More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0992 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0992  hypothetical protein  100 
 
 
170 aa  338  2.9999999999999998e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.480266  normal  0.532227 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  50 
 
 
192 aa  141  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  49.66 
 
 
192 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0388  NLP/P60  52.34 
 
 
170 aa  138  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.815605  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  51.54 
 
 
211 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2166  NLP/P60 protein  51.18 
 
 
194 aa  134  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343346  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2830  NLP/P60 protein  43.71 
 
 
220 aa  131  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.704353  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  54.31 
 
 
183 aa  130  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  48.41 
 
 
242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2100  NLP/P60  50.82 
 
 
201 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.995227  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2667  peptidace C40 NLP/P60  50.4 
 
 
187 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.411217  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2142  NLP/P60  47.79 
 
 
226 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0634754  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1787  NLP/P60 protein  46.83 
 
 
202 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0258261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2125  NLP/P60  48.94 
 
 
228 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2393  putative transmembrane lipoprotein  48.8 
 
 
404 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.951834  normal  0.103299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6213  NLP/P60  46.62 
 
 
363 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1866  NLP/P60 protein  46.62 
 
 
363 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1890  NLP/P60 protein  46.62 
 
 
363 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00780805  hitchhiker  0.0000000811276 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1999  NLP/P60  51.24 
 
 
226 aa  127  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1218  NLP/P60 protein  48.8 
 
 
224 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00850028  normal  0.283839 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1602  NLP/P60 family protein  46.04 
 
 
234 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000624175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2630  NLP/P60 family protein  46.04 
 
 
234 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000022944  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5167  NLP/P60 family lipoprotein  48.78 
 
 
364 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1982  NLP/P60 family protein  46.04 
 
 
234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000770897  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2489  NlpC/P60 domain-containing protein  46.04 
 
 
234 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00285101  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1804  NLP/P60 protein  47.73 
 
 
354 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2497  NLP/P60 protein  48 
 
 
221 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000164638  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1378  NLP/P60 family protein  46.04 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0650104  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1776  NLP/P60 protein  46.97 
 
 
353 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1379  NLP/P60 protein  48 
 
 
223 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0123318  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1407  NLP/P60 protein  45.86 
 
 
369 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.374528 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2543  NlpC/P60 domain-containing protein  46.04 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241327  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2105  NLP/P60 family protein  46.04 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000576333  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2519  cell wall-associated hydrolase-like protein  49.62 
 
 
225 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3208  NLP/P60 family protein  46.04 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00320254  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1960  NLP/P60 protein  48 
 
 
223 aa  125  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0530532  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1665  NLP/P60 protein  49.19 
 
 
194 aa  125  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  49.21 
 
 
169 aa  125  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1112  NLP/P60 protein  50.41 
 
 
215 aa  125  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.893499 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6019  NLP/P60  48.8 
 
 
223 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377627  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2090  NLP/P60 protein  48 
 
 
223 aa  125  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0226051  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2058  NLP/P60 protein  48.8 
 
 
223 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000524971  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2077  NLP/P60 protein  48.8 
 
 
223 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.010952  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1018  NLP/P60 protein  50.41 
 
 
215 aa  125  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.121174  normal  0.0409551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5367  NLP/P60 family protein  48 
 
 
224 aa  124  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174254  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1794  NLP/P60 protein  49.17 
 
 
418 aa  124  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435053  hitchhiker  0.00883906 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3747  NLP/P60  45.86 
 
 
166 aa  123  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60725  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1640  NLP/P60 family protein  47.2 
 
 
221 aa  123  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000364437  normal  0.336888 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0919  NLP/P60 protein  47.93 
 
 
382 aa  122  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0475791  normal  0.21921 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2195  NLP/P60 protein  49.31 
 
 
168 aa  122  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2186  NLP/P60 family lipoprotein  45.86 
 
 
407 aa  122  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1160  NLP/P60 family lipoprotein  46.97 
 
 
407 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.812731  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1397  NLP/P60 family lipoprotein  46.97 
 
 
407 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.929375  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2408  NLP/P60 family lipoprotein  46.97 
 
 
407 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.166866  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2283  NlpC/P60 family lipoprotein  45.86 
 
 
404 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1887  NLP/P60 family lipoprotein  46.97 
 
 
407 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.850579  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0009  NLP/P60 family lipoprotein  46.97 
 
 
407 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30529  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2244  NlpC/P60 family lipoprotein  46.97 
 
 
404 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1177  putative transmembrane protein  46.72 
 
 
222 aa  121  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0196017  normal  0.188955 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2520  NLP/P60 family protein  48.82 
 
 
365 aa  120  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.509627  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2149  NLP/P60 protein  48.82 
 
 
365 aa  120  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000521128  hitchhiker  0.000892281 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2789  NLP/P60 family protein  51.52 
 
 
181 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4180  hypothetical protein  49.17 
 
 
193 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000520752  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0829  NLP/P60 protein  46.51 
 
 
165 aa  118  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.846153  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  39.88 
 
 
255 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48800  hypothetical protein  48.33 
 
 
205 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.040428  hitchhiker  0.0000000044472 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1972  NLP/P60  47.93 
 
 
212 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107958  normal  0.172208 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1606  NLP/P60 protein  47.29 
 
 
209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33170  NLP/P60 family lipoprotein  49.24 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0857869  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1659  hypothetical protein  47.29 
 
 
209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.255203  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33180  NLP/P60 family lipoprotein  43.9 
 
 
205 aa  115  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.38174  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0427  NLP/P60 protein  45.45 
 
 
177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285469  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1267  NLP/P60 protein  40.88 
 
 
214 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4049  NLP/P60 protein  42.11 
 
 
212 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  45.75 
 
 
225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1669  NLP/P60 protein  42.11 
 
 
214 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1314  lipoprotein transmembrane  45.9 
 
 
258 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2887  NLP/P60 protein  43.36 
 
 
179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171139  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1227  NLP/P60 protein  42.42 
 
 
214 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0170  NLP/P60 protein  44.09 
 
 
184 aa  112  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1233  NLP/P60 protein  46.96 
 
 
214 aa  112  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.783126  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1679  NLP/P60 protein  48.28 
 
 
210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  47.2 
 
 
226 aa  111  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1747  NLP/P60 protein  46.03 
 
 
174 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1189  NLP/P60 protein  43.94 
 
 
249 aa  110  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103363  normal  0.0364754 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1250  NLP/P60 protein  43.28 
 
 
248 aa  110  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000552171  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1504  NLP/P60 protein  45.45 
 
 
188 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0399794  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1828  lipoprotein, NLP/P60 family  45.45 
 
 
188 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.996382  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  44 
 
 
181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1100  NLP/P60 protein  46.09 
 
 
215 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  43.31 
 
 
181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19170  hypothetical protein  44.62 
 
 
198 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1637  NLP/P60  42.86 
 
 
226 aa  108  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.58461  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1654  hypothetical protein  44.62 
 
 
177 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0373  NLP/P60 protein  41.96 
 
 
208 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4179  putative lipoprotein  45.97 
 
 
197 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000450162  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48790  putative lipoprotein  45.97 
 
 
177 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.006644  hitchhiker  0.0000000144437 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3121  NLP/P60 protein  37.75 
 
 
333 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0173  NlpC/P60 family protein  39.06 
 
 
458 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000388548  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  50.43 
 
 
303 aa  106  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>