More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3381 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  71.09 
 
 		 472 aa  646    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  95.39 
 
 		 477 aa  929    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 		 477 aa  965    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  72.39 
 
 		 472 aa  658    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  71.09 
 
 		 472 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  71.74 
 
 		 472 aa  655    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  76.17 
 
 		 480 aa  697    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.72 
 
 		 493 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  56.48 
 
 		 508 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.97 
 
 		 499 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.31 
 
 		 499 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  56.48 
 
 		 510 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.1 
 
 		 499 aa  504  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.04 
 
 		 502 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.65 
 
 		 498 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.42 
 
 		 498 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  50.11 
 
 		 496 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.58 
 
 		 517 aa  421  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.37 
 
 		 486 aa  379  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.38 
 
 		 466 aa  335  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.11 
 
 		 483 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.05 
 
 		 493 aa  326  5e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.86 
 
 		 480 aa  311  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  40.88 
 
 		 477 aa  296  5e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.43 
 
 		 473 aa  272  8.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.55 
 
 		 473 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.1 
 
 		 497 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.1 
 
 		 497 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.1 
 
 		 467 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.64 
 
 		 497 aa  233  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.42 
 
 		 478 aa  229  7e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  35.65 
 
 		 473 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.31 
 
 		 472 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.64 
 
 		 471 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.35 
 
 		 465 aa  223  7e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 		 471 aa  223  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 471 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.77 
 
 		 465 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.55 
 
 		 471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.49 
 
 		 462 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  35.42 
 
 		 470 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.68 
 
 		 484 aa  204  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  32.76 
 
 		 472 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  32.64 
 
 		 472 aa  200  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 512 aa  197  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.19 
 
 		 483 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.9 
 
 		 494 aa  195  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  34.32 
 
 		 499 aa  193  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  26.75 
 
 		 479 aa  192  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  26.75 
 
 		 489 aa  191  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  31.69 
 
 		 503 aa  191  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.12 
 
 		 482 aa  190  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.35 
 
 		 483 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.57 
 
 		 502 aa  189  7e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.77 
 
 		 520 aa  187  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 		 514 aa  187  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.56 
 
 		 484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.56 
 
 		 484 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.98 
 
 		 512 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.26 
 
 		 473 aa  183  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.56 
 
 		 486 aa  183  6e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.91 
 
 		 483 aa  183  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  29.62 
 
 		 479 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.64 
 
 		 512 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.43 
 
 		 493 aa  181  4e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.23 
 
 		 529 aa  180  4e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.02 
 
 		 518 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.78 
 
 		 525 aa  178  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.64 
 
 		 485 aa  177  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  29.65 
 
 		 479 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.82 
 
 		 497 aa  176  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.21 
 
 		 495 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  36.78 
 
 		 482 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  28.81 
 
 		 483 aa  176  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.23 
 
 		 495 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.88 
 
 		 512 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.48 
 
 		 504 aa  173  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.05 
 
 		 501 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.86 
 
 		 513 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  30 
 
 		 479 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.72 
 
 		 495 aa  170  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.02 
 
 		 488 aa  169  9e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.11 
 
 		 509 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 		 547 aa  168  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.09 
 
 		 493 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  32.06 
 
 		 480 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.88 
 
 		 489 aa  166  8e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.11 
 
 		 517 aa  166  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.75 
 
 		 504 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  30.75 
 
 		 491 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.19 
 
 		 480 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.9 
 
 		 517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.17 
 
 		 511 aa  164  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.22 
 
 		 475 aa  163  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.05 
 
 		 482 aa  162  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 		 504 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.6 
 
 		 514 aa  159  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.09 
 
 		 521 aa  159  9e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.42 
 
 		 482 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.17 
 
 		 485 aa  159  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>