More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0174 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  76.39 
 
 
472 aa  690    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  76.18 
 
 
472 aa  692    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  74.26 
 
 
477 aa  725    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  76.01 
 
 
477 aa  723    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
480 aa  964    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75.11 
 
 
472 aa  680    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75.58 
 
 
472 aa  687    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.79 
 
 
493 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.84 
 
 
499 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.4 
 
 
499 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.91 
 
 
499 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.01 
 
 
502 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  54.24 
 
 
508 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.83 
 
 
498 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  54.18 
 
 
510 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.83 
 
 
498 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  50.43 
 
 
496 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  51.75 
 
 
517 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.61 
 
 
486 aa  373  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.97 
 
 
466 aa  332  1e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.52 
 
 
493 aa  307  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.18 
 
 
483 aa  305  8.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.33 
 
 
480 aa  297  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.76 
 
 
473 aa  278  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  40.44 
 
 
477 aa  278  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.04 
 
 
467 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.81 
 
 
497 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.81 
 
 
497 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.48 
 
 
497 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
473 aa  226  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.18 
 
 
478 aa  223  4.9999999999999996e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.77 
 
 
465 aa  219  7e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.45 
 
 
471 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 
471 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.92 
 
 
465 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
471 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
471 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  35.32 
 
 
473 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
462 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.42 
 
 
472 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  33.83 
 
 
470 aa  204  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.07 
 
 
489 aa  202  9e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.67 
 
 
473 aa  202  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  31.98 
 
 
472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.63 
 
 
479 aa  200  6e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.33 
 
 
484 aa  200  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.2 
 
 
482 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  31.56 
 
 
472 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.39 
 
 
503 aa  197  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.11 
 
 
520 aa  188  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.42 
 
 
483 aa  187  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  33.26 
 
 
499 aa  184  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.11 
 
 
479 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  29.85 
 
 
512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.28 
 
 
494 aa  181  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.47 
 
 
483 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.04 
 
 
483 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.06 
 
 
512 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.2 
 
 
529 aa  179  7e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.86 
 
 
513 aa  179  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  30.66 
 
 
479 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.79 
 
 
512 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.15 
 
 
484 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
484 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
486 aa  176  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  30.23 
 
 
479 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.27 
 
 
525 aa  176  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.75 
 
 
497 aa  176  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.86 
 
 
517 aa  175  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.77 
 
 
547 aa  174  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.6 
 
 
493 aa  173  5.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.11 
 
 
521 aa  173  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.85 
 
 
517 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.65 
 
 
517 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.97 
 
 
511 aa  172  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.17 
 
 
501 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.39 
 
 
512 aa  171  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.29 
 
 
502 aa  171  3e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  28.79 
 
 
518 aa  170  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.02 
 
 
514 aa  170  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.86 
 
 
495 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.07 
 
 
482 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  29.77 
 
 
483 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.02 
 
 
532 aa  168  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  27.24 
 
 
558 aa  167  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.92 
 
 
495 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.72 
 
 
495 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  37.47 
 
 
482 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.98 
 
 
509 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0471  efflux ABC transporter outer membrane protein  29.57 
 
 
484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  28.22 
 
 
511 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.9 
 
 
485 aa  163  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_3998  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.36 
 
 
484 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.56 
 
 
496 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.56 
 
 
496 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.15 
 
 
518 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.61 
 
 
488 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29 
 
 
504 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.25 
 
 
472 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.36 
 
 
515 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>