97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0271 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0271  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  100 
 
 		 145 aa  296  7e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3713  hypothetical protein  70 
 
 		 148 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1071  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  50.36 
 
 		 145 aa  139  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2888  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  51.08 
 
 		 141 aa  134  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0230434  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2164  hypothetical protein  51.82 
 
 		 146 aa  131  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1088  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  49.65 
 
 		 146 aa  131  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242256  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5974  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.44 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.858735  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2600  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  48.89 
 
 		 150 aa  128  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3902  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.45 
 
 		 192 aa  127  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.625639  normal  0.114917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2011  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  47.45 
 
 		 150 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7313  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  47.45 
 
 		 150 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.234641  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6573  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  47.45 
 
 		 150 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3170  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  46.76 
 
 		 146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.402243  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0794  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  43.7 
 
 		 153 aa  124  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2478  hypothetical protein  48.23 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507905  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1180  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  43.38 
 
 		 148 aa  123  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1419  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.18 
 
 		 154 aa  122  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0819714  normal  0.118637 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1143  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  46.43 
 
 		 146 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0669271  normal  0.758995 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0932  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  44.78 
 
 		 171 aa  121  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.252118 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0918  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  45.71 
 
 		 147 aa  120  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1823  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  42.22 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.199401  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0599  NLP/P60 family protein  40.88 
 
 		 144 aa  117  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1693  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  45.14 
 
 		 154 aa  116  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.235962  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_004310  BR0600  NLP/P60 family protein  40.15 
 
 		 144 aa  115  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0781347  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1645  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  41.96 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4295  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  46.94 
 
 		 150 aa  110  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3459  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  43.48 
 
 		 147 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.262752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1425  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  45.67 
 
 		 148 aa  106  8.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.987812  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1992  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  44.03 
 
 		 147 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.129722  normal  0.402 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1415  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  44.37 
 
 		 152 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.671404  normal  0.0714163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4979  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  40.43 
 
 		 194 aa  100  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003439 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1352  hypothetical protein  49 
 
 		 122 aa  99  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2116  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  42.03 
 
 		 150 aa  96.7  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0732006  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7157  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  34.48 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.138064 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2725  putative phage associated protein  31.47 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000399929  normal  0.0320928 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2166  NLP/P60 protein  29.23 
 
 		 194 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19170  hypothetical protein  31.45 
 
 		 198 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1654  hypothetical protein  30.65 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0941  NLP/P60 family protein  31.21 
 
 		 159 aa  48.1  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.33367  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  27.94 
 
 		 143 aa  46.2  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  30.65 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2830  NLP/P60 protein  29.23 
 
 		 220 aa  46.6  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.704353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1646  NLP/P60 protein  30.99 
 
 		 136 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4081  NLP/P60 protein  30.99 
 
 		 136 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0487119  normal  0.0206777 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2476  NLP/P60 protein  27.62 
 
 		 214 aa  46.2  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.188506  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  27.94 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  27.94 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1274  NLP/P60 protein  27.97 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.951335  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  29.23 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  29.23 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  27.13 
 
 		 169 aa  45.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2772  NLP/P60 protein  28.57 
 
 		 157 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  26.15 
 
 		 211 aa  44.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0170  NLP/P60 protein  22.95 
 
 		 184 aa  44.7  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2100  NLP/P60  29.63 
 
 		 201 aa  44.7  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.995227  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0791  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)-like  31.63 
 
 		 221 aa  45.1  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0018  NLP/P60 protein  28.03 
 
 		 188 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2667  peptidace C40 NLP/P60  28.7 
 
 		 187 aa  44.3  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.411217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0897  NLP/P60 family protein  26.61 
 
 		 231 aa  43.9  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.624146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0057  lipoprotein  29.32 
 
 		 174 aa  43.9  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438446  hitchhiker  0.00939156 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1657  cell wall-associated hydrolase  27.34 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.388437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1746  NLP/P60 protein  28.97 
 
 		 203 aa  43.5  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  27.54 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3057  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  29.6 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  29.2 
 
 		 303 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2195  NLP/P60 protein  27.69 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  32.26 
 
 		 373 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0554525 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  26.5 
 
 		 205 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2466  NLP/P60 protein  27.73 
 
 		 162 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.291366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  33.06 
 
 		 245 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2002  putative lipoprotein nlpC  27.41 
 
 		 154 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.303201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1830  NlpC (ORF-17)  27.41 
 
 		 154 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1438  NlpC (ORF-17)  27.41 
 
 		 154 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0813186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1471  hypothetical protein  27.41 
 
 		 154 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.235317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1454  putative lipoprotein nlpC  27.41 
 
 		 154 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1344  NLP/P60 protein  26.83 
 
 		 207 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1917  putative outer membrane lipoprotein  31.43 
 
 		 193 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2523  NLP/P60 protein  26.24 
 
 		 189 aa  42  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000113171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  26.13 
 
 		 225 aa  41.2  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1734  NLP/P60 protein  26.67 
 
 		 154 aa  41.2  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  26.13 
 
 		 226 aa  41.2  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2887  NLP/P60 protein  28.45 
 
 		 179 aa  41.2  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1646  putative outer membrane lipoprotein  30.48 
 
 		 194 aa  40.8  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2387  NLP/P60 protein  32.35 
 
 		 283 aa  40.8  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.05451  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1923  NLP/P60 protein  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.468553 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1934  NLP/P60 protein  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0636747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01666  hypothetical protein  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2426  lipoprotein, NlpC/P60 family  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1788  NlpC/P60 family lipoprotein  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1927  NlpC/P60 family lipoprotein  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00858399  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  25.93 
 
 		 242 aa  40.8  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01677  predicted lipoprotein  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1482  NlpC/P60 family lipoprotein  27.74 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3253  NLP/P60 protein  25.2 
 
 		 257 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000111899  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1506  NLP/P60 protein  31.9 
 
 		 524 aa  40.4  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.483483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2671  NLP/P60 protein  32.35 
 
 		 283 aa  40.4  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.179494  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  24.81 
 
 		 183 aa  40  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>