39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1132 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1132  nickel/cobalt efflux system RcnA  100 
 
 		 80 aa  158  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3089  nickel/cobalt efflux protein RcnA  98.75 
 
 		 285 aa  157  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.256833 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0937  nickel/cobalt efflux protein RcnA  98.75 
 
 		 274 aa  156  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1541  nickel/cobalt efflux protein RcnA  98.75 
 
 		 274 aa  156  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1551  high-affinity nickel-transporter  98.75 
 
 		 274 aa  156  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  97.5 
 
 		 274 aa  154  4e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.790199  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3177  nickel/cobalt efflux protein RcnA  84.81 
 
 		 274 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.508433  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3358  nickel/cobalt efflux protein RcnA  84.81 
 
 		 294 aa  137  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3256  nickel/cobalt efflux protein RcnA  84.81 
 
 		 274 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0374034 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  84.81 
 
 		 294 aa  137  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0110121 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3193  nickel/cobalt efflux protein RcnA  84.81 
 
 		 282 aa  137  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0067  nickel/cobalt efflux protein RcnA  76.83 
 
 		 300 aa  130  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0085  high-affinity nickel-transporter  77.78 
 
 		 371 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  77.22 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4280  hypothetical protein  75.31 
 
 		 292 aa  124  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2243  high-affinity nickel-transporter  74.07 
 
 		 375 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0260591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3402  high-affinity nickel-transporter  76.83 
 
 		 390 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  71.6 
 
 		 289 aa  120  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2493  high-affinity nickel-transporter  70.73 
 
 		 373 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  71.6 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2968  hypothetical protein  69.51 
 
 		 377 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.169755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3421  hypothetical protein  72.73 
 
 		 353 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0559  high-affinity nickel-transporter  72.15 
 
 		 398 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  68.29 
 
 		 371 aa  114  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3506  high-affinity nickel-transporter  68.29 
 
 		 372 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3645  hypothetical protein  72.73 
 
 		 354 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2757  nickel/cobalt efflux protein RcnA  73.97 
 
 		 253 aa  107  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2647  high-affinity nickel-transporter  67.53 
 
 		 356 aa  106  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.679342  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4225  high-affinity nickel-transporter  62.96 
 
 		 376 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001366  ABC-type uncharacterized transport system permease component  77.27 
 
 		 323 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.954094  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  41.33 
 
 		 447 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3167  high-affinity nickel-transporter  46.43 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0258449  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0687  high-affinity nickel-transporter  44.23 
 
 		 208 aa  53.9  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1407  high-affinity nickel-transporter  42.31 
 
 		 208 aa  53.5  0.0000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4186  high-affinity nickel-transporter  45.28 
 
 		 230 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.898431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1910  high-affinity nickel-transporter  37.5 
 
 		 439 aa  50.1  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414629 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  38.46 
 
 		 208 aa  50.1  0.000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2769  high-affinity nickel-transporter  47.83 
 
 		 274 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3988  high-affinity nickel-transporter  37.74 
 
 		 501 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000233692  normal  0.178038 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>