More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1189 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1189  NLP/P60 protein  100 
 
 
249 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103363  normal  0.0364754 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1250  NLP/P60 protein  92.37 
 
 
248 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000552171  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1314  lipoprotein transmembrane  75.19 
 
 
258 aa  361  6e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1972  NLP/P60  87.14 
 
 
212 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107958  normal  0.172208 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1999  NLP/P60  81.56 
 
 
226 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1804  NLP/P60 protein  62.13 
 
 
354 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0919  NLP/P60 protein  60.54 
 
 
382 aa  205  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0475791  normal  0.21921 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1776  NLP/P60 protein  62.13 
 
 
353 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5167  NLP/P60 family lipoprotein  60 
 
 
364 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6213  NLP/P60  57.14 
 
 
363 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1866  NLP/P60 protein  57.14 
 
 
363 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1407  NLP/P60 protein  60.95 
 
 
369 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.374528 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1890  NLP/P60 protein  57.14 
 
 
363 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00780805  hitchhiker  0.0000000811276 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2283  NlpC/P60 family lipoprotein  57.87 
 
 
404 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2186  NLP/P60 family lipoprotein  58.2 
 
 
407 aa  201  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1397  NLP/P60 family lipoprotein  58.03 
 
 
407 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.929375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2244  NlpC/P60 family lipoprotein  58.03 
 
 
404 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1160  NLP/P60 family lipoprotein  58.03 
 
 
407 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.812731  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2408  NLP/P60 family lipoprotein  58.03 
 
 
407 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.166866  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1887  NLP/P60 family lipoprotein  58.03 
 
 
407 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.850579  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0009  NLP/P60 family lipoprotein  58.03 
 
 
407 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30529  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2393  putative transmembrane lipoprotein  57.53 
 
 
404 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.951834  normal  0.103299 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1794  NLP/P60 protein  55.93 
 
 
418 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435053  hitchhiker  0.00883906 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0427  NLP/P60 protein  58.91 
 
 
177 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285469  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  49.41 
 
 
181 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  47.8 
 
 
177 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1018  NLP/P60 protein  43.65 
 
 
215 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.121174  normal  0.0409551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1112  NLP/P60 protein  43.65 
 
 
215 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.893499 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1268  NLP/P60 protein  54.35 
 
 
177 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1177  putative transmembrane protein  42.02 
 
 
222 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0196017  normal  0.188955 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1670  NLP/P60 protein  54.74 
 
 
177 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1638  NLP/P60  44.51 
 
 
178 aa  149  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33170  NLP/P60 family lipoprotein  51.85 
 
 
173 aa  149  6e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0857869  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  55.07 
 
 
181 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1228  NLP/P60 protein  54.55 
 
 
177 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771322  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1218  NLP/P60 protein  52.1 
 
 
224 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00850028  normal  0.283839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1982  NLP/P60 family protein  50.78 
 
 
234 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000770897  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2497  NLP/P60 protein  52.94 
 
 
221 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000164638  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1640  NLP/P60 family protein  52.94 
 
 
221 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000364437  normal  0.336888 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2543  NlpC/P60 domain-containing protein  50 
 
 
218 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241327  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1602  NLP/P60 family protein  50 
 
 
234 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000624175  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2489  NlpC/P60 domain-containing protein  50 
 
 
234 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00285101  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2630  NLP/P60 family protein  50 
 
 
234 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000022944  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1378  NLP/P60 family protein  50 
 
 
218 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0650104  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2105  NLP/P60 family protein  50 
 
 
218 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000576333  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3208  NLP/P60 family protein  50 
 
 
218 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00320254  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2077  NLP/P60 protein  49.61 
 
 
223 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.010952  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6019  NLP/P60  49.61 
 
 
223 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377627  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2058  NLP/P60 protein  49.61 
 
 
223 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000524971  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1379  NLP/P60 protein  52.1 
 
 
223 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0123318  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2125  NLP/P60  51.26 
 
 
228 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1960  NLP/P60 protein  50.42 
 
 
223 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0530532  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2090  NLP/P60 protein  50.42 
 
 
223 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0226051  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2887  NLP/P60 protein  54.92 
 
 
179 aa  142  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171139  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5367  NLP/P60 family protein  50.42 
 
 
224 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174254  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0388  NLP/P60  41.25 
 
 
170 aa  142  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.815605  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48790  putative lipoprotein  45.83 
 
 
177 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.006644  hitchhiker  0.0000000144437 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  44.22 
 
 
183 aa  142  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  50 
 
 
169 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2142  NLP/P60  50.42 
 
 
226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0634754  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0019  NLP/P60 protein  48.73 
 
 
160 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0865382  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0001  NLP/P60 protein  48.73 
 
 
160 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.309085  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1606  NLP/P60 protein  43.11 
 
 
209 aa  139  3e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1659  hypothetical protein  45.24 
 
 
209 aa  140  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.255203  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1747  NLP/P60 protein  54.76 
 
 
174 aa  139  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2830  NLP/P60 protein  42.86 
 
 
220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.704353  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1787  NLP/P60 protein  39.27 
 
 
202 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0258261 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  48.51 
 
 
192 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4179  putative lipoprotein  50.38 
 
 
197 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000450162  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  51.75 
 
 
192 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2100  NLP/P60  48.41 
 
 
201 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.995227  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0741  NLP/P60  44.44 
 
 
167 aa  131  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.128662  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2667  peptidace C40 NLP/P60  45.32 
 
 
187 aa  131  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.411217  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  47.9 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01907  lipoprotein  51.52 
 
 
133 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.324405  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2733  NLP/P60 protein  50 
 
 
190 aa  128  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0192428  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3747  NLP/P60  41.89 
 
 
166 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60725  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2888  NLP/P60 protein  49.19 
 
 
234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215701  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2166  NLP/P60 protein  48.33 
 
 
194 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19170  hypothetical protein  42.95 
 
 
198 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2519  cell wall-associated hydrolase-like protein  43.75 
 
 
225 aa  125  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1654  hypothetical protein  42.95 
 
 
177 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2291  NLP/P60 protein  42.25 
 
 
242 aa  122  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  47.41 
 
 
226 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  42.18 
 
 
225 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1279  NLP/P60 protein  46.09 
 
 
150 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1665  NLP/P60 protein  39.31 
 
 
194 aa  121  9e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1233  NLP/P60 protein  44.19 
 
 
214 aa  120  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.783126  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1100  NLP/P60 protein  41.79 
 
 
215 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3984  NLP/P60 protein  49.17 
 
 
173 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.499071  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0373  NLP/P60 protein  42.31 
 
 
208 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0020  NLP/P60 protein  44.83 
 
 
184 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0396  NLP/P60 protein  45.3 
 
 
150 aa  118  9e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1543  NlpC/P60 family protein  43.59 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.179042 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0230  NLP/P60 protein  35.59 
 
 
188 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.382299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2367  NlpC/P60 family protein  43.59 
 
 
271 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00414236  normal  0.27776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1510  NLP/P60 protein  45.08 
 
 
184 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1985  NLP/P60 protein  43.59 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.778309  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1868  NlpC/P60 family protein  43.59 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000206609  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1852  NlpC/P60 family protein  43.59 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000302623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>