80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1180 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1180  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  100 
 
 
148 aa  299  9e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1823  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  82.86 
 
 
147 aa  238  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.199401  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3459  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  85.21 
 
 
147 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.262752  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1425  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  91.47 
 
 
148 aa  223  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.987812  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1992  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  82.39 
 
 
147 aa  217  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.129722  normal  0.402 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2116  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  80.14 
 
 
150 aa  184  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0732006  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3170  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  63.83 
 
 
146 aa  173  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.402243  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1419  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  62.84 
 
 
154 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0819714  normal  0.118637 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6573  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  60.28 
 
 
150 aa  168  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7313  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  60.28 
 
 
150 aa  168  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.234641  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1693  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  63.57 
 
 
154 aa  166  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.235962  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0918  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  59.31 
 
 
147 aa  166  7e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2011  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  59.57 
 
 
150 aa  165  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2600  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  57.86 
 
 
150 aa  164  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0794  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  55.32 
 
 
153 aa  163  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1415  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  65.49 
 
 
152 aa  157  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.671404  normal  0.0714163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4979  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  58.74 
 
 
194 aa  157  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0003439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5974  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  55.63 
 
 
160 aa  152  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.858735  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3902  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  55.94 
 
 
192 aa  145  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.625639  normal  0.114917 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0599  NLP/P60 family protein  51.49 
 
 
144 aa  141  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4295  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  59.29 
 
 
150 aa  141  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0600  NLP/P60 family protein  50.75 
 
 
144 aa  140  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0781347  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1071  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  50.68 
 
 
145 aa  140  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2164  hypothetical protein  52.45 
 
 
146 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0932  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  50.36 
 
 
171 aa  135  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.252118 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1088  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  51.75 
 
 
146 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242256  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2888  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  48.92 
 
 
141 aa  127  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0230434  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2478  hypothetical protein  47.55 
 
 
146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507905  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1143  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.55 
 
 
146 aa  124  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0669271  normal  0.758995 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0271  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  43.38 
 
 
145 aa  123  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1352  hypothetical protein  51.35 
 
 
122 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3713  hypothetical protein  45.59 
 
 
148 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1645  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  45.32 
 
 
144 aa  110  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7157  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  38.51 
 
 
137 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.138064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3057  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  33.33 
 
 
152 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2725  putative phage associated protein  32.46 
 
 
154 aa  57.4  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000399929  normal  0.0320928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  33.33 
 
 
373 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0554525 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2283  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  31.86 
 
 
222 aa  46.6  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  28.12 
 
 
154 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  28.89 
 
 
226 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  28.12 
 
 
143 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  28.68 
 
 
225 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  28.12 
 
 
154 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2022  NLP/P60 protein  35.38 
 
 
242 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.321386 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  27.89 
 
 
242 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  27.21 
 
 
188 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2733  NLP/P60 protein  28.7 
 
 
190 aa  44.7  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0192428  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1118  NLP/P60 protein  29.53 
 
 
189 aa  44.7  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.579853  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  25.74 
 
 
147 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000210623 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  25.74 
 
 
147 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000243067  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  25.74 
 
 
190 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000518421 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  25.74 
 
 
190 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  25.74 
 
 
190 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4465  NLP/P60 protein  26.56 
 
 
150 aa  43.9  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4966  NLP/P60 protein  27.87 
 
 
169 aa  43.9  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.774801  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  27.08 
 
 
211 aa  43.9  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  26.28 
 
 
189 aa  43.9  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  27.94 
 
 
205 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  27.46 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1747  NLP/P60 protein  27.78 
 
 
174 aa  43.5  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  27.46 
 
 
192 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  22.22 
 
 
232 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  26.36 
 
 
155 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  28.47 
 
 
183 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2178  NLP/P60 protein  23.13 
 
 
193 aa  42.4  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2166  NLP/P60 protein  28.57 
 
 
194 aa  42  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343346  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1300  NLP/P60 protein  30.22 
 
 
176 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0199  NLP/P60 protein  28.26 
 
 
191 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1250  NLP/P60 protein  28.57 
 
 
248 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000552171  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1189  NLP/P60 protein  29.08 
 
 
249 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103363  normal  0.0364754 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2100  NLP/P60  27.48 
 
 
201 aa  40.8  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.995227  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2667  peptidace C40 NLP/P60  27.14 
 
 
187 aa  40  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.411217  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>