More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1553 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009715  CCV52592_0274  transcription termination factor Rho  70.97 
 
 		 446 aa  636    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000543073  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1553  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 447 aa  907    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000288549  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0443  transcription termination factor Rho  72.27 
 
 		 447 aa  662    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0265285  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1421  transcription termination factor Rho  69.37 
 
 		 444 aa  640    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0471  transcription termination factor Rho  71.63 
 
 		 434 aa  631  1e-180  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1344  transcription termination factor Rho  70.99 
 
 		 431 aa  634  1e-180  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000288127  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1292  transcription termination factor Rho  70.92 
 
 		 432 aa  629  1e-179  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.345721  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0572  transcription termination factor Rho  70.69 
 
 		 432 aa  629  1e-179  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.124184  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1173  transcription termination factor Rho  70.69 
 
 		 432 aa  629  1e-179  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.114801  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0605  transcription termination factor Rho  69.35 
 
 		 447 aa  629  1e-179  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000783157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  62.17 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  62.17 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  62.02 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  62.65 
 
 		 415 aa  526  1e-148  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  61.45 
 
 		 415 aa  519  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  62.17 
 
 		 415 aa  521  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  61.2 
 
 		 415 aa  514  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  61.2 
 
 		 415 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  60.77 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  60.72 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  59.9 
 
 		 422 aa  513  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  60.76 
 
 		 437 aa  514  1e-144  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  59.9 
 
 		 421 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  59.95 
 
 		 418 aa  510  1e-143  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0337  transcription termination factor Rho  60.77 
 
 		 421 aa  508  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  59.95 
 
 		 418 aa  510  1e-143  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  60.48 
 
 		 437 aa  511  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  59.9 
 
 		 421 aa  510  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  60.87 
 
 		 417 aa  509  1e-143  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0459  transcription termination factor Rho  60.53 
 
 		 420 aa  508  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  60.87 
 
 		 417 aa  509  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4906  transcription termination factor Rho  58.99 
 
 		 420 aa  508  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.957069 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2358  transcription termination factor Rho  58.75 
 
 		 420 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.139464  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0512  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 421 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.855654  hitchhiker  0.00605573 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  59.9 
 
 		 421 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 422 aa  508  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  59.47 
 
 		 419 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  59.57 
 
 		 419 aa  505  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2638  transcription termination factor Rho  58.75 
 
 		 420 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105772  hitchhiker  0.00838522 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 421 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  59.57 
 
 		 421 aa  506  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 428 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  59.34 
 
 		 429 aa  506  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 		 421 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 		 421 aa  505  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4111  transcription termination factor Rho  59.57 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000313563 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0405  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  58.39 
 
 		 436 aa  502  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  58.03 
 
 		 419 aa  502  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2806  transcription termination factor Rho  58.27 
 
 		 420 aa  504  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  59.57 
 
 		 418 aa  502  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  59.09 
 
 		 419 aa  502  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  59.43 
 
 		 418 aa  503  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  58.77 
 
 		 421 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1282  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 430 aa  502  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0183251  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 		 418 aa  503  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  59.33 
 
 		 419 aa  504  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  58.53 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  58.97 
 
 		 433 aa  504  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0409  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3616  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  58.17 
 
 		 415 aa  502  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  58.95 
 
 		 436 aa  503  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  60.1 
 
 		 437 aa  502  1e-141  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0408  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.011685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  58.63 
 
 		 436 aa  502  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1500  transcription termination factor Rho  58.51 
 
 		 420 aa  504  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3217  transcription termination factor Rho  59.81 
 
 		 420 aa  504  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 421 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  58.95 
 
 		 419 aa  500  1e-140  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  58.61 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3878  transcription termination factor Rho  59.81 
 
 		 421 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128755 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  59.57 
 
 		 419 aa  501  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  58.61 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4071  transcription termination factor Rho  59.81 
 
 		 421 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.339421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0397  transcription termination factor Rho  59.57 
 
 		 421 aa  501  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3953  transcription termination factor Rho  59.81 
 
 		 421 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  59.19 
 
 		 447 aa  498  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  58.85 
 
 		 419 aa  499  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  58.61 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1824  transcription termination factor Rho  57.79 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.025276  normal  0.0977479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  58.61 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  59.09 
 
 		 450 aa  500  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3434  transcription termination factor Rho  59.81 
 
 		 421 aa  498  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  58.61 
 
 		 419 aa  499  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3930  transcription termination factor Rho  59.81 
 
 		 421 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  58.65 
 
 		 415 aa  499  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  58.53 
 
 		 421 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  58.27 
 
 		 419 aa  501  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  58.61 
 
 		 419 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2363  transcription termination factor Rho  57.79 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016195  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0447  transcription termination factor Rho  59.81 
 
 		 421 aa  500  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  58.61 
 
 		 419 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2604  transcription termination factor Rho  58.03 
 
 		 420 aa  501  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0173  transcription termination factor Rho  62.81 
 
 		 399 aa  498  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.770214  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  57.11 
 
 		 484 aa  499  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  59.29 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>