74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2478 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2478  hypothetical protein  100 
 
 		 146 aa  296  8e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507905  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1143  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  99.32 
 
 		 146 aa  293  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0669271  normal  0.758995 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1088  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  81.51 
 
 		 146 aa  245  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242256  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2164  hypothetical protein  67.83 
 
 		 146 aa  186  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2888  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  61.87 
 
 		 141 aa  170  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0230434  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1071  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  54.86 
 
 		 145 aa  148  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1645  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  55.32 
 
 		 144 aa  148  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3170  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  52.11 
 
 		 146 aa  143  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.402243  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0599  NLP/P60 family protein  48.25 
 
 		 144 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0600  NLP/P60 family protein  48.25 
 
 		 144 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0781347  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3713  hypothetical protein  49.66 
 
 		 148 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3902  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  53.57 
 
 		 192 aa  128  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.625639  normal  0.114917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2600  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  50.72 
 
 		 150 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1180  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  47.55 
 
 		 148 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1823  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  48.91 
 
 		 147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.199401  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6573  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  50 
 
 		 150 aa  124  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7313  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  50 
 
 		 150 aa  124  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.234641  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0271  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  48.23 
 
 		 145 aa  124  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0918  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.52 
 
 		 147 aa  122  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2011  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  49.29 
 
 		 150 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0932  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.45 
 
 		 171 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.252118 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3459  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  48.94 
 
 		 147 aa  114  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.262752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5974  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  46.67 
 
 		 160 aa  115  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.858735  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0794  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  42.03 
 
 		 153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4295  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  49.29 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1693  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  46.53 
 
 		 154 aa  110  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.235962  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1419  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  46.53 
 
 		 154 aa  110  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0819714  normal  0.118637 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1992  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  47.45 
 
 		 147 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.129722  normal  0.402 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1352  hypothetical protein  53 
 
 		 122 aa  105  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1425  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  47.69 
 
 		 148 aa  104  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.987812  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2116  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  47.52 
 
 		 150 aa  103  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0732006  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4979  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  44.22 
 
 		 194 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003439 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1415  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  46.15 
 
 		 152 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.671404  normal  0.0714163 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7157  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  36.36 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.138064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3057  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  36.03 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2725  putative phage associated protein  32.74 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000399929  normal  0.0320928 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2100  NLP/P60 protein  28.46 
 
 		 302 aa  52.4  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.660776  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2733  NLP/P60 protein  28.89 
 
 		 190 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0192428  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 147 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210623 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 147 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000243067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0170  NLP/P60 protein  25.41 
 
 		 184 aa  46.2  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 190 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0057  lipoprotein  28.68 
 
 		 174 aa  45.1  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438446  hitchhiker  0.00939156 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 190 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 190 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000518421 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 189 aa  43.9  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4179  putative lipoprotein  29.17 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000450162  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  29.63 
 
 		 211 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48790  putative lipoprotein  29.17 
 
 		 177 aa  42.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.006644  hitchhiker  0.0000000144437 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  28.24 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0020  NLP/P60 protein  30.65 
 
 		 184 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  24.44 
 
 		 154 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  27.48 
 
 		 155 aa  41.2  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1747  NLP/P60 protein  30 
 
 		 174 aa  41.2  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  27.61 
 
 		 183 aa  41.6  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1426  NLP/P60 protein  22.66 
 
 		 165 aa  41.2  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4966  NLP/P60 protein  25 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.774801  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1268  NLP/P60 protein  28.33 
 
 		 177 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200264 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0696  PgdS peptidase. cysteine peptidase. MEROPS family C40  27.59 
 
 		 300 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  27.48 
 
 		 181 aa  40.4  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  31.45 
 
 		 373 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0554525 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1670  NLP/P60 protein  28.46 
 
 		 177 aa  40  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0792  NLP/P60 protein  34.51 
 
 		 535 aa  40  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2789  NLP/P60 family protein  27.4 
 
 		 181 aa  40  0.01  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142626  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  27.64 
 
 		 177 aa  40  0.01  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>