72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3459 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3459  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  100 
 
 		 147 aa  297  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.262752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1180  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  83.11 
 
 		 148 aa  249  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1823  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  84.4 
 
 		 147 aa  243  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.199401  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1992  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  85.52 
 
 		 147 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.129722  normal  0.402 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1425  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  86.05 
 
 		 148 aa  209  7e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.987812  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2116  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  79.59 
 
 		 150 aa  192  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0732006  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3170  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  63.7 
 
 		 146 aa  179  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.402243  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0918  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  60.27 
 
 		 147 aa  168  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7313  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  61.43 
 
 		 150 aa  168  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.234641  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6573  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  61.43 
 
 		 150 aa  168  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1419  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  61.33 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0819714  normal  0.118637 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1693  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  62.68 
 
 		 154 aa  166  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.235962  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2011  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  60.71 
 
 		 150 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2600  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  59.71 
 
 		 150 aa  164  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0794  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  53.19 
 
 		 153 aa  160  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4979  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  58.74 
 
 		 194 aa  157  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5974  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  54.9 
 
 		 160 aa  152  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.858735  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1415  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  65.47 
 
 		 152 aa  149  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.671404  normal  0.0714163 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1071  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  50.34 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3902  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  56.52 
 
 		 192 aa  141  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.625639  normal  0.114917 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2164  hypothetical protein  56.12 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0599  NLP/P60 family protein  48.95 
 
 		 144 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0600  NLP/P60 family protein  48.25 
 
 		 144 aa  140  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0781347  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4295  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  59.71 
 
 		 150 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0932  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  49.3 
 
 		 171 aa  133  7.000000000000001e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.252118 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2888  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  50.36 
 
 		 141 aa  127  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0230434  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2478  hypothetical protein  48.94 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507905  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1088  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  48.94 
 
 		 146 aa  123  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242256  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3713  hypothetical protein  46.53 
 
 		 148 aa  122  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1143  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  48.23 
 
 		 146 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0669271  normal  0.758995 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0271  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  44.78 
 
 		 145 aa  120  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1352  hypothetical protein  54.05 
 
 		 122 aa  116  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1645  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  46.15 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7157  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  36.81 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.138064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3057  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  31.93 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2725  putative phage associated protein  29.66 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000399929  normal  0.0320928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4966  NLP/P60 protein  28.35 
 
 		 169 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.774801  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  30.89 
 
 		 373 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0554525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  26.61 
 
 		 147 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000243067  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  26.61 
 
 		 147 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  27.82 
 
 		 183 aa  47  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  26.67 
 
 		 190 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  26.67 
 
 		 190 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  26.67 
 
 		 190 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000518421 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  28 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  27.56 
 
 		 226 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  29.92 
 
 		 225 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0721  NLP/P60 family protein  25.17 
 
 		 202 aa  44.7  0.0005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0427  NLP/P60 protein  28.46 
 
 		 240 aa  43.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2283  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  27.62 
 
 		 222 aa  42.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  34.62 
 
 		 255 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  28.79 
 
 		 205 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0781  NLP/P60 protein  26.32 
 
 		 260 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.110248 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2733  NLP/P60 protein  26.85 
 
 		 190 aa  41.6  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0192428  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1746  NLP/P60 protein  28.95 
 
 		 203 aa  41.6  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  29.01 
 
 		 192 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  29.01 
 
 		 192 aa  41.2  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  26.02 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  26.02 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  26.02 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2022  NLP/P60 protein  34.62 
 
 		 242 aa  40.8  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.321386 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18950  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  36.44 
 
 		 556 aa  40.8  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  25.38 
 
 		 242 aa  40  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>