More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0870 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
493 aa  963    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  68.11 
 
 
483 aa  555  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  46.15 
 
 
496 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  44.73 
 
 
477 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.53 
 
 
517 aa  375  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.11 
 
 
473 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.92 
 
 
493 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.94 
 
 
477 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.47 
 
 
499 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.26 
 
 
499 aa  365  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.54 
 
 
508 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.68 
 
 
499 aa  362  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  44.75 
 
 
510 aa  359  5e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.68 
 
 
486 aa  357  1.9999999999999998e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.58 
 
 
502 aa  350  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.62 
 
 
498 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  46.83 
 
 
477 aa  335  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.4 
 
 
498 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.22 
 
 
480 aa  326  6e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.55 
 
 
480 aa  326  6e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.3 
 
 
466 aa  310  4e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  41.43 
 
 
472 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.65 
 
 
472 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.3 
 
 
472 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.21 
 
 
472 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.92 
 
 
497 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.92 
 
 
497 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.7 
 
 
467 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.56 
 
 
478 aa  290  4e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.95 
 
 
497 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.33 
 
 
472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  39.54 
 
 
473 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.62 
 
 
465 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  38.16 
 
 
465 aa  259  7e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.39 
 
 
471 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  39.43 
 
 
470 aa  249  8e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.17 
 
 
471 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.33 
 
 
473 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.17 
 
 
471 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.08 
 
 
484 aa  246  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.1 
 
 
471 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.37 
 
 
462 aa  242  9e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.21 
 
 
482 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  38.23 
 
 
472 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  37.58 
 
 
472 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  35.94 
 
 
503 aa  229  7e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.12 
 
 
504 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.2 
 
 
514 aa  223  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.37 
 
 
495 aa  223  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.16 
 
 
495 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.81 
 
 
512 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.89 
 
 
494 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  37.78 
 
 
499 aa  218  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  40.13 
 
 
482 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.02 
 
 
483 aa  216  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.23 
 
 
493 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
495 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.19 
 
 
509 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.31 
 
 
512 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.6 
 
 
489 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.39 
 
 
479 aa  208  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.64 
 
 
502 aa  207  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.33 
 
 
485 aa  207  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.22 
 
 
503 aa  207  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
501 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.64 
 
 
497 aa  206  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.01 
 
 
503 aa  206  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.01 
 
 
503 aa  206  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.95 
 
 
520 aa  205  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.01 
 
 
511 aa  204  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.11 
 
 
507 aa  203  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.74 
 
 
494 aa  203  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.2 
 
 
495 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
495 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
495 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  31.69 
 
 
512 aa  200  6e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.98 
 
 
518 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.54 
 
 
489 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  35.7 
 
 
491 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  33.9 
 
 
511 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.39 
 
 
473 aa  194  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
486 aa  193  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.65 
 
 
529 aa  193  7e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  32.7 
 
 
479 aa  193  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.64 
 
 
531 aa  192  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  36.65 
 
 
487 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.46 
 
 
482 aa  189  7e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.61 
 
 
501 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  32.98 
 
 
479 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  35.9 
 
 
480 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.59 
 
 
547 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
494 aa  187  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.55 
 
 
541 aa  187  4e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.04 
 
 
460 aa  186  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.68 
 
 
520 aa  186  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.13 
 
 
517 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.13 
 
 
517 aa  186  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.6 
 
 
491 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.77 
 
 
477 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.55 
 
 
546 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>