More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2069 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  100 
 
 		 473 aa  944    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  97.03 
 
 		 472 aa  885    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.27 
 
 		 497 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  47.95 
 
 		 482 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.14 
 
 		 467 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.9 
 
 		 497 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.9 
 
 		 497 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.08 
 
 		 473 aa  263  4e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.67 
 
 		 484 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.42 
 
 		 493 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.48 
 
 		 483 aa  247  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.48 
 
 		 508 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.65 
 
 		 499 aa  231  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  34.6 
 
 		 477 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.43 
 
 		 499 aa  229  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.21 
 
 		 493 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 		 499 aa  229  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.23 
 
 		 502 aa  227  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.31 
 
 		 477 aa  227  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  35.18 
 
 		 510 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  34.82 
 
 		 496 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.57 
 
 		 498 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.57 
 
 		 498 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.09 
 
 		 517 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.32 
 
 		 480 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.58 
 
 		 480 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 		 472 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.27 
 
 		 466 aa  190  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  34.29 
 
 		 477 aa  189  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  32.56 
 
 		 472 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.35 
 
 		 472 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.35 
 
 		 472 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.7 
 
 		 503 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 		 486 aa  183  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 		 495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.59 
 
 		 495 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.84 
 
 		 471 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.36 
 
 		 471 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.84 
 
 		 471 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  30.67 
 
 		 472 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.8 
 
 		 495 aa  169  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  30.25 
 
 		 472 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.81 
 
 		 483 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.12 
 
 		 478 aa  167  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.78 
 
 		 494 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.59 
 
 		 493 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.41 
 
 		 495 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  30.95 
 
 		 499 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.41 
 
 		 495 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.41 
 
 		 495 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.81 
 
 		 471 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.48 
 
 		 486 aa  163  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.65 
 
 		 482 aa  161  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.26 
 
 		 504 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  29.65 
 
 		 479 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  31.08 
 
 		 480 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  29.53 
 
 		 479 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  28.67 
 
 		 465 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.14 
 
 		 462 aa  153  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  30.66 
 
 		 487 aa  154  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  31.68 
 
 		 470 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.01 
 
 		 465 aa  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.45 
 
 		 473 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.33 
 
 		 501 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.18 
 
 		 511 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.25 
 
 		 494 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.46 
 
 		 513 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.91 
 
 		 512 aa  150  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.56 
 
 		 483 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.75 
 
 		 482 aa  147  6e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.79 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.89 
 
 		 477 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.02 
 
 		 515 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  26.5 
 
 		 483 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.78 
 
 		 485 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.26 
 
 		 514 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.33 
 
 		 475 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2756  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.32 
 
 		 469 aa  143  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0415066  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  27.67 
 
 		 520 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  26.22 
 
 		 569 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  26.28 
 
 		 558 aa  141  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 		 477 aa  141  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 		 467 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  26.33 
 
 		 511 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60820  outer membrane protein OprJ  30.84 
 
 		 479 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.78 
 
 		 461 aa  140  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.39 
 
 		 509 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.38 
 
 		 481 aa  140  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.57 
 
 		 502 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.03 
 
 		 475 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.71 
 
 		 486 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.55 
 
 		 529 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  30.85 
 
 		 468 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0259  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.54 
 
 		 461 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.8 
 
 		 482 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  24.16 
 
 		 489 aa  139  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.76 
 
 		 489 aa  139  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  23.95 
 
 		 479 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.06 
 
 		 512 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.49 
 
 		 519 aa  137  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>