70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2647 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2647  high-affinity nickel-transporter  100 
 
 		 356 aa  716    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.679342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3421  hypothetical protein  75 
 
 		 353 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3645  hypothetical protein  75 
 
 		 354 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  66.2 
 
 		 371 aa  477  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  66.57 
 
 		 376 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3506  high-affinity nickel-transporter  67.78 
 
 		 372 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3402  high-affinity nickel-transporter  64.8 
 
 		 390 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2493  high-affinity nickel-transporter  56.25 
 
 		 373 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  56.35 
 
 		 377 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2968  hypothetical protein  53.07 
 
 		 377 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.169755 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4225  high-affinity nickel-transporter  53.17 
 
 		 376 aa  336  2.9999999999999997e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2243  high-affinity nickel-transporter  53.24 
 
 		 375 aa  334  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0260591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0085  high-affinity nickel-transporter  52.51 
 
 		 371 aa  310  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0559  high-affinity nickel-transporter  48.67 
 
 		 398 aa  292  7e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001366  ABC-type uncharacterized transport system permease component  44 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.954094  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0067  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.41 
 
 		 300 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2757  nickel/cobalt efflux protein RcnA  59.12 
 
 		 253 aa  161  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4280  hypothetical protein  60.32 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  49.12 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3089  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.81 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.256833 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3177  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.93 
 
 		 274 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.508433  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3256  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.93 
 
 		 274 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0374034 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.93 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0110121 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3358  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.93 
 
 		 294 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1541  nickel/cobalt efflux protein RcnA  63.79 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1551  high-affinity nickel-transporter  63.79 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  63.79 
 
 		 274 aa  151  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.790199  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0849  nickel/cobalt efflux system RcnA  63.79 
 
 		 179 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0937  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.93 
 
 		 274 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3193  nickel/cobalt efflux protein RcnA  62.07 
 
 		 282 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1132  nickel/cobalt efflux system RcnA  67.53 
 
 		 80 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0570  cation diffusion facilitator family transporter  53.06 
 
 		 434 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.924054  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2539  cation diffusion facilitator family transporter  51.02 
 
 		 434 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.212493  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5150  cation diffusion facilitator family transporter  47.22 
 
 		 425 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.634213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1585  cation diffusion facilitator family transporter  50 
 
 		 434 aa  97.1  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1677  cation diffusion facilitator family transporter  48.57 
 
 		 434 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.829467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2939  cation diffusion facilitator family transporter  48.57 
 
 		 434 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1128  cation diffusion facilitator family transporter  44.23 
 
 		 432 aa  96.3  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.213298  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0390  cation efflux system protein  42.02 
 
 		 427 aa  87  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3201  cation diffusion facilitator family transporter  43.4 
 
 		 430 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5056  cation diffusion facilitator family transporter  50 
 
 		 426 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2847  Co/Zn/Cd efflux system component  45.56 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2694  cation diffusion facilitator family transporter  45.56 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1090  putative cation efflux related membrane protein  45.56 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0050  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  39.09 
 
 		 419 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1407  high-affinity nickel-transporter  28.33 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0687  high-affinity nickel-transporter  27.43 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1104  hypothetical protein  57.63 
 
 		 69 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191867 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2769  high-affinity nickel-transporter  39.13 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4186  high-affinity nickel-transporter  56.25 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.898431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  23.76 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1910  high-affinity nickel-transporter  36.78 
 
 		 439 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414629 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  34 
 
 		 447 aa  56.2  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3167  high-affinity nickel-transporter  34 
 
 		 227 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0258449  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.78 
 
 		 531 aa  55.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  25.83 
 
 		 418 aa  52.8  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  32.22 
 
 		 503 aa  50.8  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6802  high-affinity nickel-transporter  35.48 
 
 		 543 aa  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3988  high-affinity nickel-transporter  36.17 
 
 		 501 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000233692  normal  0.178038 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3585  high-affinity nickel-transporter  34.38 
 
 		 506 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.83596  normal  0.321001 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  29.2 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  41.1 
 
 		 509 aa  49.3  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  33.33 
 
 		 323 aa  49.3  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5609  high-affinity nickel-transporter  31.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437019 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 		 538 aa  46.6  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4769  high-affinity nickel-transporter  31.52 
 
 		 438 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182763 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1499  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  27.84 
 
 		 490 aa  46.2  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.844578  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  27.2 
 
 		 417 aa  44.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  31.08 
 
 		 441 aa  43.5  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  32.89 
 
 		 409 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>