More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2100 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2100  NLP/P60  100 
 
 
201 aa  410  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.995227  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2667  peptidace C40 NLP/P60  75.47 
 
 
187 aa  258  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.411217  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2166  NLP/P60 protein  63.74 
 
 
194 aa  232  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343346  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1787  NLP/P60 protein  62.64 
 
 
202 aa  232  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0258261 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2830  NLP/P60 protein  58.29 
 
 
220 aa  229  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.704353  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  56.16 
 
 
211 aa  227  7e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  63.29 
 
 
192 aa  221  4.9999999999999996e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  67.61 
 
 
192 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2519  cell wall-associated hydrolase-like protein  51.04 
 
 
225 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  54.78 
 
 
242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1640  NLP/P60 family protein  54.26 
 
 
221 aa  167  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000364437  normal  0.336888 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2497  NLP/P60 protein  54.26 
 
 
221 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000164638  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1218  NLP/P60 protein  53.54 
 
 
224 aa  164  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00850028  normal  0.283839 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1379  NLP/P60 protein  53.54 
 
 
223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0123318  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3208  NLP/P60 family protein  52.31 
 
 
218 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00320254  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2543  NlpC/P60 domain-containing protein  52.31 
 
 
218 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241327  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1378  NLP/P60 family protein  52.31 
 
 
218 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0650104  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1602  NLP/P60 family protein  52.31 
 
 
234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000624175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2630  NLP/P60 family protein  52.31 
 
 
234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000022944  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2489  NlpC/P60 domain-containing protein  52.31 
 
 
234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00285101  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2105  NLP/P60 family protein  52.31 
 
 
218 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000576333  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1982  NLP/P60 family protein  52.31 
 
 
234 aa  162  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000770897  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6019  NLP/P60  47.3 
 
 
223 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377627  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2077  NLP/P60 protein  47.3 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.010952  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2142  NLP/P60  49.29 
 
 
226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0634754  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2058  NLP/P60 protein  47.3 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000524971  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5367  NLP/P60 family protein  51.54 
 
 
224 aa  161  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174254  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2125  NLP/P60  43.48 
 
 
228 aa  160  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1960  NLP/P60 protein  51.97 
 
 
223 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0530532  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2090  NLP/P60 protein  51.97 
 
 
223 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0226051  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1112  NLP/P60 protein  44.22 
 
 
215 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.893499 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1018  NLP/P60 protein  44.22 
 
 
215 aa  153  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.121174  normal  0.0409551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  54.55 
 
 
183 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1177  putative transmembrane protein  42.18 
 
 
222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0196017  normal  0.188955 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1233  NLP/P60 protein  50.74 
 
 
214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.783126  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1250  NLP/P60 protein  41.54 
 
 
248 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000552171  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  48.76 
 
 
169 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1100  NLP/P60 protein  49.26 
 
 
215 aa  142  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1189  NLP/P60 protein  45.33 
 
 
249 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103363  normal  0.0364754 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0388  NLP/P60  52.1 
 
 
170 aa  139  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.815605  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1972  NLP/P60  50 
 
 
212 aa  138  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107958  normal  0.172208 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1999  NLP/P60  48.53 
 
 
226 aa  137  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1314  lipoprotein transmembrane  47.92 
 
 
258 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0992  hypothetical protein  52.76 
 
 
170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.480266  normal  0.532227 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2186  NLP/P60 family lipoprotein  42.24 
 
 
407 aa  129  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2408  NLP/P60 family lipoprotein  39.67 
 
 
407 aa  128  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.166866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0009  NLP/P60 family lipoprotein  39.67 
 
 
407 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30529  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1397  NLP/P60 family lipoprotein  39.67 
 
 
407 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.929375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1160  NLP/P60 family lipoprotein  39.67 
 
 
407 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.812731  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1887  NLP/P60 family lipoprotein  39.67 
 
 
407 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.850579  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2283  NlpC/P60 family lipoprotein  39.67 
 
 
404 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2244  NlpC/P60 family lipoprotein  39.67 
 
 
404 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2393  putative transmembrane lipoprotein  42.77 
 
 
404 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.951834  normal  0.103299 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3747  NLP/P60  48.46 
 
 
166 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60725  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1794  NLP/P60 protein  44.19 
 
 
418 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435053  hitchhiker  0.00883906 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2520  NLP/P60 family protein  46.46 
 
 
365 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.509627  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0919  NLP/P60 protein  43.97 
 
 
382 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0475791  normal  0.21921 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2149  NLP/P60 protein  46.46 
 
 
365 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000521128  hitchhiker  0.000892281 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1407  NLP/P60 protein  44.96 
 
 
369 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.374528 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1890  NLP/P60 protein  43.97 
 
 
363 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00780805  hitchhiker  0.0000000811276 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0427  NLP/P60 protein  38.52 
 
 
177 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285469  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6213  NLP/P60  43.97 
 
 
363 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1866  NLP/P60 protein  43.97 
 
 
363 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1804  NLP/P60 protein  44.68 
 
 
354 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1776  NLP/P60 protein  44.14 
 
 
353 aa  121  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5167  NLP/P60 family lipoprotein  44.96 
 
 
364 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1679  NLP/P60 protein  45.04 
 
 
210 aa  117  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33170  NLP/P60 family lipoprotein  43.28 
 
 
173 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0857869  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1747  NLP/P60 protein  44.8 
 
 
174 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1654  hypothetical protein  40.71 
 
 
177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19170  hypothetical protein  40.71 
 
 
198 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1665  NLP/P60 protein  46.67 
 
 
194 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0018  NLP/P60 protein  43.65 
 
 
188 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1606  NLP/P60 protein  45.08 
 
 
209 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1659  hypothetical protein  45.08 
 
 
209 aa  115  5e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.255203  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3257  NLP/P60 protein  45.61 
 
 
269 aa  115  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  43.09 
 
 
181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  43.09 
 
 
181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48790  putative lipoprotein  42.86 
 
 
177 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.006644  hitchhiker  0.0000000144437 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2887  NLP/P60 protein  44.26 
 
 
179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171139  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2028  NLP/P60 protein  41.62 
 
 
233 aa  112  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0199  NLP/P60 protein  47.54 
 
 
191 aa  112  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4179  putative lipoprotein  43.09 
 
 
197 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000450162  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1003  NLP/P60 protein  44.74 
 
 
269 aa  112  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2041  NLP/P60 protein  45.61 
 
 
284 aa  111  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000350881  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2277  NLP/P60 family lipoprotein  45.61 
 
 
267 aa  111  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1638  NLP/P60  41.46 
 
 
178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1787  NLP/P60 protein  44.74 
 
 
278 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149372  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0980  NLP/P60 protein  42.98 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2736  NLP/P60 protein  42.98 
 
 
307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2888  NLP/P60 protein  43.65 
 
 
234 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215701  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1371  cell wall-associated hydrolase/invasion-associated protein  49.15 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2195  NLP/P60 protein  42.36 
 
 
168 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2733  NLP/P60 protein  42.62 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0192428  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2570  NlpC/P60 family lipoprotein  43.22 
 
 
283 aa  109  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.117101  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1864  NLP/P60 protein  43.22 
 
 
283 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.617955  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1757  NlpC/P60 family lipoprotein  43.22 
 
 
283 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000156191  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2671  NLP/P60 protein  44.92 
 
 
283 aa  108  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.179494  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  40.65 
 
 
177 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1228  NLP/P60 protein  41.6 
 
 
177 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771322  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>