More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2825 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3070  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  94.78 
 
 		 575 aa  1096    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2825  type IV pilus assembly protein  100 
 
 		 575 aa  1168    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00509282  normal  0.0351792 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0805  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.71 
 
 		 577 aa  642    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0639  type II secretion system protein E  57.52 
 
 		 571 aa  648    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2960  type II secretion system protein E  77.89 
 
 		 586 aa  911    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548556  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5488  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.57 
 
 		 580 aa  649    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.388204  normal  0.1076 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2370  type IV pilus assembly protein, PilB  61.82 
 
 		 571 aa  674    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.881077  normal  0.0893992 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1175  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.6 
 
 		 571 aa  646    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0509  pilus biogenesis ATPase  58.27 
 
 		 572 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0385141 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2902  type II secretion system protein E  56.42 
 
 		 577 aa  636    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  57.67 
 
 		 578 aa  647    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0766  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.02 
 
 		 578 aa  651    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.59759  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0550  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.63 
 
 		 574 aa  637    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3108  type II secretion system protein E  77.08 
 
 		 573 aa  911    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.275217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3680  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.19 
 
 		 578 aa  652    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4220  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.29 
 
 		 577 aa  647    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0768  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.54 
 
 		 577 aa  641    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2705  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  94.78 
 
 		 575 aa  1095    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.18 
 
 		 555 aa  652    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.762326  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2141  type II secretion system protein E  56.68 
 
 		 569 aa  609  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000466372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0312  type II secretion system protein E  51.62 
 
 		 571 aa  570  1e-161  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.37 
 
 		 549 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2079  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.33 
 
 		 578 aa  563  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292786 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.63 
 
 		 569 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0369  type IV pilus biogenesis protein PilB  49.66 
 
 		 568 aa  558  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.97 
 
 		 565 aa  556  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3605  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.45 
 
 		 569 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464844  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  49.32 
 
 		 569 aa  552  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.73 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2096  type IV pilus assembly protein PilB  51.37 
 
 		 571 aa  547  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.91 
 
 		 570 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0064  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilB  51.09 
 
 		 591 aa  547  1e-154  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.978792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.73 
 
 		 570 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0413  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.8 
 
 		 568 aa  547  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.15 
 
 		 569 aa  546  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3438  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.1 
 
 		 569 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.141365  normal  0.083139 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2114  pilus biogenesis protein  52.78 
 
 		 577 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0069  type II secretion system protein E  50.54 
 
 		 570 aa  544  1e-153  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.73093  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2034  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.78 
 
 		 577 aa  544  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.226289  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.81 
 
 		 570 aa  545  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.81 
 
 		 570 aa  545  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04882  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.45 
 
 		 577 aa  540  9.999999999999999e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.415694  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5162  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  50.93 
 
 		 561 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58750  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  50.92 
 
 		 567 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.497058 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0926  type IV pilus biogenesis protein PilB  49.64 
 
 		 564 aa  538  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0798  type II secretion system protein E  49.64 
 
 		 564 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0313  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.87 
 
 		 569 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.95 
 
 		 569 aa  537  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4820  type II secretion system protein E  50.36 
 
 		 566 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3167  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.4 
 
 		 577 aa  534  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.644973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3783  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.63 
 
 		 568 aa  534  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.458272  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2184  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.88 
 
 		 572 aa  534  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.48405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0183  type IV pilus assembly protein  48.82 
 
 		 569 aa  530  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0362  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.82 
 
 		 569 aa  530  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3389  type II secretion system protein E  48.83 
 
 		 569 aa  530  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2681  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.01 
 
 		 572 aa  529  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722105  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12090  type IV pilus assembly protein  51.48 
 
 		 566 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.02 
 
 		 562 aa  512  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0863  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  50.93 
 
 		 573 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4447  type IV pilus biogenesis protein PilB  48.71 
 
 		 566 aa  504  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1479  pilus assembly protein PilB  46.99 
 
 		 574 aa  503  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  46.81 
 
 		 574 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0775  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.09 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.621188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2174  type II secretion system protein E  47.32 
 
 		 579 aa  488  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  43.23 
 
 		 566 aa  484  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  43.99 
 
 		 568 aa  484  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.96 
 
 		 568 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.84 
 
 		 568 aa  480  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  43.74 
 
 		 568 aa  476  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.81 
 
 		 568 aa  475  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.96 
 
 		 568 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  44.54 
 
 		 568 aa  472  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  44.13 
 
 		 571 aa  469  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.84 
 
 		 568 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.01 
 
 		 568 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.12 
 
 		 568 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.94 
 
 		 568 aa  463  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0504  Type II secretory pathway ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  55 
 
 		 431 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823394  normal  0.112253 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3527  type IV fimbrial biogenesis protein,PilB  53.5 
 
 		 419 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.76 
 
 		 563 aa  452  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2531  type II/IV secretion system protein  53.25 
 
 		 419 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3531  type IV pilus biogenesis protein PilB  53.5 
 
 		 407 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2630  type IV pilus assembly protein PilB  46.14 
 
 		 563 aa  449  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3506  type IV pilus biogenesis protein PilB  53.5 
 
 		 407 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0453  type II/IV secretion system protein  53.5 
 
 		 407 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  44.82 
 
 		 562 aa  450  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03469  hypothetical protein  43.85 
 
 		 561 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3251  type II/IV secretion system protein  53.25 
 
 		 407 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1311  type II/IV secretion system protein  53.25 
 
 		 407 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2655  type II secretion system protein E  52.23 
 
 		 432 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.488787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.26 
 
 		 571 aa  440  9.999999999999999e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.81 
 
 		 571 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002545  type 4 fimbrial assembly ATPase PilB  46.6 
 
 		 561 aa  437  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.255614  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3452  type II secretion system protein E  54.68 
 
 		 431 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.190294  hitchhiker  0.00352779 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2818  type II secretion system protein E  51.12 
 
 		 455 aa  433  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.016239  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  42.1 
 
 		 557 aa  429  1e-119  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1136  type II/IV secretion system protein  52.37 
 
 		 423 aa  432  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3663  type II secretion system protein E  52.12 
 
 		 425 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0506  type II secretion system protein E  51.12 
 
 		 414 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0103937  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0481  type II secretion system protein E  51.37 
 
 		 414 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00626406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>