 adsorption protein B  29.87 
 
 		 442 aa  179  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2548  general secretion pathway protein E  30.48 
 
 		 442 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0326  type II secretion system protein E  30.33 
 
 		 612 aa  68.2  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.038954  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  37 
 
 		 566 aa  65.5  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0756  type II secretion system protein E  28.28 
 
 		 589 aa  64.7  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  27.85 
 
 		 556 aa  63.9  0.000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  28.1 
 
 		 561 aa  63.5  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1138  type II secretory pathway, ATPase  30.58 
 
 		 582 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  31.25 
 
 		 573 aa  62.8  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4573  MSHA biogenesis protein MshE  32.79 
 
 		 570 aa  62.4  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0173  type II secretion system protein E  27.11 
 
 		 637 aa  61.6  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  28.15 
 
 		 558 aa  61.6  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0879  type II secretion system protein E  33.33 
 
 		 569 aa  60.8  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  32.69 
 
 		 555 aa  60.8  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  29.7 
 
 		 553 aa  60.5  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  28.57 
 
 		 570 aa  59.7  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000626903  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  25.86 
 
 		 568 aa  58.9  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  32.69 
 
 		 553 aa  59.3  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  32.35 
 
 		 568 aa  59.3  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  27.34 
 
 		 554 aa  58.9  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  32.35 
 
 		 568 aa  58.9  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  31.82 
 
 		 553 aa  58.5  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  33.96 
 
 		 564 aa  57.4  0.0000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  25.68 
 
 		 563 aa  57  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0872  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway PilB-like  33.9 
 
 		 548 aa  56.6  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1037  general secretion pathway protein E  30.15 
 
 		 385 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  26.28 
 
 		 568 aa  56.2  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  25.29 
 
 		 568 aa  56.2  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1156  type II secretion system protein E  35.9 
 
 		 591 aa  56.6  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0042  type II secretion system protein E  29.06 
 
 		 568 aa  56.2  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  24.72 
 
 		 571 aa  55.8  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  32.35 
 
 		 568 aa  55.1  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2964  glycosyl transferase family 2  24 
 
 		 476 aa  55.5  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0324251  hitchhiker  0.00721921 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  27.43 
 
 		 891 aa  55.1  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  28.95 
 
 		 561 aa  54.7  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0111  general secretory system II, protein E-like  29.41 
 
 		 370 aa  54.3  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00145913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0392  type II secretion system protein E  31 
 
 		 586 aa  54.3  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  27.33 
 
 		 576 aa  54.3  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  33.02 
 
 		 557 aa  53.5  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1041  type II secretion system protein E  35.64 
 
 		 547 aa  53.5  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  26.11 
 
 		 885 aa  53.5  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2665  type II secretion system protein E  28.07 
 
 		 545 aa  53.9  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  22.64 
 
 		 558 aa  53.9  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1124  general secretion pathway protein E  35.88 
 
 		 1017 aa  53.5  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.553401 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  34 
 
 		 557 aa  53.5  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3127  response regulator receiver protein  28.78 
 
 		 283 aa  53.5  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  30 
 
 		 567 aa  53.1  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3765  type II secretion system protein E  28.32 
 
 		 577 aa  53.1  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.238087  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  27.36 
 
 		 564 aa  53.1  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0314  general secretion pathway protein E  27.94 
 
 		 367 aa  52.4  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  26.72 
 
 		 573 aa  52.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  25.55 
 
 		 568 aa  52.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0457  MSHA biogenesis protein MshE  29 
 
 		 587 aa  52.4  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0853  type II secretion system protein E  29.52 
 
 		 561 aa  52  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000472298  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  26.89 
 
 		 574 aa  52  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  25.63 
 
 		 871 aa  52  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3928  General secretory system II protein E domain protein  34.65 
 
 		 345 aa  51.6  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00083498  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0090  type II secretion system protein E  29 
 
 		 566 aa  51.6  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  25 
 
 		 574 aa  50.8  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4189  type II secretion system protein E  26.53 
 
 		 557 aa  50.8  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0388  MshA biogenesis protein MshE  27.97 
 
 		 594 aa  50.4  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000356112  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  30 
 
 		 568 aa  50.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2823  MSHA biogenesis protein MshE  33.98 
 
 		 575 aa  50.1  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4012  General secretory system II protein E domain protein  36.89 
 
 		 345 aa  50.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.66345e-31 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4414  type II secretion system protein E  29 
 
 		 585 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0327101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3097  type II secretion system protein E  28.8 
 
 		 578 aa  50.4  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  32.08 
 
 		 571 aa  50.4  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  25.77 
 
 		 553 aa  50.4  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0066  General secretory system II protein E domain protein  27.93 
 
 		 552 aa  49.3  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.364280000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1792  type II secretion system protein E  31.73 
 
 		 573 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.608065 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2279  general secretion pathway protein E  26.52 
 
 		 378 aa  49.7  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000949561  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0547  type II secretion system protein E  29 
 
 		 584 aa  50.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  23.03 
 
 		 559 aa  49.7  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  30 
 
 		 568 aa  50.1  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>