More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2040 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2040  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 795 aa  1582    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  53.02 
 
 		 518 aa  389  1e-106  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  53.72 
 
 		 415 aa  379  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  50 
 
 		 576 aa  375  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  52.75 
 
 		 415 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  47.61 
 
 		 615 aa  370  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  50.13 
 
 		 653 aa  370  1e-101  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  51.88 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1185  transcription termination factor Rho  50.14 
 
 		 364 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.704725  normal  0.0982227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  49.73 
 
 		 679 aa  367  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  52.65 
 
 		 415 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  44.71 
 
 		 579 aa  368  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  52.09 
 
 		 429 aa  367  1e-100  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  47.66 
 
 		 750 aa  368  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  46.25 
 
 		 602 aa  369  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  49.48 
 
 		 690 aa  368  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  48.08 
 
 		 512 aa  369  1e-100  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  48.83 
 
 		 676 aa  366  1e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0058  transcription termination factor Rho  54.47 
 
 		 458 aa  365  2e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00215813  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  50.66 
 
 		 429 aa  365  2e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  52.22 
 
 		 450 aa  363  5.0000000000000005e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4906  transcription termination factor Rho  48.49 
 
 		 420 aa  363  7.0000000000000005e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.957069 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2358  transcription termination factor Rho  48.77 
 
 		 420 aa  363  9e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.139464  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0708  transcription termination factor Rho  45.89 
 
 		 659 aa  362  1e-98  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.310243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  51.53 
 
 		 429 aa  362  2e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1500  transcription termination factor Rho  48.49 
 
 		 420 aa  361  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  48.19 
 
 		 573 aa  361  3e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  51.53 
 
 		 429 aa  360  5e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  49.04 
 
 		 604 aa  360  6e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  49.73 
 
 		 605 aa  360  6e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  50.41 
 
 		 415 aa  360  8e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  49.86 
 
 		 548 aa  359  9e-98  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1137  transcription termination factor Rho  48.28 
 
 		 393 aa  359  9e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  48.17 
 
 		 484 aa  359  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  41.7 
 
 		 729 aa  359  9.999999999999999e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1282  transcription termination factor Rho  48.49 
 
 		 430 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0183251  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0443  transcription termination factor Rho  50 
 
 		 447 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0265285  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2604  transcription termination factor Rho  47.95 
 
 		 420 aa  358  2.9999999999999997e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0410  transcription termination factor Rho  47.97 
 
 		 650 aa  358  2.9999999999999997e-97  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000426411  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2638  transcription termination factor Rho  48.49 
 
 		 420 aa  358  2.9999999999999997e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105772  hitchhiker  0.00838522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2262  transcription termination factor Rho  47.67 
 
 		 420 aa  356  7.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.883026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  50.28 
 
 		 415 aa  356  8.999999999999999e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  50.96 
 
 		 457 aa  356  1e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  50.42 
 
 		 429 aa  356  1e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  49.45 
 
 		 429 aa  356  1e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  50.41 
 
 		 508 aa  356  1e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  49.44 
 
 		 415 aa  355  2e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  45.18 
 
 		 549 aa  355  2e-96  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2196  transcription termination factor Rho  47.67 
 
 		 420 aa  355  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.430526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  48.92 
 
 		 644 aa  354  2.9999999999999997e-96  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  49.58 
 
 		 492 aa  354  2.9999999999999997e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  49.72 
 
 		 416 aa  355  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  49.72 
 
 		 415 aa  353  5e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0471  transcription termination factor Rho  48.61 
 
 		 434 aa  353  7e-96  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0978  transcription termination factor Rho  51.92 
 
 		 423 aa  353  7e-96  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000458631  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  50.26 
 
 		 594 aa  353  7e-96  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  41.93 
 
 		 704 aa  353  8e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1197  transcription termination factor Rho  49.3 
 
 		 393 aa  353  8e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.215779  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1266  transcription termination factor Rho  49.3 
 
 		 393 aa  353  8e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  48.12 
 
 		 747 aa  353  8.999999999999999e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03719  transcription termination factor Rho  47.96 
 
 		 629 aa  352  1e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0778  transcription termination factor Rho  48.9 
 
 		 419 aa  352  2e-95  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1292  transcription termination factor Rho  49.17 
 
 		 432 aa  351  2e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.345721  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  49.86 
 
 		 421 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  47.87 
 
 		 696 aa  352  2e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  47.99 
 
 		 685 aa  351  3e-95  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0605  transcription termination factor Rho  48.89 
 
 		 447 aa  351  3e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000783157  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  50.14 
 
 		 418 aa  350  4e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  50.14 
 
 		 418 aa  350  4e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1173  transcription termination factor Rho  49.17 
 
 		 432 aa  350  4e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.114801  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  49.17 
 
 		 415 aa  350  6e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2353  transcription termination factor Rho  47.09 
 
 		 711 aa  350  7e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000144518 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  47.93 
 
 		 546 aa  350  7e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  47.78 
 
 		 674 aa  350  7e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0572  transcription termination factor Rho  49.17 
 
 		 432 aa  350  8e-95  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.124184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  50.68 
 
 		 437 aa  350  8e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  49.44 
 
 		 415 aa  350  8e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  48.23 
 
 		 424 aa  349  9e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  49.17 
 
 		 415 aa  350  9e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  49.58 
 
 		 417 aa  349  1e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  49.73 
 
 		 435 aa  349  1e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  46.88 
 
 		 721 aa  349  1e-94  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2899  transcription termination factor Rho  47.12 
 
 		 420 aa  349  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.321036  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  47.33 
 
 		 689 aa  349  1e-94  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  49.31 
 
 		 421 aa  349  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2293  transcription termination factor Rho  49.73 
 
 		 435 aa  349  1e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.182483  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  49.17 
 
 		 415 aa  349  1e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  49.58 
 
 		 417 aa  349  1e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  48.61 
 
 		 431 aa  348  2e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1553  transcription termination factor Rho  49.59 
 
 		 447 aa  348  2e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000288549  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  50.14 
 
 		 434 aa  348  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  42.25 
 
 		 658 aa  348  3e-94  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  49.03 
 
 		 421 aa  347  3e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  48.63 
 
 		 418 aa  348  3e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  49.03 
 
 		 421 aa  348  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6250  transcription termination factor Rho  47.67 
 
 		 420 aa  348  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156064  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2181  transcription termination factor Rho  50.82 
 
 		 486 aa  348  3e-94  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1344  transcription termination factor Rho  47.51 
 
 		 431 aa  348  3e-94  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000288127  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  46.58 
 
 		 751 aa  348  3e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1829  transcription termination factor Rho  47.67 
 
 		 420 aa  348  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156095  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>