More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0410 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0410  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 650 aa  1315    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000426411  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  45.08 
 
 		 653 aa  531  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  64.46 
 
 		 690 aa  503  1e-141  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  60.59 
 
 		 508 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2471  transcription termination factor Rho  61.9 
 
 		 489 aa  483  1e-135  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.94389  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2181  transcription termination factor Rho  61.9 
 
 		 486 aa  483  1e-135  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  61.75 
 
 		 436 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  61.39 
 
 		 492 aa  466  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1063  transcription termination factor Rho  61.6 
 
 		 556 aa  462  1e-129  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000384674  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  58.7 
 
 		 450 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0058  transcription termination factor Rho  60.45 
 
 		 458 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00215813  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 642 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  57.89 
 
 		 434 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  57.78 
 
 		 425 aa  446  1.0000000000000001e-124  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 		 444 aa  441  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  57.42 
 
 		 424 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  58.56 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  55.82 
 
 		 445 aa  441  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  58.13 
 
 		 415 aa  437  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2875  transcription termination factor Rho  57.62 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000596182  hitchhiker  0.0000000051711 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  55.58 
 
 		 573 aa  439  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  55.14 
 
 		 679 aa  432  1e-120  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18010  transcription termination factor Rho  56.51 
 
 		 418 aa  432  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  57.46 
 
 		 437 aa  433  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  56.87 
 
 		 424 aa  435  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 		 416 aa  432  1e-120  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  57.42 
 
 		 423 aa  433  1e-120  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1728  transcription termination factor Rho  55.36 
 
 		 438 aa  432  1e-119  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00025665  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  430  1e-119  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  431  1e-119  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  431  1e-119  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  431  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  55.68 
 
 		 644 aa  430  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  430  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  430  1e-119  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 420 aa  431  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  431  1e-119  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 423 aa  431  1e-119  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1864  transcription termination factor Rho  57.72 
 
 		 496 aa  432  1e-119  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.462467  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0778  transcription termination factor Rho  58.2 
 
 		 419 aa  428  1e-118  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  55.52 
 
 		 548 aa  428  1e-118  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5181  transcription termination factor Rho  56.32 
 
 		 423 aa  429  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21574  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  57.92 
 
 		 417 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5575  transcription termination factor Rho  56.32 
 
 		 423 aa  429  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000155129  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2402  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 429 aa  428  1e-118  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  57.92 
 
 		 437 aa  429  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  56.04 
 
 		 437 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  58.01 
 
 		 579 aa  428  1e-118  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  55.16 
 
 		 605 aa  427  1e-118  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  56.4 
 
 		 415 aa  428  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  57.92 
 
 		 417 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  55.37 
 
 		 457 aa  427  1e-118  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  56.4 
 
 		 415 aa  427  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  56.79 
 
 		 676 aa  428  1e-118  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  54.45 
 
 		 518 aa  426  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  56.68 
 
 		 415 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  56.01 
 
 		 418 aa  423  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  55.7 
 
 		 419 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2157  transcription termination factor Rho  54.08 
 
 		 438 aa  425  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.894966  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  55.74 
 
 		 421 aa  423  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  58.73 
 
 		 685 aa  426  1e-117  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  56.64 
 
 		 615 aa  424  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  56.87 
 
 		 429 aa  423  1e-117  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  55.74 
 
 		 418 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  56.87 
 
 		 429 aa  424  1e-117  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  56.01 
 
 		 418 aa  423  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2195  transcription termination factor Rho  54.08 
 
 		 438 aa  425  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00569958  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  52.21 
 
 		 421 aa  425  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  51.96 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  51.96 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  54.32 
 
 		 704 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  53.69 
 
 		 422 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  55.7 
 
 		 419 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  55.59 
 
 		 415 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 		 415 aa  423  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  53.35 
 
 		 421 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  55.1 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  52.78 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  54.1 
 
 		 422 aa  420  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  55.46 
 
 		 421 aa  422  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  55.46 
 
 		 421 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  53.57 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0750  transcription termination factor Rho  55.8 
 
 		 434 aa  421  1e-116  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000755075  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  55.37 
 
 		 415 aa  421  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  37.78 
 
 		 656 aa  420  1e-116  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  55.74 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  52.78 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  55.19 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2863  transcription termination factor Rho  54.37 
 
 		 423 aa  420  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.799607  normal  0.377015 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  56.75 
 
 		 414 aa  419  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1356  transcription termination factor Rho  54.79 
 
 		 417 aa  421  1e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00013646  hitchhiker  0.000000585861 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  53.62 
 
 		 498 aa  421  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  52.78 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  56.23 
 
 		 638 aa  419  1e-116  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  52.78 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  54.25 
 
 		 415 aa  420  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  56.91 
 
 		 604 aa  420  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  56.32 
 
 		 429 aa  421  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  52.9 
 
 		 420 aa  419  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1083  transcription termination factor Rho  57.42 
 
 		 474 aa  420  1e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000288858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>