More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0295 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2609  type IV pilus assembly protein, putative  55.35 
 
 		 645 aa  645    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0295  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 		 767 aa  1584    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.42905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0861  type II secretion system protein E  53.75 
 
 		 642 aa  645    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1971  putative phytochrome sensor protein  68.68 
 
 		 771 aa  1104    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000984823  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1638  type II secretion system protein E  56.64 
 
 		 644 aa  664    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1244  putative phytochrome sensor protein  48.88 
 
 		 772 aa  746    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000557718  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0279  putative phytochrome sensor protein  95.83 
 
 		 767 aa  1519    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0923  putative phytochrome sensor protein  44.1 
 
 		 794 aa  613  9.999999999999999e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3938  putative GAF sensor protein  42.65 
 
 		 806 aa  611  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0411  type II secretion system protein E  48.89 
 
 		 702 aa  536  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.319721  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0467  putative GAF sensor protein  40.29 
 
 		 736 aa  530  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.116791  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1659  type II secretion system protein E  49.23 
 
 		 785 aa  511  1e-143  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.233969  normal  0.903835 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00443  type II secretion system protein E:GAF domain  41.58 
 
 		 738 aa  504  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0421  putative phytochrome sensor protein  38.4 
 
 		 770 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1966  type II secretion system protein E  44.71 
 
 		 642 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56575  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2969  type II secretory pathway ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  44.01 
 
 		 841 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.515104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3153  type II secretion system protein E  48.87 
 
 		 684 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3152  type II secretion system protein E  50.48 
 
 		 677 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  39.45 
 
 		 871 aa  397  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3910  putative phytochrome sensor protein  38.13 
 
 		 727 aa  380  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0454039  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  38.53 
 
 		 556 aa  379  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  40.97 
 
 		 577 aa  375  1e-102  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3833  type II secretion system protein E  47.87 
 
 		 568 aa  375  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522953 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  38.05 
 
 		 557 aa  375  1e-102  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  39.82 
 
 		 568 aa  369  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1701  type II secretion system protein E  39.22 
 
 		 578 aa  371  1e-101  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  38.96 
 
 		 558 aa  370  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  39.89 
 
 		 561 aa  366  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  38.46 
 
 		 557 aa  369  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2089  general secretory pathway protein E  38.75 
 
 		 559 aa  369  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  38.95 
 
 		 568 aa  364  3e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  40.65 
 
 		 571 aa  364  3e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  37.52 
 
 		 553 aa  364  3e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  38.86 
 
 		 555 aa  364  4e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.32 
 
 		 568 aa  362  1e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.5 
 
 		 568 aa  362  2e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1620  type II secretion system protein E  42.5 
 
 		 616 aa  362  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3257  type II secretion system protein E  46.04 
 
 		 561 aa  361  3e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.69 
 
 		 562 aa  361  3e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.24 
 
 		 568 aa  360  4e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.15 
 
 		 568 aa  360  5e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  38.46 
 
 		 553 aa  360  6e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.04 
 
 		 568 aa  360  8e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.43 
 
 		 568 aa  357  5e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.26 
 
 		 568 aa  356  6.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.04 
 
 		 571 aa  356  7.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  38.09 
 
 		 568 aa  354  4e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  37.33 
 
 		 603 aa  354  4e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  42.79 
 
 		 563 aa  353  4e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1166  type II secretion system protein E  36.21 
 
 		 572 aa  353  5e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  38.55 
 
 		 553 aa  353  5.9999999999999994e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.56 
 
 		 568 aa  353  7e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  37.33 
 
 		 885 aa  352  1e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  38.32 
 
 		 787 aa  352  2e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  37.59 
 
 		 566 aa  352  2e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  37.31 
 
 		 599 aa  352  2e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  37.31 
 
 		 599 aa  351  3e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.52 
 
 		 563 aa  350  7e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  37.29 
 
 		 599 aa  349  9e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23990  general secretion pathway protein E  44.2 
 
 		 502 aa  349  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  38.72 
 
 		 558 aa  348  2e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.17 
 
 		 571 aa  348  3e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002545  type 4 fimbrial assembly ATPase PilB  40.36 
 
 		 561 aa  347  5e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.255614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2681  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.07 
 
 		 572 aa  347  7e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722105  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  38.42 
 
 		 573 aa  346  7e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0594  type II secretion system protein E  36.88 
 
 		 888 aa  346  8e-94  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0229677 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  36.79 
 
 		 553 aa  346  1e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0246  type II secretion system protein E  40.44 
 
 		 560 aa  345  2e-93  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00126346  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2030  general secretion pathway protein E  45.76 
 
 		 502 aa  345  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  39.1 
 
 		 891 aa  345  2.9999999999999997e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  38.07 
 
 		 559 aa  344  4e-93  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  35.43 
 
 		 561 aa  343  7e-93  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  37.92 
 
 		 573 aa  343  7e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0362  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  36.87 
 
 		 569 aa  342  1e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1787  type II secretion system protein E  39.06 
 
 		 544 aa  343  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23276  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.54 
 
 		 549 aa  342  1e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0183  type IV pilus assembly protein  36.87 
 
 		 569 aa  342  1e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  39.68 
 
 		 562 aa  342  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03469  hypothetical protein  38.3 
 
 		 561 aa  342  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4447  type IV pilus biogenesis protein PilB  36.33 
 
 		 566 aa  341  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  35.49 
 
 		 564 aa  341  2.9999999999999998e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  37.07 
 
 		 558 aa  339  9e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  41 
 
 		 570 aa  339  9.999999999999999e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1042  general secretory pathway protein E  40.12 
 
 		 570 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.90473  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1585  type II secretion system protein E  35.91 
 
 		 552 aa  337  5.999999999999999e-91  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.834386 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2184  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.33 
 
 		 572 aa  337  7e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.48405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2895  type II secretion system protein E  40.52 
 
 		 580 aa  337  7e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.847539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  38.58 
 
 		 520 aa  336  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  36.84 
 
 		 565 aa  335  2e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  35.29 
 
 		 564 aa  335  3e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1527  type II secretion system protein E  37.45 
 
 		 482 aa  334  3e-90  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.155656  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.75 
 
 		 569 aa  333  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2630  type IV pilus assembly protein PilB  39.56 
 
 		 563 aa  333  6e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2107  type II secretion system protein E  40.04 
 
 		 606 aa  333  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0312  type II secretion system protein E  37.59 
 
 		 571 aa  333  6e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1636  type II secretion system protein E  38.93 
 
 		 673 aa  333  7.000000000000001e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  38.02 
 
 		 565 aa  333  9e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0138  type II secretion system protein E  45.66 
 
 		 569 aa  332  1e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2028  type II secretion system protein E  37.86 
 
 		 541 aa  332  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.115803  normal  0.0405936 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.42 
 
 		 569 aa  332  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>