More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3938 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3938  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 806 aa  1665    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1244  putative phytochrome sensor protein  47.93 
 
 		 772 aa  718    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000557718  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0923  putative phytochrome sensor protein  55.47 
 
 		 794 aa  865    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1971  putative phytochrome sensor protein  42.62 
 
 		 771 aa  624  1e-177  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000984823  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0295  putative phytochrome sensor protein  42.65 
 
 		 767 aa  611  1e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.42905  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0279  putative phytochrome sensor protein  42.6 
 
 		 767 aa  608  9.999999999999999e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0467  putative GAF sensor protein  38.35 
 
 		 736 aa  502  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.116791  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1966  type II secretion system protein E  56.35 
 
 		 642 aa  491  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56575  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0411  type II secretion system protein E  44.72 
 
 		 702 aa  490  1e-137  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.319721  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0421  putative phytochrome sensor protein  37.39 
 
 		 770 aa  479  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00443  type II secretion system protein E:GAF domain  38.67 
 
 		 738 aa  474  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0861  type II secretion system protein E  42.35 
 
 		 642 aa  474  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2609  type IV pilus assembly protein, putative  43.5 
 
 		 645 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2969  type II secretory pathway ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  42.93 
 
 		 841 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.515104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1638  type II secretion system protein E  43.21 
 
 		 644 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1659  type II secretion system protein E  41.95 
 
 		 785 aa  437  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.233969  normal  0.903835 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3152  type II secretion system protein E  49.64 
 
 		 677 aa  405  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3153  type II secretion system protein E  50.49 
 
 		 684 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  35.56 
 
 		 871 aa  368  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  37.79 
 
 		 885 aa  369  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  39.96 
 
 		 577 aa  359  9e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3833  type II secretion system protein E  37.79 
 
 		 568 aa  356  6.999999999999999e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522953 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0594  type II secretion system protein E  36.26 
 
 		 888 aa  356  8.999999999999999e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0229677 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1620  type II secretion system protein E  35.39 
 
 		 616 aa  349  9e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1276  type II secretion system protein E  36.99 
 
 		 563 aa  348  2e-94  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1701  type II secretion system protein E  35.74 
 
 		 578 aa  348  2e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.9 
 
 		 568 aa  345  2e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.9 
 
 		 568 aa  345  2e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  34.15 
 
 		 558 aa  344  2.9999999999999997e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3910  putative phytochrome sensor protein  35.42 
 
 		 727 aa  342  1e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0454039  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.56 
 
 		 568 aa  342  2e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  35.73 
 
 		 568 aa  341  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1585  type II secretion system protein E  38.83 
 
 		 552 aa  339  1.9999999999999998e-91  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.834386 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  38.95 
 
 		 563 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  36.23 
 
 		 891 aa  337  7.999999999999999e-91  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  36.58 
 
 		 565 aa  334  3e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  35.48 
 
 		 553 aa  334  3e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0426  type II secretion system protein E  35.52 
 
 		 577 aa  333  5e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0285266  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  36.13 
 
 		 559 aa  333  5e-90  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.2 
 
 		 571 aa  332  1e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  36.21 
 
 		 556 aa  332  2e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.54 
 
 		 563 aa  331  3e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  35.82 
 
 		 571 aa  330  5.0000000000000004e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  35.92 
 
 		 567 aa  329  1.0000000000000001e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  34.52 
 
 		 561 aa  328  3e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  33.9 
 
 		 568 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  34.94 
 
 		 787 aa  325  2e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  36.49 
 
 		 599 aa  324  3e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2895  type II secretion system protein E  34.49 
 
 		 580 aa  324  4e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.847539  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  36.49 
 
 		 599 aa  323  5e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.86 
 
 		 562 aa  324  5e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.06 
 
 		 568 aa  323  9.000000000000001e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0090  type II secretion system protein E  35.79 
 
 		 566 aa  323  9.999999999999999e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.06 
 
 		 568 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  34.53 
 
 		 566 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0138  type II secretion system protein E  36.13 
 
 		 569 aa  322  9.999999999999999e-87  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  35.59 
 
 		 574 aa  322  1.9999999999999998e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  35.98 
 
 		 599 aa  322  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3859  type II secretion system protein E  39.55 
 
 		 568 aa  322  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123854 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  35.39 
 
 		 557 aa  322  1.9999999999999998e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0805  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.4 
 
 		 577 aa  321  3e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  34.17 
 
 		 553 aa  321  3.9999999999999996e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4820  type II secretion system protein E  35.33 
 
 		 566 aa  321  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.01 
 
 		 568 aa  321  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2305  general secretion pathway protein E  37.7 
 
 		 503 aa  321  3.9999999999999996e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  40.19 
 
 		 561 aa  321  3.9999999999999996e-86  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.72 
 
 		 565 aa  320  5e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1042  general secretory pathway protein E  33.45 
 
 		 570 aa  320  5e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.90473  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4182  type II secretion system protein E  37.97 
 
 		 676 aa  320  6e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.231582 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.74 
 
 		 570 aa  320  6e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1479  pilus assembly protein PilB  36.49 
 
 		 574 aa  320  7e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3680  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.17 
 
 		 578 aa  320  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.45 
 
 		 570 aa  320  7e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  33.84 
 
 		 568 aa  319  1e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.29 
 
 		 570 aa  319  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  35.12 
 
 		 569 aa  319  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  40.14 
 
 		 578 aa  319  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0768  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.23 
 
 		 577 aa  319  1e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  34.18 
 
 		 568 aa  319  2e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.63 
 
 		 570 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0369  type IV pilus biogenesis protein PilB  35.52 
 
 		 568 aa  318  2e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0911  type II secretion system protein E  35.51 
 
 		 601 aa  318  3e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1792  type II secretion system protein E  34.72 
 
 		 573 aa  318  3e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.608065 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  43 
 
 		 557 aa  318  3e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.95 
 
 		 569 aa  318  3e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  33.89 
 
 		 555 aa  317  4e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2370  type IV pilus assembly protein, PilB  33.78 
 
 		 571 aa  317  4e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.881077  normal  0.0893992 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.95 
 
 		 569 aa  317  4e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58750  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  36.3 
 
 		 567 aa  317  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.497058 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3473  response regulator receiver domain-containing protein  36.29 
 
 		 823 aa  317  6e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0246  type II secretion system protein E  40.7 
 
 		 560 aa  317  7e-85  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00126346  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4695  type II secretion system protein E  42.6 
 
 		 668 aa  316  9e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.912927 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04882  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  34.67 
 
 		 577 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.415694  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3428  general secretory pathway protein E  41.25 
 
 		 471 aa  316  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010017 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  34.1 
 
 		 577 aa  316  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.92 
 
 		 549 aa  316  9.999999999999999e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3137  pili biogenesis ATPase  38.22 
 
 		 474 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.629616  hitchhiker  0.0029573 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  35.63 
 
 		 569 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  35.74 
 
 		 603 aa  315  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1610  type II secretion system protein E  41.52 
 
 		 673 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>