68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4543 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4543  high-affinity nickel-transporter  100 
 
 		 398 aa  779    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.47672  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0860  high-affinity nickel-transporter  75.13 
 
 		 389 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0942  high-affinity nickel-transporter  75.81 
 
 		 384 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0338054  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4841  high-affinity nickel-transporter  72.36 
 
 		 390 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2905  high-affinity nickel-transporter  49.87 
 
 		 381 aa  300  3e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1353  putative high affinity nickel transporter  75 
 
 		 406 aa  235  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.85251  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0391  high-affinity nickel-transporter  42.93 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0081  high-affinity nickel-transporter  39.5 
 
 		 383 aa  223  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.940198 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2711  high-affinity nickel-transporter  43.67 
 
 		 359 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.733355  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4249  high-affinity nickel-transporter  38.24 
 
 		 367 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.470943  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3692  high-affinity nickel-transporter  37.4 
 
 		 358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0088  hypothetical protein  37.57 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.417064  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0096  hypothetical protein  37.57 
 
 		 367 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.977897  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3393  high-affinity nickel-transporter  37.47 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0166136 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3811  hypothetical protein  36.9 
 
 		 389 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2775  high-affinity nickel-transporter  38.9 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1782  high-affinity nickel-transporter  41.82 
 
 		 346 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1678  high-affinity nickel-transporter  38.7 
 
 		 337 aa  169  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0510109  normal  0.482809 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1398  high-affinity nickel-transporter  38.81 
 
 		 337 aa  169  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0677472  normal  0.0633291 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0291  high-affinity nickel-transporter  35.59 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1403  high-affinity nickel-transporter  38.24 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198577  normal  0.0338124 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1164  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  27.55 
 
 		 340 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1272  high-affinity nickel-transporter  27.55 
 
 		 340 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000384765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0439  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  27.55 
 
 		 340 aa  124  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000891132  hitchhiker  0.0000143481 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1234  high-affinity nickel-transporter  30.56 
 
 		 357 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2759  high-affinity nickel-transporter  29.81 
 
 		 351 aa  122  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  46.41 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3631  high-affinity nickel-transporter  27.7 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0473418  normal  0.881878 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3208  high-affinity nickel-transporter  31.46 
 
 		 337 aa  116  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2245  high-affinity nickel-transporter  49.32 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3041  high-affinity nickel-transporter  27.87 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.167253  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1753  high-affinity nickel-transporter  33.43 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1976  putative nickel transporter  26.69 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2792  high-affinity nickel-transporter  29.22 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2926  high-affinity nickel-transporter  29.22 
 
 		 328 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2813  high-affinity nickel-transporter  29.22 
 
 		 328 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3031  high-affinity nickel-transporter  28.52 
 
 		 326 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1096  high-affinity nickel-transporter  30.3 
 
 		 345 aa  102  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.767185  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2751  high-affinity nickel-transporter  28.57 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2333  high-affinity nickel-transporter  43.48 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144614  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2706  high-affinity nickel-transporter  28.25 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629931  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0674  high-affinity nickel-transporter  38.85 
 
 		 372 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986195 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0277  high-affinity nickel-transporter  44.72 
 
 		 337 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66329  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1079  permease  24.63 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0887396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0316  high-affinity nickel-transporter  26.74 
 
 		 349 aa  93.2  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0121429 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2976  high-affinity nickel-transporter  39.01 
 
 		 342 aa  86.3  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0753  high-affinity nickel-transporter  37.21 
 
 		 318 aa  72.8  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000315045  normal  0.331019 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1929  high-affinity nickel-transporter  36.76 
 
 		 314 aa  72  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.495072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1737  high-affinity nickel-transporter  39.36 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4270  high-affinity nickel-transporter  33.87 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577048  normal  0.743573 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6802  high-affinity nickel-transporter  34.35 
 
 		 543 aa  63.5  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1730  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  35.48 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2047  high-affinity nickel-transporter  35.87 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.035095  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0285  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like  29.66 
 
 		 366 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0371568  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1583  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.59 
 
 		 564 aa  52.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.936512  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0116  hypothetical protein  32.65 
 
 		 293 aa  51.2  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27353  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1330  protein of unknown function UPF0066  50 
 
 		 205 aa  50.8  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.143351  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  22.96 
 
 		 377 aa  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4225  high-affinity nickel-transporter  29.7 
 
 		 376 aa  47.4  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1499  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  48.78 
 
 		 490 aa  47  0.0005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.844578  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3677  high-affinity nickel-transporter  44 
 
 		 207 aa  47  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.841534  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  29.19 
 
 		 376 aa  47  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3585  high-affinity nickel-transporter  24.3 
 
 		 506 aa  46.6  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.83596  normal  0.321001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  23.48 
 
 		 371 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  29.11 
 
 		 447 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1480  high-affinity nickel-transporter  30.39 
 
 		 247 aa  46.2  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  22.46 
 
 		 289 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0127  hypothetical protein  31.97 
 
 		 504 aa  44.3  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>