More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_1320 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_1320  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
430 aa  862    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1667  diguanylate phosphodiesterase  56.54 
 
 
402 aa  411  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4732  diguanylate phosphodiesterase  37.69 
 
 
408 aa  203  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.74 
 
 
743 aa  199  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3143  diguanylate phosphodiesterase  33.76 
 
 
425 aa  169  8e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.186111  normal  0.375725 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1006  diguanylate phosphodiesterase  33.83 
 
 
601 aa  126  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.155434  decreased coverage  0.00194225 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 
485 aa  101  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
883 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.93 
 
 
750 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0891  GGDEF family protein  33.47 
 
 
433 aa  100  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.331841  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  31.43 
 
 
475 aa  100  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
667 aa  99  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.22 
 
 
590 aa  97.8  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
454 aa  97.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965104  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  32.62 
 
 
475 aa  97.8  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.89 
 
 
541 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.52 
 
 
442 aa  96.7  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  33.64 
 
 
590 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.69 
 
 
596 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0498  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
454 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.617113  normal  0.576496 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0217  EAL domain protein  27.95 
 
 
402 aa  96.3  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
797 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 
536 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.54 
 
 
778 aa  94.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.326102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
526 aa  94  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.64 
 
 
590 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.93 
 
 
409 aa  93.2  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.71 
 
 
730 aa  93.2  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.47 
 
 
515 aa  93.2  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4383  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.94 
 
 
733 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2322  GGDEF family protein  26.88 
 
 
849 aa  92.8  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.93 
 
 
766 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.44 
 
 
1034 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
860 aa  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  30 
 
 
815 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
535 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.29 
 
 
616 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.82 
 
 
584 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.36 
 
 
633 aa  91.3  3e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.84 
 
 
754 aa  90.9  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.68 
 
 
616 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001930  sensory box/GGDEF family protein  30.68 
 
 
815 aa  90.9  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
613 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
779 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
779 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  29.2 
 
 
351 aa  90.1  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
790 aa  90.5  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1742  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
790 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.451228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
790 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.1 
 
 
766 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 
753 aa  89.7  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  34.1 
 
 
413 aa  89.7  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.62 
 
 
786 aa  89.4  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.82 
 
 
836 aa  89.4  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 
534 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.2 
 
 
813 aa  88.6  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  30.51 
 
 
416 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
569 aa  89  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.538954  normal  0.171579 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 
534 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  33.18 
 
 
361 aa  88.6  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.47 
 
 
601 aa  89  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 
534 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
566 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0819  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 
793 aa  88.2  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00766455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0948  EAL/GGDEF domain-containing protein  27.82 
 
 
786 aa  88.2  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.239012  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
449 aa  88.2  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.89 
 
 
407 aa  88.2  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.47 
 
 
582 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 
772 aa  87.4  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.185981  normal  0.624417 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.55 
 
 
773 aa  87.4  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.93 
 
 
447 aa  87.4  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.48 
 
 
1047 aa  87  5e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  31.53 
 
 
588 aa  87  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4411  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain-containing protein  30.42 
 
 
831 aa  86.7  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.523822  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8068  GGDEF family protein  28.51 
 
 
542 aa  86.7  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  31.03 
 
 
431 aa  86.7  8e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
454 aa  86.3  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.41 
 
 
718 aa  86.3  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.35 
 
 
591 aa  86.3  9e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.99704  normal  0.0488254 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2074  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.96 
 
 
786 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257022  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2221  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.96 
 
 
786 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1151  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 
772 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1311  hypothetical protein  29.96 
 
 
786 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432908  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  30.71 
 
 
357 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  30.49 
 
 
800 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0706  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.96 
 
 
786 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2540  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.96 
 
 
786 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.477872  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.29 
 
 
583 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.4 
 
 
650 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  28.45 
 
 
284 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1160  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 
772 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1119  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
868 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.135201  normal  0.145859 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 
611 aa  85.5  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
428 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0659  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 
766 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.83 
 
 
590 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.83 
 
 
402 aa  85.5  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.27 
 
 
583 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
428 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>