More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0749 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  98.02 
 
 
504 aa  989    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
504 aa  1010    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  93.65 
 
 
504 aa  884    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  89.64 
 
 
503 aa  862    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  63.54 
 
 
517 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  63.77 
 
 
517 aa  597  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  60.41 
 
 
506 aa  564  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  58.1 
 
 
519 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.5 
 
 
516 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.09 
 
 
517 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.29 
 
 
517 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  43.5 
 
 
569 aa  378  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.61 
 
 
546 aa  368  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.6 
 
 
531 aa  361  2e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  41.99 
 
 
558 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  37.68 
 
 
518 aa  333  6e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.15 
 
 
538 aa  300  6e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.4 
 
 
569 aa  297  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.29 
 
 
541 aa  293  6e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  34.75 
 
 
547 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  34.75 
 
 
520 aa  280  3e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  38.54 
 
 
503 aa  279  8e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  34.55 
 
 
520 aa  278  1e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.1 
 
 
523 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.23 
 
 
494 aa  249  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.77 
 
 
502 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  35.82 
 
 
512 aa  245  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.38 
 
 
493 aa  241  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.63 
 
 
486 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.17 
 
 
482 aa  229  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.94 
 
 
513 aa  226  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  35.13 
 
 
470 aa  226  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.45 
 
 
520 aa  225  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.74 
 
 
489 aa  223  7e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.75 
 
 
479 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.01 
 
 
512 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.86 
 
 
492 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
526 aa  220  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.83 
 
 
479 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.24 
 
 
486 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.57 
 
 
491 aa  217  4e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.82 
 
 
473 aa  216  7e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.56 
 
 
511 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.72 
 
 
465 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  36.38 
 
 
511 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.91 
 
 
504 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
482 aa  211  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
515 aa  210  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.55 
 
 
479 aa  210  6e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
500 aa  207  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.4 
 
 
483 aa  207  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.78 
 
 
465 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.41 
 
 
488 aa  204  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
496 aa  204  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.99 
 
 
479 aa  204  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.65 
 
 
547 aa  203  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
483 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.92 
 
 
489 aa  202  9e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.57 
 
 
497 aa  202  9e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
501 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
477 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.47 
 
 
473 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.43 
 
 
483 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.7 
 
 
497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.77 
 
 
479 aa  198  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
494 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.99 
 
 
484 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
462 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
495 aa  195  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.26 
 
 
509 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.69 
 
 
520 aa  194  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.85 
 
 
495 aa  194  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.01 
 
 
503 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.64 
 
 
521 aa  192  9e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
525 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.55 
 
 
484 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.01 
 
 
495 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.08 
 
 
503 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.37 
 
 
496 aa  191  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.37 
 
 
496 aa  191  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.08 
 
 
503 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.88 
 
 
532 aa  190  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.12 
 
 
504 aa  190  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.08 
 
 
471 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.08 
 
 
471 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.37 
 
 
482 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.86 
 
 
471 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
493 aa  188  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.48 
 
 
504 aa  188  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.44 
 
 
490 aa  188  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.26 
 
 
500 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.64 
 
 
512 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.94 
 
 
529 aa  188  3e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
495 aa  187  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.89 
 
 
517 aa  187  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.64 
 
 
486 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
516 aa  187  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.54 
 
 
507 aa  186  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.98 
 
 
476 aa  186  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.85 
 
 
489 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>