73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2968 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2968  hypothetical protein  100 
 
 		 377 aa  764    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.169755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2243  high-affinity nickel-transporter  88.59 
 
 		 375 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0260591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2493  high-affinity nickel-transporter  64.19 
 
 		 373 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  62.4 
 
 		 377 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4225  high-affinity nickel-transporter  62.97 
 
 		 376 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  58.24 
 
 		 376 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0559  high-affinity nickel-transporter  59.95 
 
 		 398 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0085  high-affinity nickel-transporter  58.47 
 
 		 371 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  54.52 
 
 		 371 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3506  high-affinity nickel-transporter  54.79 
 
 		 372 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3421  hypothetical protein  55.32 
 
 		 353 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3645  hypothetical protein  54.52 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3402  high-affinity nickel-transporter  57.94 
 
 		 390 aa  362  7.0000000000000005e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2647  high-affinity nickel-transporter  52.96 
 
 		 356 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.679342  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001366  ABC-type uncharacterized transport system permease component  51.18 
 
 		 323 aa  319  5e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.954094  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  74.4 
 
 		 289 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4280  hypothetical protein  81.6 
 
 		 292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0067  nickel/cobalt efflux protein RcnA  64.79 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3358  nickel/cobalt efflux protein RcnA  60.71 
 
 		 294 aa  173  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3089  nickel/cobalt efflux protein RcnA  65.87 
 
 		 285 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.256833 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  60.71 
 
 		 294 aa  173  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0110121 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3256  nickel/cobalt efflux protein RcnA  64.29 
 
 		 274 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0374034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3177  nickel/cobalt efflux protein RcnA  64.29 
 
 		 274 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.508433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0937  nickel/cobalt efflux protein RcnA  65.32 
 
 		 274 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3193  nickel/cobalt efflux protein RcnA  60 
 
 		 282 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1541  nickel/cobalt efflux protein RcnA  66.95 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1551  high-affinity nickel-transporter  66.95 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  65.85 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.790199  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0849  nickel/cobalt efflux system RcnA  65.85 
 
 		 179 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2757  nickel/cobalt efflux protein RcnA  58.45 
 
 		 253 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1132  nickel/cobalt efflux system RcnA  69.51 
 
 		 80 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1585  cation diffusion facilitator family transporter  46.96 
 
 		 434 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2539  cation diffusion facilitator family transporter  44.74 
 
 		 434 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.212493  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0570  cation diffusion facilitator family transporter  45.22 
 
 		 434 aa  86.3  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.924054  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5150  cation diffusion facilitator family transporter  45.3 
 
 		 425 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.634213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2939  cation diffusion facilitator family transporter  45.45 
 
 		 434 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1677  cation diffusion facilitator family transporter  45.45 
 
 		 434 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.829467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0390  cation efflux system protein  39.1 
 
 		 427 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0050  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  41.67 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2694  cation diffusion facilitator family transporter  48.31 
 
 		 422 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2847  Co/Zn/Cd efflux system component  48.31 
 
 		 422 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1090  putative cation efflux related membrane protein  48.31 
 
 		 422 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5056  cation diffusion facilitator family transporter  42.31 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1128  cation diffusion facilitator family transporter  41.58 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.213298  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3201  cation diffusion facilitator family transporter  41.35 
 
 		 430 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1104  hypothetical protein  59.32 
 
 		 69 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191867 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2769  high-affinity nickel-transporter  37.76 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3167  high-affinity nickel-transporter  38 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0258449  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0687  high-affinity nickel-transporter  27.78 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  36.94 
 
 		 447 aa  63.5  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  31.25 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1407  high-affinity nickel-transporter  29.55 
 
 		 208 aa  62  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1910  high-affinity nickel-transporter  44.83 
 
 		 439 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414629 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  33.33 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4186  high-affinity nickel-transporter  49.09 
 
 		 230 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.898431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  34.83 
 
 		 503 aa  51.6  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  37.65 
 
 		 415 aa  51.6  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3988  high-affinity nickel-transporter  30.53 
 
 		 501 aa  51.2  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000233692  normal  0.178038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  31.82 
 
 		 409 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6802  high-affinity nickel-transporter  32.14 
 
 		 543 aa  48.9  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  33.33 
 
 		 441 aa  49.7  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2047  high-affinity nickel-transporter  28.57 
 
 		 249 aa  48.5  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.035095  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4769  high-affinity nickel-transporter  29.17 
 
 		 438 aa  47.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182763 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3996  secretion protein HlyD  33.71 
 
 		 414 aa  47.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3585  high-affinity nickel-transporter  31.46 
 
 		 506 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.83596  normal  0.321001 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5609  high-affinity nickel-transporter  26.72 
 
 		 239 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  32.22 
 
 		 432 aa  46.2  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  30.39 
 
 		 414 aa  46.6  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  36.11 
 
 		 509 aa  45.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  27.34 
 
 		 417 aa  44.3  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0116  hypothetical protein  32.94 
 
 		 293 aa  44.7  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27353  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2711  high-affinity nickel-transporter  22.79 
 
 		 359 aa  43.9  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.733355  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1851  high-affinity nickel-transporter  27.91 
 
 		 231 aa  42.7  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0801332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>