69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03927 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  100 
 
 		 377 aa  769    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2493  high-affinity nickel-transporter  68.7 
 
 		 373 aa  514  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  61.7 
 
 		 376 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  60.64 
 
 		 371 aa  431  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2243  high-affinity nickel-transporter  63.42 
 
 		 375 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0260591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4225  high-affinity nickel-transporter  61.2 
 
 		 376 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786364  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2968  hypothetical protein  62.57 
 
 		 377 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.169755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3506  high-affinity nickel-transporter  58.78 
 
 		 372 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3645  hypothetical protein  58.99 
 
 		 354 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3421  hypothetical protein  57.91 
 
 		 353 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0085  high-affinity nickel-transporter  57.95 
 
 		 371 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0559  high-affinity nickel-transporter  56.51 
 
 		 398 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3402  high-affinity nickel-transporter  60.42 
 
 		 390 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2647  high-affinity nickel-transporter  56.61 
 
 		 356 aa  361  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.679342  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001366  ABC-type uncharacterized transport system permease component  46.26 
 
 		 323 aa  292  8e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.954094  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2757  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.59 
 
 		 253 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  58.33 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0067  nickel/cobalt efflux protein RcnA  61.97 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3193  nickel/cobalt efflux protein RcnA  60 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3358  nickel/cobalt efflux protein RcnA  59.31 
 
 		 294 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  59.31 
 
 		 294 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0110121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3089  nickel/cobalt efflux protein RcnA  66.13 
 
 		 285 aa  171  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.256833 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0937  nickel/cobalt efflux protein RcnA  65.32 
 
 		 274 aa  169  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4280  hypothetical protein  64.18 
 
 		 292 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1541  nickel/cobalt efflux protein RcnA  69.3 
 
 		 274 aa  169  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1551  high-affinity nickel-transporter  69.3 
 
 		 274 aa  169  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3177  nickel/cobalt efflux protein RcnA  63.28 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.508433  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  65.85 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.790199  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3256  nickel/cobalt efflux protein RcnA  63.28 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0374034 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0849  nickel/cobalt efflux system RcnA  65.85 
 
 		 179 aa  166  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1132  nickel/cobalt efflux system RcnA  77.22 
 
 		 80 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1585  cation diffusion facilitator family transporter  43.24 
 
 		 434 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1128  cation diffusion facilitator family transporter  44.55 
 
 		 432 aa  82.4  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.213298  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0570  cation diffusion facilitator family transporter  43.24 
 
 		 434 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.924054  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0050  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  31.63 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2539  cation diffusion facilitator family transporter  42.86 
 
 		 434 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.212493  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1677  cation diffusion facilitator family transporter  42.86 
 
 		 434 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.829467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2939  cation diffusion facilitator family transporter  42.86 
 
 		 434 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1104  hypothetical protein  62.71 
 
 		 69 aa  75.1  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191867 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5150  cation diffusion facilitator family transporter  40.74 
 
 		 425 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.634213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5056  cation diffusion facilitator family transporter  40.34 
 
 		 426 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  37.1 
 
 		 447 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3201  cation diffusion facilitator family transporter  39.5 
 
 		 430 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2769  high-affinity nickel-transporter  35.64 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0687  high-affinity nickel-transporter  30.56 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1407  high-affinity nickel-transporter  29.25 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  29.63 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0390  cation efflux system protein  34.51 
 
 		 427 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1090  putative cation efflux related membrane protein  35.79 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2847  Co/Zn/Cd efflux system component  35.79 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2694  cation diffusion facilitator family transporter  35.79 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1910  high-affinity nickel-transporter  34.62 
 
 		 439 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414629 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3167  high-affinity nickel-transporter  36.27 
 
 		 227 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0258449  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4186  high-affinity nickel-transporter  51.11 
 
 		 230 aa  50.8  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.898431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4769  high-affinity nickel-transporter  26.92 
 
 		 438 aa  48.9  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  28.3 
 
 		 432 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3988  high-affinity nickel-transporter  32.69 
 
 		 501 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000233692  normal  0.178038 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  30 
 
 		 323 aa  47  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2532  putative nickel ABC transporter, permease protein  28.36 
 
 		 236 aa  45.8  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0439363  normal  0.195103 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  24.24 
 
 		 418 aa  46.2  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6802  high-affinity nickel-transporter  37.04 
 
 		 543 aa  45.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0291  high-affinity nickel-transporter  30.09 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5609  high-affinity nickel-transporter  22.06 
 
 		 239 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3585  high-affinity nickel-transporter  32.32 
 
 		 506 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.83596  normal  0.321001 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 415 aa  43.5  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0116  hypothetical protein  40.82 
 
 		 293 aa  43.9  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27353  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4926  hypothetical protein  28.79 
 
 		 268 aa  43.1  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  22.81 
 
 		 417 aa  43.1  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1499  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  23.36 
 
 		 490 aa  42.7  0.01  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.844578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>