More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3674 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  97.03 
 
 
473 aa  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
472 aa  939    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.84 
 
 
497 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  47.52 
 
 
482 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.67 
 
 
467 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.43 
 
 
497 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.43 
 
 
497 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.26 
 
 
473 aa  258  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.42 
 
 
493 aa  249  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.2 
 
 
484 aa  247  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.71 
 
 
483 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.48 
 
 
508 aa  236  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.65 
 
 
499 aa  231  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.43 
 
 
499 aa  229  9e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 
499 aa  229  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  34.26 
 
 
477 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.25 
 
 
493 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.02 
 
 
502 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.88 
 
 
477 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  35.93 
 
 
510 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.57 
 
 
498 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.57 
 
 
498 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
496 aa  216  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.13 
 
 
517 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  34.73 
 
 
477 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 
480 aa  195  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.96 
 
 
480 aa  193  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 
472 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  32.99 
 
 
472 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.78 
 
 
472 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.05 
 
 
466 aa  185  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.78 
 
 
472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.47 
 
 
503 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.39 
 
 
495 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.65 
 
 
471 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.42 
 
 
471 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.65 
 
 
471 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.8 
 
 
495 aa  169  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  30.11 
 
 
472 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.39 
 
 
483 aa  168  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.78 
 
 
495 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.73 
 
 
493 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.83 
 
 
478 aa  167  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  29.68 
 
 
472 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
471 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  31.5 
 
 
487 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.19 
 
 
494 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.59 
 
 
495 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.59 
 
 
495 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.59 
 
 
495 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.48 
 
 
486 aa  160  6e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.4 
 
 
504 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  29.31 
 
 
479 aa  158  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  29.18 
 
 
479 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.58 
 
 
482 aa  157  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  31.08 
 
 
480 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  28.67 
 
 
465 aa  156  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  30.97 
 
 
470 aa  155  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  30.11 
 
 
499 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.23 
 
 
465 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.51 
 
 
462 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.6 
 
 
511 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.57 
 
 
473 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.24 
 
 
501 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.3 
 
 
514 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.96 
 
 
477 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.71 
 
 
513 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  26.92 
 
 
483 aa  146  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.86 
 
 
512 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.48 
 
 
494 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.02 
 
 
485 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.99 
 
 
502 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  28.23 
 
 
520 aa  144  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.36 
 
 
512 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.39 
 
 
482 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.2 
 
 
512 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60820  outer membrane protein OprJ  31.56 
 
 
479 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  26.68 
 
 
569 aa  142  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.95 
 
 
467 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.33 
 
 
475 aa  141  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.23 
 
 
482 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  26.54 
 
 
511 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.74 
 
 
519 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2756  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.83 
 
 
469 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0415066  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.45 
 
 
472 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.57 
 
 
477 aa  139  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.86 
 
 
483 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.79 
 
 
515 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.45 
 
 
475 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  30.13 
 
 
468 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  24.37 
 
 
489 aa  136  8e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
486 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.71 
 
 
486 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0887  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.4 
 
 
586 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000421492  hitchhiker  0.0000263613 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  24.16 
 
 
479 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  24.69 
 
 
512 aa  136  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.6 
 
 
481 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.49 
 
 
461 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.29 
 
 
489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>