144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1425 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1425  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  100 
 
 
148 aa  299  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.987812  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1180  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  87.67 
 
 
148 aa  265  2e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1823  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  76.19 
 
 
147 aa  234  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.199401  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3459  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  85.71 
 
 
147 aa  228  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.262752  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1992  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  80.85 
 
 
147 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.129722  normal  0.402 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2116  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  81.29 
 
 
150 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0732006  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3170  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  65.71 
 
 
146 aa  179  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.402243  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0918  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  61.11 
 
 
147 aa  172  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1419  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  64.54 
 
 
154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0819714  normal  0.118637 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7313  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  60.71 
 
 
150 aa  169  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.234641  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6573  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  60.71 
 
 
150 aa  169  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0794  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  55.32 
 
 
153 aa  166  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2011  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  60 
 
 
150 aa  166  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1693  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  62.14 
 
 
154 aa  165  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.235962  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2600  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  58.27 
 
 
150 aa  164  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4979  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  60.14 
 
 
194 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0003439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5974  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  57.05 
 
 
160 aa  158  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.858735  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1415  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  66.19 
 
 
152 aa  156  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.671404  normal  0.0714163 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3902  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  57.14 
 
 
192 aa  149  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.625639  normal  0.114917 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0599  NLP/P60 family protein  52.99 
 
 
144 aa  147  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0600  NLP/P60 family protein  52.24 
 
 
144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0781347  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1071  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  54.14 
 
 
145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4295  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  58.99 
 
 
150 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2164  hypothetical protein  56.2 
 
 
146 aa  140  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0932  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  51.08 
 
 
171 aa  139  9e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.252118 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2888  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  53.24 
 
 
141 aa  138  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0230434  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1088  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  53.24 
 
 
146 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242256  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3713  hypothetical protein  47.55 
 
 
148 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0271  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.06 
 
 
145 aa  129  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2478  hypothetical protein  49.64 
 
 
146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507905  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1143  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  49.64 
 
 
146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0669271  normal  0.758995 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1352  hypothetical protein  52.78 
 
 
122 aa  120  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1645  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  48.2 
 
 
144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7157  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  38.1 
 
 
137 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.138064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3057  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  32.48 
 
 
152 aa  60.8  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2725  putative phage associated protein  32.17 
 
 
154 aa  60.1  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000399929  normal  0.0320928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  32.5 
 
 
373 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0554525 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  34.07 
 
 
226 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  33.33 
 
 
225 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  31.29 
 
 
183 aa  54.3  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  31.25 
 
 
143 aa  53.5  0.0000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  33.09 
 
 
205 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  31.25 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  31.25 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  29.93 
 
 
242 aa  52.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  30.37 
 
 
211 aa  50.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2283  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  31.86 
 
 
222 aa  50.8  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  31.39 
 
 
192 aa  50.8  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  31.39 
 
 
192 aa  50.4  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  29.46 
 
 
155 aa  50.4  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1657  NLP/P60 protein  30.5 
 
 
154 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.983654  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0373  NLP/P60 protein  32.09 
 
 
208 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0721  NLP/P60 family protein  25.97 
 
 
202 aa  49.3  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4965  NLP/P60 protein  32.09 
 
 
208 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2022  NLP/P60 protein  34.62 
 
 
242 aa  48.9  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.321386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5142  NLP/P60 protein  32.09 
 
 
208 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0699781  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5092  NLP/P60 protein  32.09 
 
 
207 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  26.56 
 
 
154 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.854022 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  24.06 
 
 
232 aa  47.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2100  NLP/P60  30.66 
 
 
201 aa  47.8  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.995227  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2667  peptidace C40 NLP/P60  29.29 
 
 
187 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.411217  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2166  NLP/P60 protein  31.88 
 
 
194 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343346  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2830  NLP/P60 protein  29.63 
 
 
220 aa  47.8  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.704353  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1734  NLP/P60 protein  28.26 
 
 
154 aa  47.8  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
188 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  26.98 
 
 
190 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  26.98 
 
 
190 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000518421 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  26.98 
 
 
190 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  25 
 
 
147 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000243067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2519  cell wall-associated hydrolase-like protein  29.93 
 
 
225 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  25 
 
 
147 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000210623 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0980  NLP/P60 protein  29.25 
 
 
230 aa  47  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2733  NLP/P60 protein  26.85 
 
 
190 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0192428  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4966  NLP/P60 protein  28.69 
 
 
169 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.774801  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01677  predicted lipoprotein  25.36 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0294155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1934  NLP/P60 protein  25.36 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0636747  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2426  lipoprotein, NlpC/P60 family  24.81 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0199  NLP/P60 protein  29.5 
 
 
191 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01666  hypothetical protein  25.36 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0427  NLP/P60 protein  29.23 
 
 
240 aa  45.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1788  NlpC/P60 family lipoprotein  25.36 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1927  NlpC/P60 family lipoprotein  24.81 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00858399  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2772  NLP/P60 protein  27.73 
 
 
157 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1923  NLP/P60 protein  25.36 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.468553 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1482  NlpC/P60 family lipoprotein  24.81 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1654  hypothetical protein  29.37 
 
 
177 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4465  NLP/P60 protein  27.56 
 
 
150 aa  45.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1912  lipoprotein, NlpC/P60 family  24.81 
 
 
154 aa  45.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1830  NlpC (ORF-17)  26.09 
 
 
154 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  26.98 
 
 
189 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2002  putative lipoprotein nlpC  26.09 
 
 
154 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.303201 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1438  NlpC (ORF-17)  26.09 
 
 
154 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0813186 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>