More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2806 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008836  BMA10229_A0042  transcription termination factor Rho  79.29 
 
 		 420 aa  697    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133554  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2196  transcription termination factor Rho  80 
 
 		 420 aa  705    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.430526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1824  transcription termination factor Rho  79.05 
 
 		 422 aa  696    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.025276  normal  0.0977479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1187  transcription termination factor Rho  79.47 
 
 		 420 aa  704    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.481707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  76.61 
 
 		 484 aa  676    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2210  transcription termination factor Rho  79.52 
 
 		 420 aa  699    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.171913  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1365  transcription termination factor Rho  79.29 
 
 		 420 aa  697    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0123945  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  75.18 
 
 		 419 aa  674    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2118  transcription termination factor Rho  79.52 
 
 		 420 aa  700    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299268  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0949  transcription termination factor Rho  79.52 
 
 		 420 aa  699    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.545356 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0037  transcription termination factor Rho  75.18 
 
 		 419 aa  662    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.245355 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2375  transcription termination factor Rho  79.52 
 
 		 420 aa  699    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5130  transcription termination factor Rho  79.76 
 
 		 420 aa  700    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923516  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1308  transcription termination factor Rho  77.14 
 
 		 420 aa  681    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4906  transcription termination factor Rho  78.33 
 
 		 420 aa  701    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.957069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2806  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 420 aa  853    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  78.23 
 
 		 419 aa  686    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1282  transcription termination factor Rho  90.71 
 
 		 430 aa  793    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0183251  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2217  transcription termination factor Rho  79.52 
 
 		 420 aa  698    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0809447  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2899  transcription termination factor Rho  80.71 
 
 		 420 aa  709    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.321036  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1031  transcription termination factor Rho  79.29 
 
 		 420 aa  703    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0464905  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  77.33 
 
 		 419 aa  689    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2262  transcription termination factor Rho  80.71 
 
 		 420 aa  708    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.883026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2363  transcription termination factor Rho  79.05 
 
 		 422 aa  696    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016195  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  76.9 
 
 		 420 aa  677    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1740  transcription termination factor Rho  79.76 
 
 		 420 aa  700    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.318458  normal  0.139414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2135  transcription termination factor Rho  79.05 
 
 		 420 aa  698    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0173843  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2322  transcription termination factor Rho  81.47 
 
 		 421 aa  717    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1123  transcription termination factor Rho  79.29 
 
 		 420 aa  703    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.117933  normal  0.145069 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2638  transcription termination factor Rho  80 
 
 		 420 aa  708    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105772  hitchhiker  0.00838522 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1500  transcription termination factor Rho  80 
 
 		 420 aa  708    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6250  transcription termination factor Rho  79.76 
 
 		 420 aa  700    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1855  transcription termination factor Rho  79.29 
 
 		 420 aa  697    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  79.76 
 
 		 420 aa  700    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2248  transcription termination factor Rho  79.52 
 
 		 420 aa  699    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336797  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1126  transcription termination factor Rho  79.29 
 
 		 420 aa  697    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.722702  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1444  transcription termination factor Rho  79.52 
 
 		 420 aa  699    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.440911  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1767  transcription termination factor Rho  79.76 
 
 		 420 aa  700    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548344  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2358  transcription termination factor Rho  80 
 
 		 420 aa  708    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.139464  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1829  transcription termination factor Rho  79.76 
 
 		 420 aa  700    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156095  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2604  transcription termination factor Rho  80.71 
 
 		 420 aa  717    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2158  transcription termination factor Rho  72.9 
 
 		 564 aa  629  1e-179  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.156319  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  69.38 
 
 		 418 aa  621  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03719  transcription termination factor Rho  71.7 
 
 		 629 aa  620  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  68.74 
 
 		 419 aa  618  1e-176  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3676  transcription termination factor Rho  71.7 
 
 		 583 aa  614  1e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.939305 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  68.35 
 
 		 418 aa  616  1e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  68.35 
 
 		 418 aa  616  1e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 		 419 aa  612  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  69.38 
 
 		 418 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  69.14 
 
 		 419 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  69.14 
 
 		 419 aa  611  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 		 419 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 418 aa  610  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 		 419 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 		 419 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  68.66 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  68.42 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 		 419 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  68.42 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  68.9 
 
 		 419 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  67.54 
 
 		 419 aa  606  9.999999999999999e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  68.9 
 
 		 419 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  67.46 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  69.38 
 
 		 419 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0447  transcription termination factor Rho  69.21 
 
 		 421 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 419 aa  605  9.999999999999999e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0459  transcription termination factor Rho  68.97 
 
 		 420 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  67.7 
 
 		 419 aa  605  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  66.99 
 
 		 450 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  66.99 
 
 		 450 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3189  transcription termination factor Rho  68.82 
 
 		 422 aa  603  1.0000000000000001e-171  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.398952  normal  0.0152106 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 421 aa  601  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03661  transcription termination factor Rho  66.99 
 
 		 419 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000324277  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  66.75 
 
 		 419 aa  599  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0405  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0512  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.855654  hitchhiker  0.00605573 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  66.51 
 
 		 419 aa  598  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0397  transcription termination factor Rho  68.5 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03610  hypothetical protein  66.99 
 
 		 419 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000108874  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0409  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3616  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4111  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  597  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000313563 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0408  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.011685 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  66.51 
 
 		 419 aa  595  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3434  transcription termination factor Rho  68.42 
 
 		 421 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  67.63 
 
 		 419 aa  595  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3217  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 		 420 aa  595  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>