More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1124 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1124  general secretion pathway protein E  100 
 
 		 1017 aa  2013    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.553401 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1966  type II secretion system protein E  45.54 
 
 		 642 aa  408  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56575  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2969  type II secretory pathway ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  44.18 
 
 		 841 aa  406  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.515104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0923  putative phytochrome sensor protein  39.16 
 
 		 794 aa  317  6e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3938  putative GAF sensor protein  34.86 
 
 		 806 aa  289  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3152  type II secretion system protein E  36.76 
 
 		 677 aa  281  5e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3153  type II secretion system protein E  38.5 
 
 		 684 aa  280  9e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0861  type II secretion system protein E  36.25 
 
 		 642 aa  275  3e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1244  putative phytochrome sensor protein  35.02 
 
 		 772 aa  274  7e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000557718  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0295  putative phytochrome sensor protein  36.14 
 
 		 767 aa  273  9e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.42905  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2609  type IV pilus assembly protein, putative  36.25 
 
 		 645 aa  273  1e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1638  type II secretion system protein E  36.01 
 
 		 644 aa  273  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1971  putative phytochrome sensor protein  35.1 
 
 		 771 aa  271  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000984823  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0279  putative phytochrome sensor protein  35.68 
 
 		 767 aa  269  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0467  putative GAF sensor protein  34.75 
 
 		 736 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.116791  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  38.31 
 
 		 561 aa  253  1e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00443  type II secretion system protein E:GAF domain  37.89 
 
 		 738 aa  251  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  37.1 
 
 		 558 aa  246  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0411  type II secretion system protein E  32.46 
 
 		 702 aa  243  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.319721  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2089  general secretory pathway protein E  37.86 
 
 		 559 aa  242  2.9999999999999997e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  35.03 
 
 		 573 aa  241  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1620  type II secretion system protein E  35.04 
 
 		 616 aa  240  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  35.01 
 
 		 573 aa  239  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0421  putative phytochrome sensor protein  35.06 
 
 		 770 aa  238  3e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  34.8 
 
 		 576 aa  238  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  34.54 
 
 		 871 aa  238  4e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1659  type II secretion system protein E  34.49 
 
 		 785 aa  238  6e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.233969  normal  0.903835 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  33.13 
 
 		 553 aa  236  2.0000000000000002e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0246  type II secretion system protein E  33.25 
 
 		 560 aa  236  2.0000000000000002e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00126346  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  34.71 
 
 		 571 aa  234  7.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  34.95 
 
 		 573 aa  233  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  32.94 
 
 		 573 aa  232  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  34.22 
 
 		 561 aa  232  3e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0954  general secretory pathway protein E  34.39 
 
 		 503 aa  231  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.120459  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1005  type II secretion system protein E  34.39 
 
 		 503 aa  231  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  34.22 
 
 		 564 aa  231  4e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3268  general secretion pathway protein E  34.39 
 
 		 503 aa  231  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000698586  hitchhiker  0.0000000000000127286 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0509  pilus biogenesis ATPase  33.56 
 
 		 572 aa  231  5e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0385141 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1114  general secretion pathway protein E  34.79 
 
 		 585 aa  231  7e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  35.7 
 
 		 521 aa  231  7e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1276  type II secretion system protein E  34.62 
 
 		 563 aa  230  8e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0594  type II secretion system protein E  34.05 
 
 		 888 aa  230  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0229677 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  37.1 
 
 		 553 aa  229  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1451  type II secretion system protein E  33.57 
 
 		 574 aa  229  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  34.37 
 
 		 573 aa  229  2e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  30.32 
 
 		 558 aa  228  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  33.33 
 
 		 577 aa  228  5.0000000000000005e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0138  type II secretion system protein E  33.25 
 
 		 569 aa  227  7e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0550  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  33.89 
 
 		 574 aa  227  7e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2744  type II secretion system protein E  32.19 
 
 		 527 aa  226  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.804654  normal  0.322952 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  35.8 
 
 		 561 aa  226  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3833  type II secretion system protein E  33.49 
 
 		 568 aa  225  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522953 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  31.54 
 
 		 549 aa  225  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3910  putative phytochrome sensor protein  33.03 
 
 		 727 aa  225  4e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0454039  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0090  type II secretion system protein E  33.91 
 
 		 566 aa  225  4e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  35.65 
 
 		 574 aa  224  7e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  33.49 
 
 		 568 aa  224  9e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1527  type II secretion system protein E  31.59 
 
 		 482 aa  223  9.999999999999999e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.155656  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  34.23 
 
 		 520 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0766  type II secretion system protein E  34.06 
 
 		 596 aa  223  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3071  general secretory pathway protein E  33.82 
 
 		 515 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000785682 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  33.82 
 
 		 520 aa  223  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  31.75 
 
 		 885 aa  222  3e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  32.24 
 
 		 578 aa  222  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  34.71 
 
 		 891 aa  221  3.9999999999999997e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  35.11 
 
 		 555 aa  221  5e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  34.74 
 
 		 553 aa  221  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  33.42 
 
 		 567 aa  221  5e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3880  type II secretion system protein E  35.8 
 
 		 567 aa  221  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  35.94 
 
 		 497 aa  221  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  33.17 
 
 		 556 aa  221  7e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  33.5 
 
 		 523 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  34.47 
 
 		 575 aa  221  7.999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4500  putative general secretion pathway protein E  34.8 
 
 		 522 aa  221  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  28.54 
 
 		 564 aa  220  8.999999999999998e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2825  type IV pilus assembly protein  31.03 
 
 		 575 aa  220  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00509282  normal  0.0351792 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  29.67 
 
 		 568 aa  220  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  34.56 
 
 		 495 aa  220  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  33.42 
 
 		 570 aa  219  1e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0766  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  31.97 
 
 		 578 aa  220  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.59759  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  29.67 
 
 		 568 aa  220  1e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0531  type II secretion system protein E  34.55 
 
 		 417 aa  220  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  32.93 
 
 		 563 aa  220  1e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2611  putative general secretion pathway protein E (Type II traffic warden ATPase)  36.6 
 
 		 517 aa  219  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2071  ATPase  34.27 
 
 		 666 aa  219  2e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  33.71 
 
 		 567 aa  219  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  33.41 
 
 		 557 aa  219  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  35.7 
 
 		 497 aa  219  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0008  general secretory pathway protein E  34.8 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3517  general secretion pathway protein E  34.8 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385541  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  35.7 
 
 		 497 aa  219  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2785  general secretion pathway protein E  34.8 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254947  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  30.14 
 
 		 574 aa  219  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0221  general secretory pathway protein E  34.8 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1889  general secretion pathway protein E  34.8 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.902732  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0008  general secretory pathway protein E  34.8 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  34.27 
 
 		 577 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2663  general secretion pathway protein E  34.8 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  35.7 
 
 		 497 aa  218  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  35.7 
 
 		 497 aa  218  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>