More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3127 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3127  response regulator receiver protein  100 
 
 		 283 aa  570  1.0000000000000001e-162  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1135  response regulator receiver protein  95.76 
 
 		 283 aa  550  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1220  response regulator  53.14 
 
 		 277 aa  297  1e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.327631  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2299  response regulator receiver protein  52.9 
 
 		 275 aa  296  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0218685  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1737  response regulator receiver domain-containing protein  52.03 
 
 		 277 aa  290  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.570794  normal  0.630295 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0372  response regulator receiver protein  48.71 
 
 		 340 aa  263  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.463682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0978  response regulator receiver protein  39.03 
 
 		 280 aa  203  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000299391  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2281  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.217898  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1942  response regulator receiver protein  34.59 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1797  response regulator receiver protein  37.22 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0698667 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2813  response regulator receiver protein  34.98 
 
 		 274 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2420  response regulator receiver protein  36.09 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2262  response regulator receiver protein  33.83 
 
 		 281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1537  two component LuxR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02441  two-component response regulator  39.83 
 
 		 242 aa  94  3e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  38.76 
 
 		 231 aa  92.4  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 245 aa  90.1  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 		 365 aa  89.4  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0584  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 216 aa  89.4  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0767221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2155  CheA signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 1609 aa  89.4  7e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.93 
 
 		 326 aa  89  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0580  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 123 aa  89  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  43.1 
 
 		 229 aa  88.6  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 245 aa  88.6  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  37.14 
 
 		 554 aa  88.2  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3458  response regulator receiver  41.18 
 
 		 365 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01871  two-component response regulator  37.72 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 		 265 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1793  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 122 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4317  chemotaxis receiver protein  42.06 
 
 		 122 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.257676  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0171  two component LuxR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 242 aa  86.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01891  two-component response regulator  37.72 
 
 		 242 aa  87  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.991625  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  36.75 
 
 		 461 aa  86.3  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  36.75 
 
 		 456 aa  86.3  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0134  response regulator receiver protein  40.87 
 
 		 123 aa  85.9  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.81317  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.09 
 
 		 350 aa  86.3  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2880  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 220 aa  86.3  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.344114  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01981  two-component response regulator  39.47 
 
 		 242 aa  85.9  7e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.125891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.31 
 
 		 1184 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.656273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 465 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2097  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 121 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.371893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.62 
 
 		 397 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2248  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 121 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2111  Fis family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 121 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2365  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 121 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00457125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1880  response regulator receiver protein  41.12 
 
 		 121 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.578036 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  38.17 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2120  chemotaxis protein CheY  41.12 
 
 		 121 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.53 
 
 		 403 aa  83.6  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 454 aa  84  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27181  two-component response regulator  37.74 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01871  two-component response regulator  36.84 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.528311  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0251  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 126 aa  83.6  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.102048 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3377  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  37.39 
 
 		 1242 aa  83.2  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3183  signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 		 1279 aa  82.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0105  DNA-binding response regulator  39.47 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1220  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1133  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 217 aa  82.8  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3298  hypothetical protein  34.21 
 
 		 121 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.765394 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0356  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.43 
 
 		 360 aa  82.4  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  35.04 
 
 		 457 aa  82.4  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2094  response regulator receiver protein  40.19 
 
 		 121 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2168  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.747517  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1597  histidine kinase  39.05 
 
 		 537 aa  82.4  0.000000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  35.04 
 
 		 457 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1527  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2219  response regulator receiver protein  40.19 
 
 		 121 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0263  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 121 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.419062 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1236  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.493129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4530  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.64 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.05 
 
 		 1131 aa  81.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2789  response regulator receiver domain-containing protein  38.26 
 
 		 122 aa  82  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.69 
 
 		 230 aa  82  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 		 1118 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4198  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 1185 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.996958 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0355  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 161 aa  82  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.384709  normal  0.97064 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0298  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.38 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.7054  normal  0.177262 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3553  response regulator receiver  38.02 
 
 		 384 aa  80.9  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.739627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 		 576 aa  81.3  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2179  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  37.3 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.378064  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 		 1426 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  36.75 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 363 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 		 1049 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 1651 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0640  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 123 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.75 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0669  response regulator receiver domain-containing protein  40.74 
 
 		 167 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00304574  normal  0.832292 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0297  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 121 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127858  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0631  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 123 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>