More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0179 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  100 
 
 
472 aa  956    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  69.57 
 
 
477 aa  674    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  71.09 
 
 
477 aa  664    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  98.93 
 
 
472 aa  935    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  97.66 
 
 
472 aa  880    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  76.39 
 
 
480 aa  685    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  94.92 
 
 
472 aa  859    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.73 
 
 
499 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.3 
 
 
499 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.69 
 
 
502 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.84 
 
 
499 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.96 
 
 
493 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  57.05 
 
 
508 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.62 
 
 
498 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.17 
 
 
498 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  56.29 
 
 
510 aa  485  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  51.66 
 
 
496 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.11 
 
 
517 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.03 
 
 
486 aa  377  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.01 
 
 
466 aa  308  1.0000000000000001e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.79 
 
 
483 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.3 
 
 
493 aa  290  4e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.62 
 
 
480 aa  277  3e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  39.74 
 
 
477 aa  276  8e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.56 
 
 
473 aa  249  8e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38 
 
 
478 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.55 
 
 
497 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.55 
 
 
497 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.55 
 
 
467 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.34 
 
 
497 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.47 
 
 
473 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.02 
 
 
465 aa  210  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  32.17 
 
 
465 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  33.11 
 
 
473 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
472 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.25 
 
 
471 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
462 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.21 
 
 
471 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.92 
 
 
471 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.99 
 
 
471 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.47 
 
 
484 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  32.08 
 
 
472 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  32.99 
 
 
470 aa  189  9e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.33 
 
 
489 aa  188  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  31.46 
 
 
472 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.12 
 
 
479 aa  186  6e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.47 
 
 
483 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.95 
 
 
482 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  30.64 
 
 
512 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.09 
 
 
483 aa  183  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  31.29 
 
 
503 aa  180  4.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.09 
 
 
484 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  29.62 
 
 
479 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  33.26 
 
 
499 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.18 
 
 
512 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
483 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  29.85 
 
 
483 aa  176  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.41 
 
 
484 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.18 
 
 
513 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.13 
 
 
494 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.51 
 
 
517 aa  173  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.34 
 
 
511 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.31 
 
 
517 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.16 
 
 
473 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  27.69 
 
 
558 aa  170  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.13 
 
 
504 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  28.31 
 
 
569 aa  170  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.08 
 
 
482 aa  169  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  29.55 
 
 
479 aa  169  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.06 
 
 
529 aa  168  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.48 
 
 
525 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.17 
 
 
518 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.38 
 
 
515 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.81 
 
 
502 aa  167  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.43 
 
 
512 aa  167  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  29.7 
 
 
511 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.25 
 
 
497 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.74 
 
 
520 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
503 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.89 
 
 
547 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.8 
 
 
512 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.94 
 
 
514 aa  164  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  26.92 
 
 
518 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.17 
 
 
460 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.12 
 
 
495 aa  163  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.87 
 
 
482 aa  163  7e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.94 
 
 
504 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.11 
 
 
486 aa  162  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.94 
 
 
504 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.96 
 
 
487 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.91 
 
 
517 aa  161  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.26 
 
 
495 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  35.88 
 
 
482 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.32 
 
 
482 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.08 
 
 
531 aa  160  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.56 
 
 
477 aa  160  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.9 
 
 
501 aa  160  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  28.09 
 
 
479 aa  159  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.32 
 
 
546 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  0.32958 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.59 
 
 
480 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>