62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3988 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_3988  high-affinity nickel-transporter  100 
 
 		 501 aa  965    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000233692  normal  0.178038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4769  high-affinity nickel-transporter  47.99 
 
 		 438 aa  289  7e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182763 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6802  high-affinity nickel-transporter  38.67 
 
 		 543 aa  203  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  34.18 
 
 		 447 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3585  high-affinity nickel-transporter  34.33 
 
 		 506 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.83596  normal  0.321001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  29.32 
 
 		 289 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2757  nickel/cobalt efflux protein RcnA  31.2 
 
 		 253 aa  88.6  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0067  nickel/cobalt efflux protein RcnA  27.87 
 
 		 300 aa  87  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3256  nickel/cobalt efflux protein RcnA  27.6 
 
 		 274 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0374034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3177  nickel/cobalt efflux protein RcnA  27.6 
 
 		 274 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.508433  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3193  nickel/cobalt efflux protein RcnA  27.52 
 
 		 282 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3167  high-affinity nickel-transporter  32.04 
 
 		 227 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0258449  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3358  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.3 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0937  nickel/cobalt efflux protein RcnA  28 
 
 		 274 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3089  nickel/cobalt efflux protein RcnA  27.97 
 
 		 285 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.256833 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1910  high-affinity nickel-transporter  43.81 
 
 		 439 aa  79.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414629 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4280  hypothetical protein  26.49 
 
 		 292 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.3 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0110121 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1551  high-affinity nickel-transporter  27.64 
 
 		 274 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1541  nickel/cobalt efflux protein RcnA  27.64 
 
 		 274 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  27.49 
 
 		 274 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.790199  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4225  high-affinity nickel-transporter  34.78 
 
 		 376 aa  73.2  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1407  high-affinity nickel-transporter  23.83 
 
 		 208 aa  71.6  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0687  high-affinity nickel-transporter  24.88 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3506  high-affinity nickel-transporter  35.71 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  31.52 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  22.9 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3645  hypothetical protein  35.4 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3402  high-affinity nickel-transporter  36.03 
 
 		 390 aa  63.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3421  hypothetical protein  36.89 
 
 		 353 aa  62.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  32.85 
 
 		 371 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  32.19 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5609  high-affinity nickel-transporter  28.63 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437019 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2493  high-affinity nickel-transporter  32.46 
 
 		 373 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0559  high-affinity nickel-transporter  34.29 
 
 		 398 aa  57.4  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2647  high-affinity nickel-transporter  38.53 
 
 		 356 aa  57  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.679342  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1480  high-affinity nickel-transporter  22.8 
 
 		 247 aa  55.5  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0085  high-affinity nickel-transporter  33.65 
 
 		 371 aa  54.7  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0291  high-affinity nickel-transporter  30.8 
 
 		 319 aa  54.7  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001366  ABC-type uncharacterized transport system permease component  34.34 
 
 		 323 aa  51.2  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.954094  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0285  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like  28.23 
 
 		 366 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0371568  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3913  high-affinity nickel-transporter  23.28 
 
 		 238 aa  49.3  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4270  high-affinity nickel-transporter  29.2 
 
 		 374 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577048  normal  0.743573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2968  hypothetical protein  28.83 
 
 		 377 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.169755 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2706  high-affinity nickel-transporter  26.48 
 
 		 328 aa  47.8  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629931  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4186  high-affinity nickel-transporter  34.44 
 
 		 230 aa  47.8  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.898431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1096  high-affinity nickel-transporter  26.67 
 
 		 345 aa  47.8  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.767185  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2792  high-affinity nickel-transporter  26.48 
 
 		 328 aa  47  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2926  high-affinity nickel-transporter  26.24 
 
 		 328 aa  47  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2813  high-affinity nickel-transporter  26.48 
 
 		 328 aa  47  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1499  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  18.51 
 
 		 490 aa  47  0.0008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.844578  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3212  high-affinity nickel-transporter  30.77 
 
 		 239 aa  46.6  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2751  high-affinity nickel-transporter  26.24 
 
 		 328 aa  46.6  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0849  nickel/cobalt efflux system RcnA  29.06 
 
 		 179 aa  46.6  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0674  high-affinity nickel-transporter  28.57 
 
 		 372 aa  45.8  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986195 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2047  high-affinity nickel-transporter  23.6 
 
 		 249 aa  45.8  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.035095  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2243  high-affinity nickel-transporter  30.25 
 
 		 375 aa  45.8  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0260591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0391  high-affinity nickel-transporter  25.67 
 
 		 342 aa  44.7  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  27.45 
 
 		 323 aa  44.3  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1272  high-affinity nickel-transporter  24.89 
 
 		 340 aa  43.5  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000384765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0439  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  24.89 
 
 		 340 aa  43.5  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000891132  hitchhiker  0.0000143481 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1164  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  24.89 
 
 		 340 aa  43.5  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000293484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>