More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0467 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0467  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 736 aa  1516    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.116791  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00443  type II secretion system protein E:GAF domain  70.16 
 
 		 738 aa  1084    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0421  putative phytochrome sensor protein  42.73 
 
 		 770 aa  617  1e-175  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1244  putative phytochrome sensor protein  39.92 
 
 		 772 aa  566  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000557718  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0279  putative phytochrome sensor protein  40.63 
 
 		 767 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0295  putative phytochrome sensor protein  40.34 
 
 		 767 aa  538  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.42905  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1971  putative phytochrome sensor protein  39.97 
 
 		 771 aa  533  1e-150  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000984823  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3938  putative GAF sensor protein  39.07 
 
 		 806 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0411  type II secretion system protein E  44.12 
 
 		 702 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.319721  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1659  type II secretion system protein E  45.39 
 
 		 785 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.233969  normal  0.903835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0923  putative phytochrome sensor protein  37.38 
 
 		 794 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0861  type II secretion system protein E  42.24 
 
 		 642 aa  429  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1638  type II secretion system protein E  40.17 
 
 		 644 aa  424  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2609  type IV pilus assembly protein, putative  42.18 
 
 		 645 aa  422  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1966  type II secretion system protein E  49.34 
 
 		 642 aa  419  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56575  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2969  type II secretory pathway ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  48.1 
 
 		 841 aa  410  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.515104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3152  type II secretion system protein E  46.17 
 
 		 677 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1276  type II secretion system protein E  41.62 
 
 		 563 aa  380  1e-104  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  45.03 
 
 		 871 aa  378  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3153  type II secretion system protein E  44.55 
 
 		 684 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2895  type II secretion system protein E  41.27 
 
 		 580 aa  372  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.847539  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  46.81 
 
 		 577 aa  367  1e-100  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0138  type II secretion system protein E  48.85 
 
 		 569 aa  365  2e-99  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  41.07 
 
 		 558 aa  358  1.9999999999999998e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1042  general secretory pathway protein E  38.32 
 
 		 570 aa  353  7e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.90473  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  43.89 
 
 		 561 aa  352  1e-95  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  40.61 
 
 		 520 aa  351  3e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1114  general secretion pathway protein E  37.28 
 
 		 585 aa  350  7e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1701  type II secretion system protein E  39.73 
 
 		 578 aa  347  4e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  40.92 
 
 		 558 aa  346  8.999999999999999e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  35.46 
 
 		 553 aa  346  1e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3910  putative phytochrome sensor protein  45.86 
 
 		 727 aa  343  5.999999999999999e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0454039  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3053  general secretory pathway protein E  45.71 
 
 		 518 aa  343  7e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2107  type II secretion system protein E  43.31 
 
 		 606 aa  343  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3400  general secretory pathway protein E  45.71 
 
 		 518 aa  343  7e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  35.95 
 
 		 555 aa  343  7e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3833  type II secretion system protein E  43.57 
 
 		 568 aa  342  1e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522953 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18700  type II secretion system protein E  45.23 
 
 		 514 aa  342  1e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  41.36 
 
 		 553 aa  341  2e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  44.23 
 
 		 599 aa  342  2e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3393  type II secretion system protein E  44.76 
 
 		 513 aa  341  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2923  general secretion pathway protein E  44.02 
 
 		 499 aa  342  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0090  type II secretion system protein E  46.41 
 
 		 566 aa  341  2.9999999999999998e-92  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  44.42 
 
 		 603 aa  341  4e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  44.23 
 
 		 599 aa  340  5.9999999999999996e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2609  general secretory pathway protein E  38.88 
 
 		 610 aa  340  7e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0938454  normal  0.754135 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3115  general secretion pathway protein E  45.04 
 
 		 533 aa  339  8e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.59067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.79 
 
 		 569 aa  339  9e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.2 
 
 		 569 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.31 
 
 		 549 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3230  type II secretion system protein E (GspE)  45.27 
 
 		 491 aa  338  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0114833  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  44.07 
 
 		 599 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  44.92 
 
 		 520 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  44.92 
 
 		 520 aa  338  2.9999999999999997e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2399  general secretory pathway protein E  42.5 
 
 		 515 aa  337  2.9999999999999997e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178866 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  37.54 
 
 		 568 aa  337  5e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4189  type II secretion system protein E  42.08 
 
 		 557 aa  337  5e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  41.69 
 
 		 885 aa  337  5e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  45.91 
 
 		 891 aa  337  5e-91  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.21 
 
 		 569 aa  337  5e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  40.04 
 
 		 569 aa  337  5.999999999999999e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  37.68 
 
 		 568 aa  337  5.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40 
 
 		 571 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  44.42 
 
 		 565 aa  336  7.999999999999999e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  42.69 
 
 		 573 aa  335  1e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3605  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.58 
 
 		 569 aa  335  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3783  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  36.32 
 
 		 568 aa  336  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.458272  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3666  type II secretion system protein E  42.44 
 
 		 566 aa  336  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  45.34 
 
 		 567 aa  335  2e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  39.39 
 
 		 518 aa  335  2e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3257  type II secretion system protein E  36.65 
 
 		 561 aa  335  2e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  42.54 
 
 		 564 aa  335  2e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  44.53 
 
 		 563 aa  335  2e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3071  general secretory pathway protein E  40.76 
 
 		 515 aa  334  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000785682 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  36.23 
 
 		 562 aa  335  3e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.68 
 
 		 570 aa  334  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  41.67 
 
 		 562 aa  334  4e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0594  type II secretion system protein E  43.05 
 
 		 888 aa  333  5e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0229677 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  43.94 
 
 		 557 aa  333  5e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3009  type II secretion system protein E  37.94 
 
 		 561 aa  334  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.350498 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3428  general secretory pathway protein E  39.53 
 
 		 471 aa  333  5e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010017 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2089  general secretory pathway protein E  43.91 
 
 		 559 aa  333  5e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  43.43 
 
 		 556 aa  333  7.000000000000001e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.83 
 
 		 569 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.15 
 
 		 570 aa  333  9e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.15 
 
 		 570 aa  333  9e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0313  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.97 
 
 		 569 aa  333  9e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2785  general secretion pathway protein E  44.5 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254947  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0008  general secretory pathway protein E  44.5 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0221  general secretory pathway protein E  44.5 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1889  general secretion pathway protein E  44.5 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.902732  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1903  type II secretion system protein E  40.04 
 
 		 487 aa  332  1e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2663  general secretion pathway protein E  44.5 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3517  general secretion pathway protein E  44.5 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0008  general secretory pathway protein E  44.5 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.87 
 
 		 570 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  40.51 
 
 		 553 aa  332  1e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00602  general secretory pathway protein E  37.63 
 
 		 501 aa  332  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.73 
 
 		 568 aa  331  2e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.73 
 
 		 568 aa  332  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>