73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5609 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5609  high-affinity nickel-transporter  100 
 
 		 239 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437019 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2532  putative nickel ABC transporter, permease protein  29.29 
 
 		 236 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0439363  normal  0.195103 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0687  high-affinity nickel-transporter  29.19 
 
 		 208 aa  92.8  4e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1407  high-affinity nickel-transporter  31.43 
 
 		 208 aa  89.4  4e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  28.99 
 
 		 208 aa  85.5  7e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0285  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like  31.4 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0371568  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  27.12 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2245  high-affinity nickel-transporter  27.88 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3365  hypothetical protein  37.5 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911101 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0391  high-affinity nickel-transporter  26.14 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1480  high-affinity nickel-transporter  24 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2751  high-affinity nickel-transporter  26.39 
 
 		 328 aa  58.9  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2926  high-affinity nickel-transporter  25.65 
 
 		 328 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2813  high-affinity nickel-transporter  25.65 
 
 		 328 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2706  high-affinity nickel-transporter  26.02 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629931  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2792  high-affinity nickel-transporter  25.65 
 
 		 328 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1678  high-affinity nickel-transporter  26.18 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0510109  normal  0.482809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1403  high-affinity nickel-transporter  27.43 
 
 		 337 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198577  normal  0.0338124 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2976  high-affinity nickel-transporter  26.56 
 
 		 342 aa  55.8  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2047  high-affinity nickel-transporter  24.34 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.035095  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1398  high-affinity nickel-transporter  26.38 
 
 		 337 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0677472  normal  0.0633291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3631  high-affinity nickel-transporter  26.64 
 
 		 340 aa  53.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0473418  normal  0.881878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1353  putative high affinity nickel transporter  31.67 
 
 		 406 aa  52.4  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.85251  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3031  high-affinity nickel-transporter  25.42 
 
 		 326 aa  52  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3677  high-affinity nickel-transporter  28.39 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.841534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2711  high-affinity nickel-transporter  27.13 
 
 		 359 aa  51.6  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.733355  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0085  high-affinity nickel-transporter  28.12 
 
 		 371 aa  50.4  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0116  hypothetical protein  24.34 
 
 		 293 aa  50.1  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27353  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0291  high-affinity nickel-transporter  26.36 
 
 		 319 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4280  hypothetical protein  29.81 
 
 		 292 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3167  high-affinity nickel-transporter  24.73 
 
 		 227 aa  49.3  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0258449  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2757  nickel/cobalt efflux protein RcnA  24.06 
 
 		 253 aa  49.3  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1782  high-affinity nickel-transporter  28.4 
 
 		 346 aa  47.8  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  30.61 
 
 		 371 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1541  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.04 
 
 		 274 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0937  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.04 
 
 		 274 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3089  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.04 
 
 		 285 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.256833 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1551  high-affinity nickel-transporter  26.04 
 
 		 274 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4249  high-affinity nickel-transporter  29.75 
 
 		 367 aa  47.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.470943  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0088  hypothetical protein  29.75 
 
 		 360 aa  47.4  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.417064  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3421  hypothetical protein  27.35 
 
 		 353 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2647  high-affinity nickel-transporter  31.18 
 
 		 356 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.679342  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4841  high-affinity nickel-transporter  28 
 
 		 390 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3988  high-affinity nickel-transporter  37.89 
 
 		 501 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000233692  normal  0.178038 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.92 
 
 		 289 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0096  hypothetical protein  29.75 
 
 		 367 aa  47.4  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.977897  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0674  high-affinity nickel-transporter  23.68 
 
 		 372 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986195 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3256  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.42 
 
 		 274 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0374034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3358  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.42 
 
 		 294 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.04 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.790199  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3177  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.42 
 
 		 274 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.508433  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3193  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.42 
 
 		 282 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.42 
 
 		 294 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0110121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0067  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.04 
 
 		 300 aa  46.2  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  29.57 
 
 		 447 aa  45.4  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  25.51 
 
 		 376 aa  45.4  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2905  high-affinity nickel-transporter  30.16 
 
 		 381 aa  45.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0559  high-affinity nickel-transporter  31 
 
 		 398 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0860  high-affinity nickel-transporter  32 
 
 		 389 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3645  hypothetical protein  25.71 
 
 		 354 aa  44.3  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409441  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  24.27 
 
 		 377 aa  44.3  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1096  high-affinity nickel-transporter  31.25 
 
 		 345 aa  43.9  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.767185  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3506  high-affinity nickel-transporter  28.57 
 
 		 372 aa  43.5  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4769  high-affinity nickel-transporter  32.93 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182763 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0942  high-affinity nickel-transporter  28.33 
 
 		 384 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0338054  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2968  hypothetical protein  26.72 
 
 		 377 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.169755 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4543  high-affinity nickel-transporter  30.84 
 
 		 398 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.47672  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3402  high-affinity nickel-transporter  29.87 
 
 		 390 aa  43.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2243  high-affinity nickel-transporter  25 
 
 		 375 aa  42.7  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0260591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1910  high-affinity nickel-transporter  29.73 
 
 		 439 aa  42.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414629 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4186  high-affinity nickel-transporter  29.28 
 
 		 230 aa  42  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.898431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1234  high-affinity nickel-transporter  38.36 
 
 		 357 aa  42  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0081  high-affinity nickel-transporter  39.06 
 
 		 383 aa  41.6  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.940198 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>