More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0204 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  97.66 
 
 		 472 aa  881    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  70.43 
 
 		 477 aa  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  71.74 
 
 		 477 aa  674    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 		 472 aa  956    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  76.18 
 
 		 480 aa  687    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  97.86 
 
 		 472 aa  880    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  95.97 
 
 		 472 aa  868    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.11 
 
 		 499 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.68 
 
 		 499 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.62 
 
 		 493 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.62 
 
 		 499 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.3 
 
 		 502 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  57.05 
 
 		 508 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  56.29 
 
 		 510 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.17 
 
 		 498 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.73 
 
 		 498 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  51.54 
 
 		 496 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.68 
 
 		 517 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.82 
 
 		 486 aa  376  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.01 
 
 		 466 aa  308  1.0000000000000001e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.05 
 
 		 483 aa  298  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.06 
 
 		 493 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.89 
 
 		 480 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  39.3 
 
 		 477 aa  270  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.16 
 
 		 473 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.92 
 
 		 478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.99 
 
 		 497 aa  220  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.99 
 
 		 497 aa  220  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.57 
 
 		 497 aa  219  6e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.99 
 
 		 467 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.22 
 
 		 465 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.05 
 
 		 473 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  32.4 
 
 		 465 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.53 
 
 		 471 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 		 471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.53 
 
 		 471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.09 
 
 		 471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  32.88 
 
 		 473 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.11 
 
 		 472 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 		 462 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.24 
 
 		 484 aa  195  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.33 
 
 		 489 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  32.08 
 
 		 472 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.12 
 
 		 479 aa  190  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.31 
 
 		 483 aa  189  8e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  32.71 
 
 		 470 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.9 
 
 		 483 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  31.46 
 
 		 472 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 512 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.74 
 
 		 482 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.63 
 
 		 484 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.61 
 
 		 483 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.18 
 
 		 512 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  33.48 
 
 		 499 aa  179  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 		 511 aa  178  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.85 
 
 		 484 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  29.79 
 
 		 479 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  30.06 
 
 		 483 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.55 
 
 		 503 aa  177  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.18 
 
 		 513 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  27.48 
 
 		 558 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  29.91 
 
 		 479 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.45 
 
 		 517 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  30.13 
 
 		 511 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.13 
 
 		 494 aa  172  9e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.24 
 
 		 517 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.95 
 
 		 482 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.17 
 
 		 473 aa  169  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.31 
 
 		 515 aa  167  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.61 
 
 		 512 aa  167  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  28.31 
 
 		 569 aa  167  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.84 
 
 		 504 aa  167  5e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.96 
 
 		 520 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.59 
 
 		 547 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.7 
 
 		 460 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.86 
 
 		 497 aa  166  8e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.38 
 
 		 487 aa  166  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.57 
 
 		 517 aa  166  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.13 
 
 		 502 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  26.63 
 
 		 520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.63 
 
 		 529 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.71 
 
 		 514 aa  164  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.23 
 
 		 521 aa  164  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.14 
 
 		 512 aa  164  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.33 
 
 		 495 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.85 
 
 		 525 aa  163  5.0000000000000005e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.39 
 
 		 495 aa  163  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.61 
 
 		 482 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.53 
 
 		 480 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.32 
 
 		 486 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.44 
 
 		 477 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.51 
 
 		 517 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  29.89 
 
 		 506 aa  160  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.56 
 
 		 503 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  26.58 
 
 		 520 aa  159  8e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.44 
 
 		 518 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  28.27 
 
 		 479 aa  159  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.59 
 
 		 482 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  26.38 
 
 		 518 aa  158  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.74 
 
 		 485 aa  158  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>