More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2466 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2466  NLP/P60 protein  100 
 
 		 162 aa  338  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.291366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2772  NLP/P60 protein  95.48 
 
 		 157 aa  311  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  70.06 
 
 		 154 aa  236  6.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  70.89 
 
 		 155 aa  229  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  66.88 
 
 		 154 aa  224  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  66.88 
 
 		 154 aa  224  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1734  NLP/P60 protein  68.21 
 
 		 154 aa  222  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1788  NlpC/P60 family lipoprotein  67.31 
 
 		 154 aa  222  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1657  NLP/P60 protein  68.87 
 
 		 154 aa  222  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.983654  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2426  lipoprotein, NlpC/P60 family  66.67 
 
 		 154 aa  221  4e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1927  NlpC/P60 family lipoprotein  66.67 
 
 		 154 aa  221  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00858399  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1482  NlpC/P60 family lipoprotein  66.67 
 
 		 154 aa  221  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1471  hypothetical protein  67.55 
 
 		 154 aa  220  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.235317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1454  putative lipoprotein nlpC  67.55 
 
 		 154 aa  220  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2002  putative lipoprotein nlpC  67.55 
 
 		 154 aa  220  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.303201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1830  NlpC (ORF-17)  67.55 
 
 		 154 aa  220  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1438  NlpC (ORF-17)  67.55 
 
 		 154 aa  220  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0813186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1912  lipoprotein, NlpC/P60 family  66.03 
 
 		 154 aa  219  9e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  69.18 
 
 		 143 aa  217  3.9999999999999997e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01677  predicted lipoprotein  68.31 
 
 		 154 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0294155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1934  NLP/P60 protein  68.31 
 
 		 154 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0636747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1923  NLP/P60 protein  68.31 
 
 		 154 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.468553 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01666  hypothetical protein  68.31 
 
 		 154 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4200  NLP/P60 protein  52.71 
 
 		 156 aa  143  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1592  NLP/P60  42.33 
 
 		 171 aa  138  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.098676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4465  NLP/P60 protein  50 
 
 		 150 aa  137  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.231412 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  50 
 
 		 188 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  52.07 
 
 		 190 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  52.07 
 
 		 190 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000518421 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  52.07 
 
 		 190 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  52.07 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000243067  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4872  NLP/P60 protein  51.49 
 
 		 183 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  52.07 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210623 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0069  NLP/P60 family lipoprotein  44.3 
 
 		 148 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  52.07 
 
 		 189 aa  131  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3244  putative outer membrane lipoprotein  51.24 
 
 		 191 aa  130  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0063  NLP/P60 protein  44.03 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1118  NLP/P60 protein  47.73 
 
 		 189 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.579853  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1142  lipoprotein NlpC  40.62 
 
 		 166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0142689  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1387  putative lipoprotein  45.45 
 
 		 162 aa  128  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0376898  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0062  NLP/P60 protein  43.51 
 
 		 154 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2431  putative outer membrane lipoprotein  50.81 
 
 		 191 aa  128  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1917  putative outer membrane lipoprotein  48.82 
 
 		 193 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1646  putative outer membrane lipoprotein  48.82 
 
 		 194 aa  127  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79512  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2335  putative outer membrane lipoprotein  44.83 
 
 		 191 aa  127  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3992  NLP/P60 protein  55.86 
 
 		 196 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000856339  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0052  NLP/P60 protein  44.37 
 
 		 154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00304715  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0061  NLP/P60 family lipoprotein  43.05 
 
 		 154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2784  putative outer membrane lipoprotein  49.57 
 
 		 194 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2707  putative outer membrane lipoprotein  49.57 
 
 		 194 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0058  NLP/P60 protein  55.86 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0061  NLP/P60 protein  43.51 
 
 		 159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000041841 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0059  NLP/P60 protein  43.51 
 
 		 159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.560848  hitchhiker  0.000388338 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0063  NLP/P60 protein  43.51 
 
 		 159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000156196 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4296  NLP/P60 protein  55.86 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.346407  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1501  putative outer membrane lipoprotein  45.97 
 
 		 172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02243  hypothetical protein  40.49 
 
 		 162 aa  123  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1293  NLP/P60  52.73 
 
 		 205 aa  122  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0496746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3689  NLP/P60 family lipoprotein  51.35 
 
 		 179 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0958  NLP/P60 protein  36.63 
 
 		 167 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.414472  normal  0.258055 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3121  NLP/P60 protein  45.04 
 
 		 333 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0391  NlpC/P60 family protein  46.61 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0396  NLP/P60 protein  39.74 
 
 		 150 aa  108  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1825  lipoprotein NlpC  39.72 
 
 		 152 aa  107  8.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0199  NLP/P60 protein  36.31 
 
 		 191 aa  106  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0428  NLP/P60 protein  37.84 
 
 		 173 aa  105  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1644  lipoprotein NlpC  43.22 
 
 		 153 aa  105  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  43.26 
 
 		 265 aa  103  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000104581  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3902  NLP/P60 protein  46.49 
 
 		 171 aa  102  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0791  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)-like  43.22 
 
 		 221 aa  102  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2100  NLP/P60 protein  42.5 
 
 		 302 aa  102  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.660776  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1279  NLP/P60 protein  50 
 
 		 150 aa  102  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2446  NLP/P60 protein  38.73 
 
 		 208 aa  100  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  46.36 
 
 		 181 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  45.45 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  47.17 
 
 		 232 aa  100  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2028  NLP/P60 protein  38.65 
 
 		 233 aa  99.4  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1746  NLP/P60 protein  44.2 
 
 		 203 aa  99  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1274  NLP/P60 protein  40.71 
 
 		 207 aa  99  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.951335  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2584  NLP/P60 protein  45.83 
 
 		 205 aa  99.4  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.416294  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1014  NLP/P60 protein  36.8 
 
 		 211 aa  98.6  3e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1670  NLP/P60 protein  44.55 
 
 		 177 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0941  NLP/P60 family protein  37.66 
 
 		 159 aa  98.2  4e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.33367  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  47.66 
 
 		 169 aa  98.2  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  33.91 
 
 		 177 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1960  NLP/P60 protein  46.73 
 
 		 223 aa  97.8  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0530532  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2090  NLP/P60 protein  46.73 
 
 		 223 aa  97.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0226051  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2178  NLP/P60 protein  44.86 
 
 		 193 aa  97.8  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1218  NLP/P60 protein  45.79 
 
 		 224 aa  97.4  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00850028  normal  0.283839 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2476  NLP/P60 protein  38.52 
 
 		 214 aa  96.7  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.188506  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1268  NLP/P60 protein  43.64 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200264 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6019  NLP/P60  45.79 
 
 		 223 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>