More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1804 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1804  NLP/P60 protein  100 
 
 
354 aa  689    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1776  NLP/P60 protein  95.48 
 
 
353 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6213  NLP/P60  81.32 
 
 
363 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1866  NLP/P60 protein  81.32 
 
 
363 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1890  NLP/P60 protein  79.12 
 
 
363 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00780805  hitchhiker  0.0000000811276 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1407  NLP/P60 protein  77.9 
 
 
369 aa  463  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.374528 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5167  NLP/P60 family lipoprotein  80.55 
 
 
364 aa  448  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1397  NLP/P60 family lipoprotein  81.96 
 
 
407 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.929375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1160  NLP/P60 family lipoprotein  81.96 
 
 
407 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.812731  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1887  NLP/P60 family lipoprotein  81.96 
 
 
407 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.850579  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0009  NLP/P60 family lipoprotein  81.96 
 
 
407 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30529  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2244  NlpC/P60 family lipoprotein  81.96 
 
 
404 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2408  NLP/P60 family lipoprotein  81.96 
 
 
407 aa  336  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.166866  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2283  NlpC/P60 family lipoprotein  81.44 
 
 
404 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2186  NLP/P60 family lipoprotein  78.28 
 
 
407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2393  putative transmembrane lipoprotein  51.23 
 
 
404 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.951834  normal  0.103299 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0919  NLP/P60 protein  53.11 
 
 
382 aa  319  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0475791  normal  0.21921 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1794  NLP/P60 protein  49.88 
 
 
418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435053  hitchhiker  0.00883906 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1250  NLP/P60 protein  62.13 
 
 
248 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000552171  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1999  NLP/P60  69.34 
 
 
226 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1314  lipoprotein transmembrane  57.14 
 
 
258 aa  202  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1189  NLP/P60 protein  62.5 
 
 
249 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103363  normal  0.0364754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1972  NLP/P60  70.31 
 
 
212 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107958  normal  0.172208 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0427  NLP/P60 protein  61.9 
 
 
177 aa  169  8e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285469  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2887  NLP/P60 protein  54.73 
 
 
179 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171139  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1268  NLP/P60 protein  57.26 
 
 
177 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200264 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33170  NLP/P60 family lipoprotein  48 
 
 
173 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0857869  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  57.26 
 
 
177 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1670  NLP/P60 protein  57.26 
 
 
177 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1982  NLP/P60 family protein  52.1 
 
 
234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000770897  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2543  NlpC/P60 domain-containing protein  52.1 
 
 
218 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241327  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  46.45 
 
 
181 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1602  NLP/P60 family protein  52.1 
 
 
234 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000624175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2630  NLP/P60 family protein  52.1 
 
 
234 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000022944  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1378  NLP/P60 family protein  52.1 
 
 
218 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0650104  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2105  NLP/P60 family protein  52.1 
 
 
218 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000576333  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3208  NLP/P60 family protein  52.1 
 
 
218 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00320254  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2489  NlpC/P60 domain-containing protein  52.1 
 
 
234 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00285101  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1228  NLP/P60 protein  56.56 
 
 
177 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771322  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1218  NLP/P60 protein  45.27 
 
 
224 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00850028  normal  0.283839 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1960  NLP/P60 protein  51.26 
 
 
223 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0530532  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2090  NLP/P60 protein  51.26 
 
 
223 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0226051  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0019  NLP/P60 protein  46.15 
 
 
160 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0865382  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0001  NLP/P60 protein  45.56 
 
 
160 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.309085  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6019  NLP/P60  51.26 
 
 
223 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377627  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2058  NLP/P60 protein  51.26 
 
 
223 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000524971  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2077  NLP/P60 protein  45.27 
 
 
223 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.010952  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2497  NLP/P60 protein  50.42 
 
 
221 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000164638  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5367  NLP/P60 family protein  50.42 
 
 
224 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174254  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1606  NLP/P60 protein  46.43 
 
 
209 aa  142  6e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  47.66 
 
 
183 aa  143  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1018  NLP/P60 protein  39.77 
 
 
215 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.121174  normal  0.0409551 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1640  NLP/P60 family protein  50.42 
 
 
221 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000364437  normal  0.336888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1112  NLP/P60 protein  37.82 
 
 
215 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.893499 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1379  NLP/P60 protein  49.58 
 
 
223 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0123318  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1659  hypothetical protein  46.43 
 
 
209 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.255203  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  53.6 
 
 
181 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1638  NLP/P60  44.44 
 
 
178 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  46.72 
 
 
169 aa  135  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1177  putative transmembrane protein  39.31 
 
 
222 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0196017  normal  0.188955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  45 
 
 
211 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48790  putative lipoprotein  49.64 
 
 
177 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.006644  hitchhiker  0.0000000144437 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2142  NLP/P60  47.06 
 
 
226 aa  132  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0634754  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4179  putative lipoprotein  49.64 
 
 
197 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000450162  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0388  NLP/P60  45.45 
 
 
170 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.815605  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2149  NLP/P60 protein  47.54 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000521128  hitchhiker  0.000892281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2520  NLP/P60 family protein  47.54 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.509627  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3747  NLP/P60  48.72 
 
 
166 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60725  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1747  NLP/P60 protein  51.18 
 
 
174 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2125  NLP/P60  46.22 
 
 
228 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2166  NLP/P60 protein  47.06 
 
 
194 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343346  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2830  NLP/P60 protein  45.38 
 
 
220 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.704353  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0373  NLP/P60 protein  45.9 
 
 
208 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  44.96 
 
 
192 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2667  peptidace C40 NLP/P60  47.2 
 
 
187 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.411217  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1828  lipoprotein, NLP/P60 family  46.34 
 
 
188 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.996382  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4965  NLP/P60 protein  45.9 
 
 
208 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1504  NLP/P60 protein  46.34 
 
 
188 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0399794  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0992  hypothetical protein  47.73 
 
 
170 aa  126  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.480266  normal  0.532227 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01907  lipoprotein  52.89 
 
 
133 aa  126  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.324405  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1787  NLP/P60 protein  46.22 
 
 
202 aa  126  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0258261 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5142  NLP/P60 protein  45.9 
 
 
208 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0699781  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5092  NLP/P60 protein  45.9 
 
 
207 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  44.96 
 
 
192 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  44.17 
 
 
242 aa  123  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  45 
 
 
225 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  35.9 
 
 
205 aa  123  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  45 
 
 
226 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19170  hypothetical protein  46.77 
 
 
198 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1100  NLP/P60 protein  49.17 
 
 
215 aa  122  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1654  hypothetical protein  46.77 
 
 
177 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2733  NLP/P60 protein  51.61 
 
 
190 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0192428  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1665  NLP/P60 protein  37.8 
 
 
194 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2519  cell wall-associated hydrolase-like protein  44.17 
 
 
225 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2789  NLP/P60 family protein  49.56 
 
 
181 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142626  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2100  NLP/P60  44.96 
 
 
201 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.995227  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2888  NLP/P60 protein  50 
 
 
234 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215701  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1233  NLP/P60 protein  48.33 
 
 
214 aa  119  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.783126  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2195  NLP/P60 protein  44.72 
 
 
168 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0018  NLP/P60 protein  43.33 
 
 
188 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>