More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0550 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0768  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  65.91 
 
 		 577 aa  800    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2825  type IV pilus assembly protein  57.63 
 
 		 575 aa  637    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00509282  normal  0.0351792 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  67.57 
 
 		 555 aa  790    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.762326  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0639  type II secretion system protein E  58.84 
 
 		 571 aa  691    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2960  type II secretion system protein E  59 
 
 		 586 aa  653    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548556  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2370  type IV pilus assembly protein, PilB  60.11 
 
 		 571 aa  699    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.881077  normal  0.0893992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5488  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  67.31 
 
 		 580 aa  788    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.388204  normal  0.1076 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3680  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  66.09 
 
 		 578 aa  807    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.38 
 
 		 549 aa  635    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2902  type II secretion system protein E  66.37 
 
 		 577 aa  804    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2141  type II secretion system protein E  58.16 
 
 		 569 aa  676    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000466372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  68.42 
 
 		 578 aa  833    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0509  pilus biogenesis ATPase  80.39 
 
 		 572 aa  977    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0385141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4220  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  67.61 
 
 		 577 aa  804    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1175  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  61.7 
 
 		 571 aa  694    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0766  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  67.08 
 
 		 578 aa  803    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.59759  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0805  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  65.91 
 
 		 577 aa  801    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0550  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  100 
 
 		 574 aa  1168    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0312  type II secretion system protein E  55.77 
 
 		 571 aa  632  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3070  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.12 
 
 		 575 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2705  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.12 
 
 		 575 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3108  type II secretion system protein E  57.12 
 
 		 573 aa  626  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.275217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2079  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.07 
 
 		 578 aa  615  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4820  type II secretion system protein E  54.72 
 
 		 566 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0069  type II secretion system protein E  51.86 
 
 		 570 aa  609  1e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.73093  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0064  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilB  52.12 
 
 		 591 aa  602  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.978792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.57 
 
 		 565 aa  602  1.0000000000000001e-171  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58750  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  53.37 
 
 		 567 aa  600  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.497058 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2681  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.49 
 
 		 572 aa  594  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722105  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5162  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  53.04 
 
 		 561 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2184  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.08 
 
 		 572 aa  593  1e-168  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.48405  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2096  type IV pilus assembly protein PilB  52.48 
 
 		 571 aa  588  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0775  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  54.09 
 
 		 567 aa  591  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.621188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0369  type IV pilus biogenesis protein PilB  52.39 
 
 		 568 aa  585  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0926  type IV pilus biogenesis protein PilB  53.55 
 
 		 564 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0798  type II secretion system protein E  53.37 
 
 		 564 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3605  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.4 
 
 		 569 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.78 
 
 		 569 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0413  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.96 
 
 		 568 aa  581  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3438  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.25 
 
 		 569 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.141365  normal  0.083139 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.5 
 
 		 569 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  51.5 
 
 		 569 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04882  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.29 
 
 		 577 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.415694  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2034  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.26 
 
 		 577 aa  575  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.226289  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.33 
 
 		 569 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.97 
 
 		 569 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0313  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.03 
 
 		 569 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12090  type IV pilus assembly protein  53.19 
 
 		 566 aa  572  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.8 
 
 		 570 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2114  pilus biogenesis protein  53.09 
 
 		 577 aa  574  1.0000000000000001e-162  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.8 
 
 		 570 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.97 
 
 		 570 aa  572  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.88 
 
 		 570 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0863  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  51.95 
 
 		 573 aa  558  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3389  type II secretion system protein E  50 
 
 		 569 aa  559  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3167  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.24 
 
 		 577 aa  557  1e-157  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.644973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3783  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.65 
 
 		 568 aa  554  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.458272  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1479  pilus assembly protein PilB  49.2 
 
 		 574 aa  550  1e-155  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  48.85 
 
 		 574 aa  551  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0362  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.2 
 
 		 569 aa  542  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0183  type IV pilus assembly protein  49.2 
 
 		 569 aa  542  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.51 
 
 		 562 aa  530  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4447  type IV pilus biogenesis protein PilB  51.73 
 
 		 566 aa  529  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2174  type II secretion system protein E  46.14 
 
 		 579 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  47.29 
 
 		 568 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  46.49 
 
 		 568 aa  499  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.03 
 
 		 568 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.14 
 
 		 568 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.24 
 
 		 568 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.05 
 
 		 568 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.05 
 
 		 568 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.55 
 
 		 568 aa  489  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  47.09 
 
 		 571 aa  491  1e-137  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  45.67 
 
 		 568 aa  485  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  45.64 
 
 		 566 aa  484  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.12 
 
 		 568 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.12 
 
 		 568 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  48.08 
 
 		 562 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03469  hypothetical protein  45.1 
 
 		 561 aa  468  9.999999999999999e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.48 
 
 		 563 aa  457  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002545  type 4 fimbrial assembly ATPase PilB  46.53 
 
 		 561 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.255614  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.02 
 
 		 571 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.46 
 
 		 571 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0151  type II secretion system protein E  53.2 
 
 		 420 aa  442  1e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2630  type IV pilus assembly protein PilB  44.72 
 
 		 563 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0504  Type II secretory pathway ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  53.85 
 
 		 431 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823394  normal  0.112253 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3527  type IV fimbrial biogenesis protein,PilB  53.75 
 
 		 419 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2531  type II/IV secretion system protein  53.49 
 
 		 419 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3506  type IV pilus biogenesis protein PilB  53.49 
 
 		 407 aa  432  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3531  type IV pilus biogenesis protein PilB  53.49 
 
 		 407 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0453  type II/IV secretion system protein  53.49 
 
 		 407 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3251  type II/IV secretion system protein  53.23 
 
 		 407 aa  428  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1311  type II/IV secretion system protein  53.23 
 
 		 407 aa  428  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2818  type II secretion system protein E  52.32 
 
 		 455 aa  424  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.016239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1136  type II/IV secretion system protein  53.61 
 
 		 423 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2655  type II secretion system protein E  51.78 
 
 		 432 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.488787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  44.07 
 
 		 557 aa  421  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3452  type II secretion system protein E  53.98 
 
 		 431 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.190294  hitchhiker  0.00352779 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  41.07 
 
 		 871 aa  415  1e-114  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  43.01 
 
 		 553 aa  414  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>